Applying (modified) Samuel's PATCH from 16.09.2015

further rename power to speed in surf internals

every occurence of power in surf should be renamed to speed, as it is not the electical power

[PATCH] Solving the issue with the initialization and the "deadlock" on mutexes (which was not really a deadlock, but data segments where not switched in time)

modified [PATCH] Added functions to get SMPI's data end code of process

modified [PATCH] Allow multiple call to MPI_Init and added MSG_init to SMPI part

modified [PATCH] Privatize data segment for SMPI process and share for MSG process

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

kill hollow doxygen comments

[simix] Switch to .cpp files

cosmetics

no need to override stuff to the exact same content

initialize fields at declaration, for clarity

[surf] Move the basic cluster creation logic out of the callbacks

[surf] Remove code for the cpu tag

[surf] Remove sg_platf_ASRoute_cb

[surf] Remove sg_platf_bypass{,AS}Route_cb

[surf] Remove sg_platf_trace_cb

[surf] Remove sg_trace_connect_cb

[surf] Remove sg_cabinet_cb

[surf] Remove sg_platf_prop_cb

[surf] Remove sg_platf_route_cb

[surf] Remove sg_platf_peer_cb

[surf] Remove sg_platf_host_cb

[surf] Remove sg_platf_host_link_cb

[surf] Remove orphaned declaration

[surf] Remove sg_ callbacks for AS

[surf] Remove sg_platf_router_cb

[surf] Remove one sg_router_cb

[surf] Remove one router callback

[surf] Removed orphaned declaration

[surf] Remove sg_platf_mount_cb

[surf] Remove sg_platf_mstorage_cb

[surf] Remove unused stuff in storage

[surf] Remove sg_platf_storage_type_cb

[surf] Remove sg_platf_storage_cb

[surf] Rename callback registration functions

[surf] Expose (and use) storageCreatedCallbacks in C

[surf] Expose (and use) hostCreatedCallbacks in C

[simix] Fix warning

[simix] Fix signatures of callbacks (timer and kill_process_function)

* Conversion between pointer-to-pointer and pointer to data is
  undefined behaviour.

* Moreover, this hides error. The kill_process_function was called in
  the timer with only one argument whreas it expects two arguments
  (the killed process and the killer process).

* Simpligy the signature of SIMIX_function_register_process_kill() to
  only take a single argument. The second one is never used.

[platf] Move sg_platf_new_process in platf.cpp

[platf] Kill sg_process_cb

[simix] Make some static variables local

Because they are local variables in disguise.

[surf] Move the host ns3 hook to routingEdgeCreatedCallbacks

[surf] Add routingEdgeCreatedCallbacks for RoutingEdge

no need to override the super() method to the exact same content

rename some symbols around Link::isShared to make their purpose clear

reimplement energy plugin using Host callbacks (not Cpu ones)

protect against multiply create hosts in one location only

useless cosmetic

pass netElm&CPU as parameter to the host constructor

It was passed implicitly through the set of existing netElm and CPU.

the fabric of RoutingEdges should return the create one

[surf] Change routing_parse_init() into routing_add_host()

Do not depend on the parsing state in this function.

[surf] Remove some layers of indirections in sg_platf_new_host()

[surf] Remove power related methods from CpuL07

They are not implemented, not used anyway. Power is implemented in the
CPU.

[surf] Switch instr_routing to C++

[surf] Move host creation callbacks of Infiniband to hostCreatedCallbacks

[ns3] Move host creation callbacks to hostCreatedCallbacks

[mc] Add missing copyright notices

[mc] Better #includes

Use "#include src/mc/foo" instead of "#include foo"

[java] Sync code generation with generated source code

I modified a generated file directly :/

[mc] Remove .. in #includes

[ns3] Fix ns3 compilation

Make HostL07 behave more like the regular Host

The methods execute() and sleep() were implemented directly in the
host, and the virtual functions in the cpu were implemented with a
DIE_IMPOSSIBLE.

Instead, HostL07 is dispatching the execute() and sleep() calls that
it gets from the higher layers to its CpuL07, just as any Host.

The goal is to kill HostL07 and just use a regular Host dispatching
*every* call to its CPU and RoutingEdge. Then, Host will be made part
of the public interface (simgrid::Host will offer the interface of
S4U::Host with the content of surf::Host).

hollow comments

remove an obsolete file (designed for SimGrid 3.4)

[surf] Hardcode some of the sg_platf_host callbacks

The goal is to remove this layer of callbacks.

Moreover the order of execution of those callbacks is important.

Currently, it breaks the ability to have platform and deployment data
in the same XML however.

[surf] Switch sg_platf to C++

Because we need it for the next commit.

[surf] Don't free power_peak from the caller

The code was giving the power_peak array to the callee. The callers
might still need the power_peak. Freeing it in the callee creates
dangling pointers in the callers.

Instead we consider power_peak as immutable in the callee and make a
private copy when needed instead of stealing it from the callers.

[surf] move gap-related definition to the subclass where they belong

No need to overload higher classes with useless cruft

Comment the java stripping commands for now

Comment the lines instead of removing them, so that we can easily
reintroduce this in the future (the Mac workaround is not trivial)

This reverts and modifies commit 82c8c18086305a434d8965730f7a1ea93ddf141d.

[java] Don't strip SOs in JARs

in order to be able to debug the native part of Java programs

[xbt] C++ support for RngStream.h

[surf] Move VMCreatedCallbacks outside of constructor

[surf] Move storageCreatedCallbacks outside of constructor

[surf] Move networkLinkCreatedCallbacks outside of constructor

[surf] Factorize some CPU registration code in sg_host_surfcpu_register() (DRY)

[surf] Change CPU initialization

- Move creation callbacks out of constructor (the object is not fully
constructed in the Host constructor).

- Do not call the setState virtual method in the constructor. This
  calls the stateChanged callbacks some of which expect the
  hostCreated callbacks to have been called.

[surf] Move the hostCreatedCallbacks after the constructor

The callbacks were called in the Host constructor which is at the very
beginning og the object construction: the fields of the derived
classes are not initialized at this point and the correct virtual
methods are not available.

[surf] Move network_constant host callback from sg_platf_host_cb to hostCreatedCallbacks

Changed the MathJax address to get equations working again in the HTML documentation.
Corrected some typos in SURF_lmm documentation.

[mc] Remove mcer_ignore.cpp

[mc] Move ignore_local_variable() into Process

[mc] Move heap_ignore to Process

[mc] Move stacks_areas into Process

[mc] Remove MCer_ignore_global_variable

[mc] Remove useless bits

[surf] Wrap the sigc++ API to provide the same API as boost::signals2

[surf] Fix build with sigc++

Fix Java build

java CPU surf binding used to register itself to the list of models that
must be called through shareResources directly. But this was useless
because CPU models are invoked from the host models (leading to
dupplicated lines in the tesh file).

Now that it is not possible anymore to register to that list of models
(which was removed), we must fix the java CPU surf binding.

[appveyor] update to what symengine is doing

This introduces a new appveyor script in charge of downloading a given
file, dealing with appveyor's transient network errors.

I hate hollow doxygen comments

Simplify how shareResources() is called in each models

- Host->shareResources() is in charge of calling the ones of Cpu, Net
  and Storage
- VM->shareResources() must be called after the Host one

So, don't make a list `model_list_invoke` of two elements that must be
called in a very specific order. Instead, directly call these methodes
in surf_solve().

A next step could be to put the content of Host->shareResources and
maybe VM->shareResources() in surf_solve so that Host and VM can stop
being resources just to dispatch calls to the real resources.

But L07 must be dealed with before (eg by moving the content of
Host07->shareResource() into Cpu07->shareResources() and leaving
Link07->shareResources() empty).

rename a global to make its purpose clear (hopefully)

kill more dead code

kill dead code

[mc] Move MC-related out of simix and into mc where it belongs

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

deal with portability issues induced by ptrace