Move links_ to the netzone their are declared

Starting moving things out Engine class.

Links are stored in the netzone which their were declared.
Exception for __loopback__ link that is a special "model" link.

No changes in external Engine::get_links API.
Internally cleanup so someone can change the API.

-

Little Sonar things.

Dead code elimination.

int->size_t

allow users to retrieve hosts and links by the zone in which they have been declared

Merge branch 'add_missing_comm_python_bindings' into 'master'

Add remaining Comm bindings and examples

See merge request simgrid/simgrid!93

[MBI] Avoid to generate if() with the same then/else branches.

PVS-studio: V523. The 'then' statement is equivalent to the 'else' statement.

[MBI] Less duplication of constant strings (sonar).

[MBI] Make a real copy of 'patterns' into 'replace'.

Makes minor changes to the generated output.

[MBI] Make array initialization explicit.

PVS-studio: V1009. Check the array initialization. Only the first element is initialized explicitly.

Field is never changed after construction.

Indentation.

[MBI] Remove redundant call (already called from mbi.categorize).

[MBI] Zero send buffer for Scatter too.

[MBI] Remove useless assignments..

[MBI] Don't change contracts with method overrides.

[MBI] Use check=True for subprocess.run.

[MBI] Fix string types.

[MBI] Add missing "self" parameter.

[MBI] Reduce scope for variables.

[MBI] Fix description (outside of the {c2} loop).

[MBI] Replace more wildard imports.

[MBI] Import generator_utils as gen.

[MBI] Whitespace cleanup.

[MBI] Abort cmake on failure.

Make factory_initializer a static member of ContextFactory.

Merge branch 'dev-mailbox-clear' into 'master'

Expose MailboxImpl::clear() to improve handling of node faults

See merge request simgrid/simgrid!89

Reduce dependencies on <simgrid/version.h>.

Limit the amount of re-compilation when the file is changed by cmake.

Propagate const pointer (thx sonar).

Fix the generation of MBI test cases (and compile them with -Wno-unused-variable but with -Werror)

Fix locale for Java example.

Const pointer.

PVS fixes in MBI: initialize buffers before use

MBI: cosmetics in a diagnostic

BuildSimGrid.sh: allow the use of ninja

Starting shell commands to rebuild all the 2000 binaries of MBI is
really too slow.

Tiny cosmetics around MBI

MBI: Do not use arrays out of bound

Fix java test

Be a little less optimistic about double precision, use the same default
surf precision

Cosmetics: doc about System's concurrency

Cosmetics: System.cpp

Rename staged_penalty to staged_sharing_penalty_

Merge branch 'issue105' into 'master'

Fix #105 - Unify expand and expand_add

Closes #105

See merge request simgrid/simgrid!92

ignore MBI in cobertura reports. Keep them for PVS for now, as report may be useful

test activating MBI on coverage build

MBI: typo

MBI mark the test requiring the detection of local variables as failing

MBI: buffer on stack is a programming error, not a MPI error

MBI test: disply the right buffer on error

Resynch MBI generators with upstream

CollP2PMessageRaceGenerator.py: Replace source of second recv for message race.

(+ whitespace cleanups)

Reactivate the last MBI generator now that it produces tests that compile

Fix dead links.

Not sure what to do with the remainging links to
pda.gforge.inria.fr / lists.gforge.inria.fr / gforge.inria.fr/tracker

[ci-skip]

Cosmetics: don't talk about ActorIDTrait if it's not required.

Slightly improve message on deadlock.

Remove unused member.

[sonar] Don't mix public and private members (mc::State).

[sonar] Don't mix public and private members (mc::ModelChecker).

[sonar] Don't mix public and private members (resource::DiskImpl).

Expose signals Activity::on_suspend and Activity::on_resume in s4u

Earlier, they were only accessible from ActivityImpl

kill a signal that never worked anyway

Yet another tiny improvement to the release process

Make it possible to have an empty profile callback.

Sonar is right: a std:vector is just fine here.

Add remaining Comm bindings and examples

Make NOW a static member of EngineImpl.

Make maxpid a static member of ActorIDTrait.

Use a std::unique_ptr, and avoid explicit new/delete.

Save more std::string copies.

Avoid unnecessary copy of std::string parameter.

kill trailing spaces and tabs in MBI files

Sync MBI generators with upstream modifications

Remove a reference to gforge from the README

Revalidate the tesh outputs after cosmetics to the output in mc_dfs

Fix the dependency of inter-comm transitions

Saying that COMM are indep with non-COMM transitions is good, but this
shouldnt mess up with the computation between COMM transitions...

tiny fix in release process

MC: be explicit when reaching an execution end (it's important when reading user's output)

Comm transitions are INDEP with non-comm transitions

More XBT_PUBLIC for mingw.

[ci-skip]

A few Sonar smells.

Wrong find&replace.

Misc Python smells from codefactor.io.

* unnecesary semicolon
* unnecessary "pass" statement.
* unnecessary "else" after "return".
* unnecessary "global"
* specify exception type
* testing for None should use the 'is' operator
* don't redefine built-ins
* unused statements (import, assignment)

Unnecessary newlines.

[ci-skip]

Define macro XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v336.

Remove deprecated features for next release (3.32).

FIXME: NetZoneImpl::on_route_creation is not removed.

Start the dev cycle toward v3.32.

Fix the release date in the release notes

Release v3.31

Update tuto MC to the latest tool output

Add test for issue105

Fix make distcheck, once again

Complete the documentation of v3.31

pedantic is now implied by -analyze

Changelog update

-analyze implies pedantic mode

give a (small and random) value of smpi/ois and smpi/os flags for mpich3 tests. Rationale is that it can speedup some tests a lot, as without it and async_small_thres, a lot a small messages can be sent at the same time in a loop, piling in the system and causing a lot of lag when lmm needs to handle all of these messages at once

Returning a value from simcall_blocking's lambda is misleading.

The return value is in fact obtained from observer->get_result().

Cosmetics: coding-style.

[ci-skip]

Revalidate the tesh of a MC test that has now less combinatorial explosion

This is the result of the optimization introduced in
c40f6bc2301d8b7039f7ced0cd40b2bf6e3879ed

remove spurious barrier calls in comm creation and win creation.
standard allows them but they are not mandatory I think (and slow down mc)

Resynchronize simgrid's MBI adapter from MBI project

Add the remaining MBI generators

small sonar fixes