finish the API under the new format

- Add some 'const' method decorators on my way
- We cannot drop the breathe extension of sphinx yet because autodoxy
  does not parse typedef (nor enums) yet so we use breathe for that
- Other bugs surfaced in autodoxy, but I'm short on time so I worked
  around them. See find-missing.ignore for a list of weird things.

autodoxy: Don't ignore const-ness discrepencies in prototype

It is fragile and makes the code less readable. Fixing the doc
actually works (I was conserned that the extra space could break
something), so there is no point.

no need to link the python doc to the C++ one with the new formating

Add suppressions for TSan.

Rename ASAN suppressions file.

Existing suppressions seem useless nowadays, comment them.

[sonar] const++

document Virtual machines

Even if I hate to document code that should change. Here, we should
kill the fact that s4u::VirtualMachine extends s4u::Host, as it only
complicates things for nothing. It probably requires that we
dupplicate the methods this_actor::exec() and Actor::set_host() to add
a variant taking a VM instead of the host, but that would still be an
improvement.

Also, the zone C type should probably be renamed into netzone for
consistency.

document netzones

doc: fixes and document Link in the new way

autodoxy: don't complain if the provided prototype is missing 'const'

finish the doc under the new format for Host

ignore MSG and friends on sonar

Fix test mc/mutex-handling.

It runs correctly now, but I'm not sure of its results.

In particular, it seems to find a counter-example correclty, contrarily of what
is written in leading comments.

Cosmetics: use std::vector, so that it's automatically initialized and free'd.

add std=legacy flags for f77/f90 codes that don't compile anymore with gfortran >= 10

try to get the mpich3 tests to compile with gfortran 10

docs/installing: improve the python part

document the enable_msg build-time flag

lower-case -Denable_msg and improve changelog

Finally disable deprecated options (Java and MSG) for Coverage.

Forgot a newline.

Cosmetics: consistently add an empty line between versions.

Cosmetics: fix "Malformed whitespace in C++" spotted by codefactor.io.

Trailing semicolons are not needed (codefactor.io/lintr).

Please codefactor.io/ShellCheck.

Enable MSG for Coverage builds.

Remove old workaround.

only install the msg header if MSG was compiled in

Add some parallel tests in S4U too

fix tests when building lua w/o MSG

fix pip builds

revalidate a python tesh after the merge of SimDAG++

Merge branch 'master' of framagit.org:simgrid/simgrid

travis: windows needs java+MSG

be coherent on building Java/MSG on gitlab-ci, too

be coherent on Java vs. MSG on travis, circleci and appveyor

Merge branch 'depencencies' into 'master'

Dependencies: First working PoC of SimDAG++

See merge request simgrid/simgrid!27

bummer

Jenkins: don't fail when Java/no MSG

jenkins: Add MSG/NOMSG to the Flags job alternative

fix make distcheck

jenkins: turn Java and MSG off on non-MC builds

We should probably disable it all together at some point, but keep
them for now. Since some MC tests are not ported to s4u yet, it will
be MC that keeps MSG for now.

Merge branch 'master' of framagit.org:simgrid/simgrid

Add a cmake flag to not compile MSG at all

plug leak and check received payload

Merge branch 'master' into depencencies

test dependencies with Comm too

add smpi_execute_flops_benched call

allow for chaining of add_successor

simplify dependencies stuff (less accessors)

dependencies support for Comm (needs testing)

implement generic ActivityPtr

small cleanups in the s4u::Activities

fix a FIXME

use ActivityPtr

Merge branch 'master' into depencencies

Prepare the upcoming release.

- The documentation is not completely reorganized yet
- The dependencies branch still needs some love to be merged

But we still plan for a 3.25 release this week-end, if luck permits.

Merge branch 'master' into depencencies

cosmetics in CMakeLists.txt

MC: more specific doc in the user API

MC: various cleanups done while debugging something

MC: when exec()ing the app, first pass any parameters passed to the MC

start documenting Hosts in the new way

Document disks in the new way

fiddle with the doc of actors

add some fortran bindings, useful for bigdft

Emit a warning when a link's latency is smaller than surf/precision.

Contributes to FG issue simgrid/simgrid#46.

Kill obsolete TODO.

Merge branch 'master' into depencencies

keep quiet for valgrind tests on ci to avoid false positives with tesh

Disable python tests with valgrind.

That's too much inexplicable noise.

Merge branch 'master' into depencencies

Put only the declaration between SG_{BEGIN,END}_DECL.

deal with dependencies for Io too
add an example that chains Exec and Io

release dependencies when test completes an activity too

enable dependencies between activities of different kind

Merge branch 'master' into depencencies

Revert "Lame attempt to hide problems on Jenkins."

This reverts commit 9c4576b88a62b128692436b70a3e7b2e48b1a396.

Please Sonar (duplicated string literals...).

Sonar is picky about function names.

Update ChangeLog.

Fixed simgrid/simgrid#9 on Framagit.

Increase required version for pybind11.

Cmake: print pybind11 version.

Travis/windows doesn't like python.

ImportError: DLL load failed while importing simgrid: The specified module could not be found.

Enable Python for Travis/windows too.

Please Python linters.

Re-enable python on appveyor.

Don't decrease reference count here.  WHY?

Fixed: python-actor-create.

Increasing reference count seems to help.  WHY?

Fixed: python-actor-migrate, python-exec-async, python-exec-dvfs, python-exec-remote.

Use GilScopedRelease when a simmcall can occur.

Tests still failing:
        python-actor-create
        python-actor-migrate
        python-exec-async
        python-exec-dvfs
        python-exec-remote

Fixed: python-exec-basic.

Use GilScopedAcquire to create a new Python thread state when an actor is started.

The call to py_context.reset() is here to avoid deadlocks seen later with
SwappedContexts.

py::error_already_set::~error_already_set() uses py::gil_scoped_acquire which
does not play well with our GilScopedAcquire.

Release the GIL when calling Engine::run.

All tests are broken from now on...

Define GilScopedAcquire and GilScopedRelease.

They have the same purpose as py::gil_scoped_acquire and py::gil_scoped_release.

The main difference is that we avoid to use thread-local storage (TLS).

Merge branch 'depencencies' of https://framagit.org/simgrid/simgrid into depencencies

Improve handling of dependencies, debug and example

Add tests for FG bug simgrid/simgrid#9.

Re-enable test: python-actor-lifetime.

Test python with multiple context factories.

cleanups

working version