[cmake] Add _DARWIN_C_SOURCE

It is needed when defining a specific value of _XOPEN_SOURCE.

Get rid of the MACOS tests

I don't know where it's supposed to come from but it's not defined.

Remove extraneous parentheses

clang is not happy.

fix unused return value warning

Define a version for _XOPEN_SOURCE

700 is for X/Open7 (superset of POSIX 2008)

[cmake] Try to simplify the ucontext checks

Remove IS_WINDOWS (not used)

Remove windows_context (not used)

Remove PRINTF_STR

It was only used in tests.

useful error message when requesting for the debug log level while using -DNDEBUG

SMPI replay: make sure that the replay is inited even if rank 0 is not first for some reason

small doc improvement

Remove non-statis initializer in s_dw_type, s_mc_object_info

Not supported with GCC < 4.8.

[jenkins] Remove unused jenkins scripts

Kill the pipol build scripts

pipol does not exist anymore.

[jenkins] Cleanup memcheck files in the DynamicAnalysis script

Remove unused variable

[SMPI] smpi_process_init: revert to SIMIX_process_count() use

[SMPI] Update test output (smpi_replay.tesh)

Cosmetics

[SMPI] index_to_rank_map must be a xbt_dict, not a xbt_dynar

[SMPI] change SIMIX_process_count() by process count

[SMPI] reqq must be a xbt_dict not a xbt_dynar

[SMPI] Fixed smpi_replay_init()

- Force context switch to be sure that MSG_processes begin
initialization and fill various variable (e.g. group->rank_to_index
_map)

[SMPI] Fixed smpi_replay_init()

- Bug raised when there are MSG_processes which are not
participating to SMPI. The smpi_replay initialization supposed
a MSG_process with index equal to 0.

tiny small cleanup of a messssy code

Java should prefer the bundled version of native libs

Using the bundled version removes any versionning problem for the
simgrid_full.jar. This fixes #9 on github.

Remove cycles in #include files

MacOS X clang is not so happy about typedef-ing xbt_dynar_t twice
(because it's a C11 feature).

Merge pull request #16 from Tien-Dat/master

Java io examples fix

Java io examples fix

Fix the filenames in examples/java/io/Node.java file

crude revalidation of a tesh file that Christian will fix properly with his still cooking lua branch

kill an useless example

make sure that MSG_host_get_wattmin_at() is tested

revalidate a tesh file that I recently broken -- sorry

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

rename an energy example

[Windows] Fix access to root log categories from other libs

If we `dllexport` the root log category, MinGW does not want us to
take its address with the error:

> initializer element is not constant

When using auto-import, MinGW is happy.

We should handle this for non-root log categories as well.

New functions getWattMinAt and getWattMaxAt

[Windows] Proper declaration of [v]asprintf()

Add some doc stuff to .gitignore

[cmake] Fix Java binding generation

Fix dllexport/dllimport declarations (Windows)

- some were inconsistent;
- XBT_PUBLIC() was used for variables instead of XBT_PUBLIC_DATA().

Fix the Java compilation and linking

Use _mkdir in direct.h on Windows

Try to be consistent bewteen xbt_os_thread.h and xbt_os_thread.c

xbt_os_thread.h was choosing the definition of xbt_os_thread_key_t
based on _XBT_WIN32 but xbt_os_thread.h was choosing the
implementation of the corresponding code based on HAVE_PTHREAD_H. But
it is possible to HAVE_PTHREAD_H on _XBT_WIN32.

Remove an explicit declaration of pthread_mutex_timedlock()

"redefine the function header since we fail to get this from system
headers on amd (at least)"

I guess, this should be fine now. It causes issues with Windows target
because we need to declare it with dllimport.

Break #include-dependency cycle

between simgrid_config.h and misc.h (and dynar.h)

Add missing #include for _XBT_WIN32

Hopefully fix the strdup/_strdup issue

The problem was related to the fact that, when compiling in C++11
standard mode (--std=c++11), the compiler/library would not let us use
the (non-C++11-standard) strdup()/_strdup() functions. However, the C
code was not affected (and the cmake function detection function was
not affected as well and was detecting the functions as available). We
have to compile in C++11-with-extensions mode (--std=gnu++11) in order
to get them.

Fix strdup/_strdup detection

strdup() is not standard C/C++. On Windows, noth _strdup() and
_strdup() are available in C. However, strdup() is not available in
C++ (ar at least in standard C++ mode?). The result is that cmake
dtects that strdup() is available but the C++ compiler fails to
compile code using it. We just use _strdup() on Windows.

[Javadoc] Fixed wrong JDoc comment

[Doc] Reordered options in options.doc

[Doc] Added section on --cfg=plugin:*

[Doc] Added tentative note on collective algorithms to doc

[Doc] Added note on --cfg=vm_workstation/model to options.doc

[Doc] Added documentation for --cfg=msg/debug_multiple_use

[Doc] Added a brief note on --cfg=storage/model

[Doc] Fixed doxygen bug: 'Userspace is not a file'

- the @file directive needs a filename after @file,
  I added that...

improve the doc of MSG_host_on() and friends

Revert the sem_open 'fix'

Fix dist

Fix Windows build

[Doc] Fixed 'undefined references' error

[Doc] Fixed XML-HTML errors

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

New example for MSG host ON/OFF switching

New: MSG_host_get_pstate() and smpi_get_host_pstate()

'auto'? seriously?

Simplify the stack direction detection

For some reason, it did not work on Windows.

Use xbt_strdup instead of strdup

Use _strdup is strdup is not available

Thank you, Windows.

Some (partial) fixes for cross-compiling to Windows

make sure that the doxygen don't use LaTeX, even for formulas

forgot that reference to a renamed function

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

further energy interface cleanups (see changelog)

MSG_host_get_pstate_number() -> MSG_host_get_pstate_count()

[mc] Make Process:object_infos a srd::vector of std::shared_ptr

[mc] Give ctor/dtor for s_dw_type

[mc] Add ctor/dtor for s_mc_object_info

[mc] Make s_mc_snapshot_stack::context not a pointer

[mc] Make s_mc_snapshot_stack::stack_frames a std::vector

[mc] Make s_mc_global_t::stacks a std::vector

[mc] Make s_mc_stack_frame::frame_name a std::string

[mc] Make s_mc_snapshot_stack::local_variables a std::vector

[mc] Make s_local_variable::name a std::string

[mc] Move s_local_variable in mc_snapshot.h

[mc] Make Snapshot::snapshot_regions a std::vector

[mc] Make Snapshot::to_ignore a std::vector

[mc] Make Snapshot::ignored_data a std::vector

[mc] Make Snapshot::current_fds a std::vector

[mc] Make Snapshot::stack_sizes a std::vector

[mc] Make Snapshot::enabled_process a std::set

[Cmake] Fixed typos in and restructured Options.cmake

[Cmake] Fixed wrong set() syntax in cmake files

- Files CTestConfig.cmake and Options.cmake were affected

- The variable BUILDNAME is declared to be INTERNAL; this
  means that it should not be displayed in any GUI. However,
  as the "keyword" (note the quotation marks here) TYPE was
  given (this does not exist!), it was still displayed; however,
  the "docstring" property was missing, so I added it.

- Check out the documentation here:
  http://www.cmake.org/cmake/help/v2.8.7/cmake.html#section_Properties

[mc] Do not clobber CMAKE_C_FLAGS and friends

[doc] Fix header

[Doc] Added references to the calibration scripts

[Doc] Corrected section reference

[Doc] Added section on smpi/use_shared_malloc