Fix duplicate PTP messages when tracing/smpi/internals is enabled

When the tracing/smpi/internals option is not enabled, some PTP messages
are showed for send and receive operations, both on tracing and
replaying. When the option is enabled, additional messages are
generated, so duplicate messages for send and receive operations are
duplicated.

Initially I thought that the idea was to only show PTP messages when the
tracing/smpi/internals option is enabled. After talking to Arnaud it
seems that is not the case. So I changed the code so both funcionalities
are present: PTP messages for send and receive operations when the
option is disabled and all PTP messages when the option is enabled, as
expected.

Update limitations of PSG

Fix ISP test classification

[mc] Move MC_important_snapshot() as a method of ModelChecker

[mc] Move some code out of is_visited_state()

[mc] Reduce the scope of some variables in mc_visited.cpp

[mc] Factorisation in mc_visited.cpp

[mc] Create a Member for for structure/class/union member

instead of using Type (which is now only used for types).

[mc] Add AddressSpace::process() method

[mc] Make Process and Snapshot classes final

[mc] Remove Process.is_self()

This was needed for single-process mode.

[mc] Move typedef in correct header

[mc] Rename mc_process.{h,cpp} into Process.{h,c}pp

[mc] Cleanup mc_hash.cpp

* Remove commened-out code;

* OO-ify the hasing method;

* Make it a noop: it was broken since the process separation. I'll add
  some basic hashing later on.

[mc] Remove commented-out code in mc_diff.cpp

[mc] Cleanup #includes

[mc] Fix location expression initialization

[mc] Fix memory leak in MC_get_memory_regions()

[mc] Fix loop bound checking using heaplimit

[Doc] Corrected smpi/display_timing paragraph

[SMPI] Fixed output alignment for display_timing option

[tesh] cosmetics on outputs when an error is detected

[tesh] cleanups in the file parsing

[tesh] cleanups in the handling of child processes

[tesh] TODO++

Appveyor cannot do in-macro macro expension. Bummer.

[appveyor] try to use tesh without cmake to test the java

try harder to close stdin on appveyor tests

[appveyor] close stdin to avoid issues (hopefully)

[appveyor] try to download the dependency file twice

It sometimes fails for no good reason and trying again seems to be
effective.

(+typo fix)

Reduce verbosity of the appveyor manual test, and fix ctest invocation

[appveyor] reactivate our tests now that the jarfile should work

[java] strip the windows version now that it works

[appveyor] typo?

add the ISP/UMPIRE tests to the dist in any case

[windows] typo breaking the build

ignore generated tesh files

set a SimGrid identity to maestro on windows too

[win] I fail to disable winpthread + I think it's harmless, so re-enable it

[appveyor] use full path to test folder

properly disable pthreads on windows (+cleanups)

[win+java] we need to need CMAKE_SHARED_LIBRARY_LINK_C_FLAGS too

[windows] pass -m64 when needed

[appveyor] make the build more verbose to see the used flags

[win+java] sort out the linker flags that we pass

[MC] ensure that the main ISP/Umpire tests are activated

All 74 tests of http://formalverification.cs.utah.edu/ISP_Tests/ are
activated. The many other tests of the directory that were not listed
on that page are not activated.

The tesh files are generated on the fly as we don't check the output
anyway. cmake coding is such a pleasure, I could not resist.

We should probably add a way to use tesh without tesh files but only
with command line flags. But not tonight.

      /\                                        /\
     /!!\   These tests are currently broken   /!!\
    /_!!_\                                    /_!!_\

don't clutter cmake with tests intended for appveyor only

and increase the verbosity of this test to see what happens

Try to help the cmake of oldstable to find the java stuff we need

[win+java] maybe libwinpthread is causing the segfaults on JNI startup that we see

So disable completely the use of pthread on windows, just to see if it
helps. If so, this will still have to be cleaned up properly.

kill the most outdated parts of our TODO file

[windows] We don't use winsock2 since the death of GRAS, a few years ago

[windows] don't mess with -m32 or -m64 gcc flags

[windows] pexport is a dead project anyway

We should use gendef, the mingw-w64 equivalent, if we want to produce
DLL that can be used in external projects. But we don't want that.

[java] don't strip libs on windows, to track down the issue

[cmake] kill some more unused tests

I meant that Java v1.7 is REQUIRED

add the NEWS file to the jarfile

[Java] bump dependency to Java 7

ignore the lib stripping errors that seem to occure on Mac OSX

Strip the libs in the jarfile

[appveyor] don't fail on broken tests (artefact not uploaded on error)

Don't load DLLs when org.simgrid.NativeLib is loaded: it's called by cmake before the jarfile is ready

normalize a bit the java test names

[java] unpack dll/so to a tempDir instead of messing with their name

[windows] typo in java bare test

Merge branch 'master' of github.com:mquinson/simgrid

[appveyor] run the test that I've cooked for windows

[mc] Really remove mc_libdw for now

Some bits were not removed properly.

[windows] try to do a very basic test of java, without tesh

[win+java] fix the name of libwinpthread-1.dll

and now, fix the distcheck target

oops, fix jenkins after moving its conf files

empty the buildtool directory

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

[jenkins] better location for the jenkins configuration files

[jenkins] remove the java-created files on startup

[cmake] remove some unused tests

and various little cleanups

Revert "[mc] Move libdw binding code in its own file"

This reverts commit b81d0b9c9c365d2b195c8a189e2315adbdaa6af6.

Conflicts:
src/mc/mc_dwarf.cpp
src/mc/mc_dwarf.hpp
src/mc/mc_libdw.cpp
src/mc/mc_location.h

Revert "[mc] Fix initialisation of dwarf expression"

This reverts commit 4a00aeabd069cdbd1927a3e8a433bb10f49362be.

Revert "[mc] Remove remaining bits of libdw outside of mc_libdw.{h,c}pp"

This reverts commit 97cc0fc3eb2ed9773ecd1d612da40bee60727b32.

[mc] Bring back soft-dirty tracking from the dead 💀

We want to compare the different snapshoting options on the new
cross-process architecture.

[mc] Quick hack to display system memory information (optional)

[mc] Bring back KSM (MADV_MERGEABLE) support

For KSM support, we allocate the memory for the snapshot regions
directly with mmap() instead of using malloc(). This way we can safely
mark them as MERGEABLE without impacting the heap at all.

Another solution would be to use posix_memalign() (now that we are
using a full-featured malloc) to allocate page-aligned buffers and
remove MADV_UNMERGEABLE when deallocating.

[mc] Support for mmap-able snapthots

This will be used for KSM-friendly snapshots.

Revert "don't cleanup java directory for now (debugging time)"

Debugging time is over, and it fills partitions up to failures.

This reverts commit f1e5f8f653f822da96a873fc0a0062fcd4faf3c8.

[cmake] correctly quote the c:\ that windows requests

Only try to load winpthread on windows

Previously, it was loaded in any case, and errors were ignored (in an
ineffective way leading to failures on non-windows).

Revert "[windows] also take the static version of libpthread.dll"

It does not help anyway.

This reverts commit ae2703f5cf2c00470b492092bb6188c38466b5b5.

also include winpthread.dll in the jarfile

[cmake] remove tests for which we don't use the result

[cmake] cleanup: mv MakeJava.cmake Java.cmake

[windows] also take the static version of libpthread.dll

GOSH, this is ugly.

don't cleanup java directory for now (debugging time)

[windows] request mingw-gcc to put the content of libgcc_s_seh-1.dll statically in our libs

ISP tests need more time to run. Increase timeout

[appveyor] try to get the artifact name right

Previously I got:

  Packaging artifacts...Pattern contains invalid characters.

[appveyor] add the artefact that we want to distribute to the users

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

fix a typo breaking windows

[appveyor] disable absolutely all tests