smpicc: don't add -shared when SMPI_PRETEND_CC is on

all mpi programs are compiled in the -shared binary model so that we
can load them with dlopen afterward. But shared binaries cannot be run
by themselves, which is a problem to ./configure that wants to ensure
that mpicc is a real compiler (not a cross-compiler) by executing some
stupid code of its own.

Before the introduction of dlopen as a privatization mechanism, we
used to prevent the binary doing weird things when SMPI_PRETEND_CC was
defined. Now, we extend this mecanism for our compiler wrapers to play
safe in this case.

add gnu+11 flags to smpicxx as this seems needed

Use C++ style casts.

It won't compile without C++ anyway.

Variables are already declared in surf_interface.hpp.

File surf.hpp is C++ only.  Remove SG_BEGIN/END_DECL.

Function surf_get_clock() is already declared in surf.hpp.

prefer this_actor:: to Actor::self()->

better approximation of a typed #define

forgot to rename this one

[SMPI] Replay: Fix datatype initialization

[SMPI] Fix branch conditions

Compile and link smpi_replay with smpicxx.

Use standard __func__ instead of __FUNCTION__.

Fix format.

#include <string>

Remove std::move.

According to clang:
src/xbt/xbt_replay.cpp:123:38: error: moving a temporary object prevents copy elision
      [-Werror,-Wpessimizing-move]
      simgrid::xbt::ReplayAction evt(std::move(simgrid::xbt::get_action(argv[0])));
                                     ^
src/xbt/xbt_replay.cpp:123:38: note: remove std::move call here
      simgrid::xbt::ReplayAction evt(std::move(simgrid::xbt::get_action(argv[0])));
                                     ^~~~~~~~~~                                 ~
1 error generated.

Merge branch 'master' of ssh://scm.gforge.inria.fr/gitroot/simgrid/simgrid

Kill unused typedef.

[SMPI] Datatype: Make the dt id a std::string

Currently, the Datatype::encode() function returns a
const char*. Using a temporary object as returned from
std::to_string() would return a temporary memory address via
.c_str() and hence cannot be used.

Once encode has been moved to std::string, this could potentially
be an int again...

[SMPI] Prohibit execution of negative flops

This was often caused by smpi/host-speed:-1 because
in some cases, flops = duration * host-speed

I replaced one smpi/host-speed:-1 with smpi/simulate-computation:0
due to a brief conversation with Augustin Degomme today:

14:22 < degomme> host-speed -1 c'est une convention qu'on utilisait
14:22 < degomme> c'est synonyme de simulate_computation=0
14:22 < degomme> ou un truc du genre
14:22 < degomme> quand l'option n'existait pas .

[SMPI] Rename (recv|send)_sum -> (recv|send)_size_sum

[SMPI] Replay: C++-ify AllToAllV action

[SMPI] Replay: C++-ify reduceScatter action & change tesh

These modifications also required to adapt the tesh:
Before, the computation value in comp_size was stored in an
integer, which was too small:

-2147483648 2905064291.000000
   ^^^^^    ^^^^^^^^^^^^^^^^^
    int          double (actual value from trace)

This means that all the test results were wrong and had
to be corrected.

[SMPI] Replay: C++-ify scatterV action

[SMPI] Replay: C++-ify scatter actions

[SMPI] Replay: C++-ify gatherV and allGatherV actions

[SMPI] Replay: Add name parameter to parser

[SMPI] Replay: C++-ify (all)gather action

[SMPI] Replay: C++-ify AllReduce & AllToAll actions

[SMPI] Replay: C++-ify (All)Reduce Action

[SMPI] Replay: Use correct buffer (recvbuffer)

[SMPI] Replay: C++-ify bcast action

[SMPI] Replay: Cleanup WaitAction a bit

[SMPI] Replay: C++-ify barrier action

[SMPI] Replay: C++-ify WaitAll Action

[SMPI] Replay: C++-ify Communicator-Actions

[SMPI] Replay: C++-ify InitAction

[SMPI] Replay: Cleanup WaitAction a bit

[SMPI] Replay: Remove action_* functions

Since we moved to std::function for the callbacks, it's much more
convenient to just use a lambda-function. The lambda itself is required
as we need to create a new object every time that action is executed
(and not one object that is shared between executions).

[SMPI] Replay: C++-ify TestAction.

[SMPI] Replay: Remove static communicator_size variable

- This variable was unused, as all of the actions use something like
  MPI_COMM_WORLD->size() to obtain the size.

[SMPI] Replay: Cosmetics

[SMPI] Replay: Make start_time a local variable

[SMPI] Replay: C++-ify compute action

[SMPI] Replay: Use std::function for i/send, i/recv actions

[SMPI] Replay: Use std::bind / std::function for the wait action

[SMPI] Replay: Move callbacks to std::function

[SMPI] Replay: C++-ify (I)Recv, (I)Send

[SMPI] Replay: Classify the actions, start with Wait

[SMPI] Cosmetics: Remove 3 blank lines from smpi_global.cpp

[SMPI] Deployment: Move function signatures to std::string

Except for the SMPI_app_instance_register, as it is part of the (C-)API.

[SMPI] Remove all references to decode_datatype

This is now calling simgrid::smpi::Datatype::decode(std::string) (I moved
the argument from char* to std::string)

sed -i -r -e 's@decode_datatype\((.*?)\)@simgrid::smpi::Datatype::decode(\1)@' src/smpi/internals/smpi_replay.cpp

[SMPI] Datatype: Remove all encode_datatype calls

We now use simgrid::smpi::Datatype(dt) instead.

sed -i -r -e 's@encode_datatype\((\w+)\)@simgrid::smpi::Datatype::encode(\1)@' src/smpi/**/*.cpp

[SMPI] Datatype: Make encode() a static member

MPI_DATATYPE_NULL may be passed to the encode function and we hence
need to check if the argument is null; if we just call
dt->encode(), we would always have to check before that call if dt is nullptr
This way, we just call Datatype::encode(dt)

[SMPI] Remove class definition...

[SMPI] Replay: Macro cosmetics

[REPLAY] Remove C-based Replay API

This is a huge commit, unfortunately, but it was not possible
to split it up easily without breaking the build.

This commit changes:

- Remove the 'const char* const* action' madness, replace by
  std::vector<string> (aliased as ReplayAction)
- Rename replay.c to replay.cpp
- Change CMake files
- Rewrite several macros to make them C++ compliant

[SMPI] Replay: Move CHECK_ACTION_PARAMS macro to the top of the file

[MSG/Replay] Delete old msg/replay code

[XBT] Remove a new/delete pair from xbt-replay code

[SMPI] Replay/Memory: Move tmp buffers from replay to memory

This is not the best solution, especially since we need a new function
right now to free tmp buffers at the end of the replay. However, this
may make the replay a bit cleaner and we can find another solution during
this refactoring process.

[SMPI] Replay: Use the right buffer (c&p error?)

[SMPI] Replay: Replace atoi by std::stoi

[SMPI] Replay/Allgatherv: Account for disps parameters in a replay trace

[SMPI] Replace encode_datatype calls with dt->encode()

[SMPI] Datatypes: Make them all replayable

This commit assigns a unique id to all MPI_* datatypes.
This id is used for 'encoding' the datatype (for traces).

[SMPI] Added comment regard Datatype::keyvals

[SMPI] Replay: C++ify action_allgatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move MPI_CURRENT_TYPE from global to local scope

[SMPI] Replay: C++ify action_gatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: C++ify action_scatterv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move action_reducescatter to std::shared_ptr

[SMPI] Replay: C++ify action_allToAllv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[INSTR] Move vector* to shared_ptr<vector>.

By initializing an object, for instance of type VarCollTIData,
the vectors containing receive and send counts were deleted
when the TI object was deleted. This is unexpected by a 'normal'
user - by accepting shared_ptrs, this can be ameliorated.

The constructor that still accepts vector* should be removed once
all initializations use the constructor accepting the shared_ptr.

[SMPI] Move disps arrays to vectors

We now initialize the array immediately and just use disps.data()
to access the internal data array.

[SMPI] Replay: Remove local variables from action_reducescatter

[SMPI] Replay: Remove unnecessary initialization

[SMPI] Replay: Remove side effect from decode_datatype

The MPI_CURRENT_TYPE variable shouldn't be modified here.

[SMPI] Replay: Remove unused KEY_SIZE macro from .cpp

[SMPI] Replay: Declare variables as static

[TESTS] Fix smpi replay test for allgatherv

The trace contains data for 4 hosts, although -np 3 was specified.
This lead to smpi incorrectly reading the specified datatype, as the data
for the 4th host was taken as said datatype.

[SMPI] Replay: Use std::vector copy-constr. instead of loop

[SMPI] Clean initialization of MPI_CURRENT_TYPE and root

Revert "Please mingw."

This reverts commit f364225c23f541330fdc9a512d551a683cf374c9.

It was supposed to fix warnings, but now gives errors:

C:/projects/simgrid/include/simgrid/s4u/Mailbox.hpp:116:26: error: function 'void simgrid::s4u::intrusive_ptr_add_ref(simgrid::s4u::Mailbox*)' definition is marked dllimport
   friend XBT_PUBLIC void intrusive_ptr_add_ref(Mailbox*) {}
                          ^
C:/projects/simgrid/include/simgrid/s4u/Mailbox.hpp:116:26: warning: 'void simgrid::s4u::intrusive_ptr_add_ref(simgrid::s4u::Mailbox*)' redeclared without dllimport attribute: previous dllimport ignored [-Wattributes]
C:/projects/simgrid/include/simgrid/s4u/Mailbox.hpp:116:26: error: function 'void simgrid::s4u::intrusive_ptr_add_ref(simgrid::s4u::Mailbox*)' definition is marked dllimport

Remove extern "C" from cpp files (src/smpi/).

Remove useless extern "C" from msg_private.hpp.

Remove extern "C" from cpp files (src/bindings/).

Remove extern "C" from cpp files.

Specifying extern "C" at declaration in header files should be sufficient.

Call atexit() from xbt_cfg_new().

Rename sg_config.h -> sg_config.hpp.

Function has been renamed.

Return value is useless (always 1).

Use <stdbool.h> for C files.

Use C++'s true/false.

Please mingw.

Remove useless intermediate variables.

Make func_f/fp/fpi static methods of lmm::Lagrange.

Using namespace simgrid::kernel.

Make static functions in lagrange.cpp static methods of lmm::Lagrange.