mem leak

pass collective selectors through mpich-coll test suite

star-mpi's pairwise alltoall is only valid for power of 2 cases, add openmpi's one instead

correct a few bcast algorithms and change the test to actually use them all

have allreduce test work on much larger arrays to trigger segmentation in one algorithm

ompi selector was using the wrong algo for alltoallv, add the right one and use it

increase tesh timeout for replay

add forgotten test for an mpich algorithm

apply some coding standard in function naming (agier has to be in
vacations ... ;))

don't call things storage when it's mount

don't call things storage when it's mount

This is a bug in the implementation in OpenMPI, with OpenMPI accidentally working.
That's because MPI_ANY_SOURCE is also -1 in OpenMPI.

test for barrier algorithms was testing scatter ...

change some defined values to less current ones

MPI_ERR_COMM was sometimes returned instead of MPI_ERR_RANK in SMPI

reduce_scatter default implementation was a mess

if we send 0 data, don't bother with subtypes

add option "smpi/use_shared_malloc", with true as default, to allow disabling the shared memory SMPI stuff dynamically
Useful for debug purposes, to see if the shared memory is the cause of a bug

yet another simplification of the storage API: we don't manage
file contents, no need for a buffer as parameter ...

size shouldn't be accessible from the user API.

Fix of pastry

Add pastry msg example (First attempt)

Change xbt_os_timer interface to handle cpu time, thread time and
wall time distinctly.
Windows section isn't test.

Signed-off-by: Guillaume Serrière <guillaume.serriere@esial.net>

Use HEAD as default reference for git archive.

The default branch may be undefined.

Add a small value to avoid rounding differences between x86 and x86_64.

Change type double for size_t.

Remove unused variables.

Comment out useless operation.

Add missing dependency.

wrong file name in cmake file

add missing prototype

openmpi recently changed its decision for alltoallv algo

add missing replay files to dist

forgot one file

we now have an mpich selector, and a bunch of new algorithms (--cfg=smpi/coll_selector:mpich)

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

SIMIX call + MSG function + Java binding for get_core

model-checker : restore while statement for bugged1_liveness example

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Properties available for cluster tag

model-checker : update bugged1 and bugged2 tesh (different compilation flags)

model-checker : MC doesn't work with thread context

disable optimizations for build MC in jenkins

unused variable if tracing disabled

model-checker : increase timeout in tesh

model-checker : missing #ifdef

model-checker : update bugged2 tesh

model-checker : fix (again ..) DPOR for iSend/iRecv and Wait communications

- add rdv_cpy in s_smx_action_t structure. comm.rdv is used for
  garbage collection and set to NULL when the communication matches
  with another communication already pushed and waiting in the
  mailbox.
- iSend/iRecv and Wait communications are independant if the
  communications are not in the same mailbox. Otherwise, the
  iSend/iRecv communication process issuer must be different of the
  src_proc or dst_proc of the Wait communication, or, src_buff and
  dst_buff of the communications must be different.

model-checker : improve debug messages

barrier tests

end of ompi collectives addition, with barrier

add tests for scatter

add scatter algos from ompi

unused variable

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

add reduce scatter collectives from openmpi, and fix existing one
and add tests, without doing separate commits because it is 2AM

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

fix Node.java

Simplify the link specifications for libSG_java on win32 (untested).

The variable SIMGRID_LIB_NAME_NAME is never used, and probably gets an
undefined value here.  Remove its definition.

The variable SIMGRID_LIB_NAME is never set.  Remove reference to it.

Finally, use "target_link_libraries" for all platforms since I can't find any
reason to avoid it on win32.

Note that these changes are untested.

Prototypes were changed by previous commit.

further simplification of the storage API, keep size only as nmemb was
never really used.

Use correct modifier, and don't lie about pointer type.

Address compilation warnings.

Add CMakeLists.txt for examples/msg/semaphores/.

Sort entries.

Add files to the dist archive.

This file doesn't belong to the dist archive.

Use real parameter name in comment.

AS access from MSG layer

remove warnings 2

remove warnings

Remove debuging printf

Fix jmsg_as getSons

Add msg As getModel and GetHosts

Add missing files

Access AS hierarchy at Msg layer

add test for gather collectives

add gather collectives from ompi

Fix bug happening with MPI_Datatypes
Provide better support for contiguous datatypes

add allgatherv algo from ompi

add new allgather algo from ompi

size_t instead of unsigned long for storage size and used_size

simplify the simcall stack for file unlink
there are still a few leaks: as unlink does not totally destroy the
data structures. If the same file descriptor is reopened (new file is
created), here comes the leak ...

there is no stat on files anymore

cleaning step: uniform naming (stream to fd) + some cuts at 80
characters

one parameter less for open

get rid of mode for open in Java bindings too

get rid of "mode" parameter in the open file function. It wasn't used
anyway.

add missing file in dist

remove warning

remove warning

add new algos for reduce from ompi

add another ompi bcast algo

add one more bcast algo

useless line

add tests for ompi selector

add a new allreduce algorithm from openmpi

activate commute flag for MPI_Op, adds smpi_op_is_commute to test it (-1 FIXME !)

remove warnings in smpi selector

model-checker : update tesh for liveness example