[mc] Remove declaration of mc_read_pagemap() in mc_page_store.cpp

It is now in mc_page_snapshot.cpp.

[mc] Optimise more files

Switch to the right version of cmakefiles for mpich3 tests.

remove warning

remove now useless functions

remove now useless comments

add MPICH3 rma tests (15 out of 88 should be passing now)

First steps for implemtation of MPI Onesided Operations :
Support for MPI_Win structures, MPI_Put, MPI_Get, MPI_Accumulate, MPI_Win_Fence

[mc] Always inline mc_page_store_get_page (C version of page_store->get_page())

model-checker : clarify comments

[mc] Move method definition out of class declaratio and force inline

Fix java tests : this dynar may be empty, don't try to iterate on it

Remove call to concurrent-rw test

[mc] Reset the softdirty bits *before* restoring the ignored bytes (not after)

We want to know what has changed since the last per-page snapshot: we
have to reset the soft dirty bits just after the per-page restoration.

Remove storage.xml example file

[mc] Try to use optimisation with some part of the MC

Initiate java bindings for MSG storage API

Add new tesh suite for msg-storage

[mc] Always inline 'inline' functions

The MC is usually compiled without optimisation as they tend to
confuse the state comparison. But we *really* want to inline functions
declared 'inline'.

remove documentation of non-existing date parameter

prevent warining for undocumented (because internal) enum members when
making doc

doc is whining +indent

don't do the call if an error is caught before

Remove benchmarking calls from cart_create

Small fixes to the documentation

Remove some unbreakable spaces breaking the pdf generation

[mc] Fix compilation warnings/errors when optimizing

[mc] Documentation of mc_page_snapshot

[mc] Config to disable soft-dirty page tracking --cfg=model-check/soft-dirty:yes

It is here mostly to test the effect on soft-dirty page tracking on
the performance of the simulator. It might be removed in the future
once we will be certain that soft-dirty page tracking does not have a
significant negative impact on some workloads.

[mc] Avoid big alloca in mc_snapshot_region_memcp and mc_snapshot_memcp

Be more stack friendly.

[mc] Poor man's TCO in compare_heap_area_with_type()

This is slightly more friendly for the stack.

[mc] Do not allocate pagemap buffer on the heap

This won't work very well with small stacks.

[mc] pread_whole must restart in cas of EINTR, not EAGAIN

This probably won't happen with this file anyway.

[mc] Documentation about per-page snapshots

[mc] Add some documentation

[mc] Avoid region lookup when we know we are in the heap

[mc] Fix bug mc_snapshot_read_fragmented

Return the correct address.

[mc] Replace test-and-die with assert

[mc] Avoid looking up region in mc_diff (we are in the heap)

[mc] Fix mc_snapshot_read_fragmented

[mc] Remove heap{base,info}{1,2} field in struct s_mc_diff (not meaningful in per-page snapashots)

[mc] Fix inverted test on page soft-dirtiness

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Merge branch 'v3_11_x'

Conflicts:
examples/msg/properties/msg_prop.c
examples/simdag/properties/sd_prop.c

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

add rule to use gcc-ar and gcc-ranlib instead of ar and ranlib for gcc >=4.9
see https://gcc.gnu.org/gcc-4.9/changes.html for explanations

Revert "try to have all these mpich temporary libs sent to the right folder while building"

This reverts commit 3f8e8c0e3b6c8faab8c96a8875bff2eaebbe3e99.

Improve Packet level simulation documentation

Fix bug with const in java bindings

try to have all these mpich temporary libs sent to the right folder while building

Update tesh files after commit 2c2afb4d73ea196ea97ca46bc89dd512451222db (untested).

[mc] Do not use offsetof() in mc_snapshot_get_heap_end

We don't need this. It's much clearer like this.

[mc] Fix mc_snapshot_get_heap_end() for per-page snapshots

[mc] Fix mc_translate_address_region() for per-page snapshots

It was completely broken :/

[mc] Remove mc_untranslate_address() and mc_member_snapshot_resolve()

Those were working in the snapshot address space so we do not use them
anymore (it is not very useful to work in the snapshot space when the
snapshot space is broken in pages).

We work in the process address space instead (mc_member_resolve).

[mc] Use mc_snapshot_read in snapshot_compare (compatibility with per-page snapshots)

[mc] mremap does not like MAP_PRIVATE|MAP_ANONYMOUS regions

Use a MAP_PRIVATE one instead.

[mc] Add option --cfg=model-check/sparse-checkpoint:yes to enable per page snapshot

[mc] Fix bugs in mc_page_snapshot

[mc] Use mc_snapshot_read in mc_diff (compatibility with per-page snapshots)

[mc] Use mc_snapshot_read in dwarf expression evaluation (compatibility with per-page snapshots)

[mc] Fix bug in mc_snapshot_read

It was broken when no snapshot was used.

[mc] Remove useless bits

Add some informations/help for the user on SIGSEGV

tiny doc update

cosmetics on some error messages

This should ease the future implementation of graphes in smpi

remove simgrid_documentation target from distcheck

add missing file for distcheck

ignore sigpipes (as tesh.c used to do)

[mc] Remove useless parameters in compare_local_variables

[mc] Group MC_ignore_global_variable("mc_diff_info"); its fiends

[mc] Remove useless parts in mmalloc_compare_heap, MC_take_snapshot_stacks, snapshot_compare

[mc] Use process addresses in mc_compare

This is necessary in order to work work with per-page snapshots.

[mc] Partial integration of per-page snapshot address translation (wip)

[mc] Simplify s_mc_snapshot_stack

Some fields were not used and have been removed:

  * stack_pointer (SP in the snapshot)
  * real_address  (address of the stack)

The first one does not make sense with page-fragmented snapshot.

Simplify the computation of snapshot->stack_sizes[cursor].  The old
computation did not make sense with page fragmented snapshots.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Some boilerplate around IB networking

change symbol name to match one declared in mpif.h

Uninstall recently added manpages
Fix typos in documentation

Requalify one more test

Revalidate tesh files

[mc] Update doc for page_store

[mc] Page-level sparse snapshot: work-in-progress, working page_store

Implement page_store which stores immutables/shared/refcounted copies
of memory pages.

[mc] In MC_ignore, keep the zeroed data out of the main snapshot

The previous implementation was zeroing out the snapshot data

   * so that it will be automatically ignored by the state comparator;

   * but not for the first snapshot in order to be able to backtrack
     to the initial state;

In preparation for the per-page snapshoting code, we

  1. zero out on the main memory;
  2. keep the zero-ed bytes out of the main snapshot regions;
  3. restore the zero-ed bytes.

This way the state comparison code and the per-page snapshoting code
do not have to worry about this. Moreover by normalizing, the
"ignored" bytes, we increase the possibility of sharing memory pages
in per-page snapshots.

example simplification and cosmetics

In tesh.pl, with "output display", print contents of array, and not a reference to it.

Increase size of junk area to 32 KiB in mm_legacy.c.

It is apparently needed when running Fortran tests through tesh.pl.

More updates to smpi* manpages.

Rpath active for make install on osX

Doc to install libboost on osX

add option to output the right name in smpiff
it used to compile with the temporary name instead, for example with some NAS

No rpath in libsimgird-java and libsurf-java

Network::shareResourcesFull revival

activate tests using resized and handle some corner cases

Implementation of MPI_Type_create_resized

add missing prototype

We should'nt allow the use of uncommited datatypes in communications.
Small fix to follow more closely the specs in mpi_type_free

torus should provide better results if latency is taken into account ..

Small correction in a manpage