Disable parallel executions with non-thread contexts under Tsan.

Raw/boot/sysv contexts lead to incomprehensible errors (segmentation fault, timeout).

Restore CMDARGS before LINKARGS (commit 11c619824e2acd338705a14680d99aaad4b80506).

It was breaking smpi_ampi and smpi_replay under TSAN.
Remove redundant -std=gnu++11 from LINKARGS, so that it can be overridden on command line.

Allow dlopen privatization with Tsan too.

RTLD_DEEPBIND is not supported by sanitizers.

Define HAVE_SANITIZER_THREAD.

Cosmetic rename.

Cosmetics: use cmakedefine01.

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

convert options to sphinx

Gosh that was a painful week-end.

let's not use useless casts

return the correct value in MPI_get_attr and friends in fortran instead of a random pointer value

pass linkargs before cmdargs to avoid overriding a potential -std argument

that's already converted to sphinx

ignore another binary

convert the SMPI doc to sphinx

fix make distcheck

improve doc to avoid mixture between Comm::set_src_data_size() and Activity::set_remaining()

improve the error messages so that you can understand them without reading the source code

convert the old SMPI tuto to sphinx (was only a placeholder)

convert the remain bits of S4U doc into sphinx

missing file

convert S4U examples to sphinx

improve documentation of DTD content

improve the doc of Actor::on_destruction()

Explain the difference with this_actor::on_exit()
This fixes https://github.com/simgrid/simgrid/issues/289

nice err msg for bummers

avoid a warning about unit-less bandwidth

tuto smpi: lab on visualization with class S, not A

Revert "Dlopen privatization should be okay now for TSan."

This reverts commit 67e587e01b533cbe388602107fdd5ea6e8970513.

Revert "Remove usage of RTLD_DEEPBIND."

It's in fact needed for starpu and some of the smpi proxy apps.

This reverts commit f257ec7c9ab6e14b11ea63378065db42105882b5.

Target_libs may be multiple.

tuto smpi: start lab 3 (Execution Sampling)

But I'm stuck because that version of the NAS benchmarks is in
Fortran, and I fear that our macro don't work in this case...

smpi tuto: Lab2 (Tracing and Replay)

smpi tuto: Lab 1 on vizu

smpi tuto: finish the Lab0

fix ns3, again

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Unify the host names in cluster description files

This will allow to have only one hostfile for all of them.
Particularly useful for the tuto.

Dlopen privatization should be okay now for TSan.

Remove usage of RTLD_DEEPBIND.

It does not seem to be mandatory, and sanitizers are complaining.

Let's see if it passes on CI servers.

Move check for null pointer before dereference.

tuto smpi: Lab0 (hello world) drafted

smpirun: make sure that <cluster is on its own line when computing the hostfile automatically

dockerfiles: install our files under /source/ and refresh images

tuto smpi: finish (for now) the platform section; draft the install section

cosmetics

cosmetics in graphical representations of cluster descriptions

hopefully fix the NS3 test

fix make distcheck, as usual :(

ignore a directory generated by sphinx

docs: sphinx 1.8.0 was released, so use it

Merge branch 'master' of github.com:simgrid/simgrid

Rename cluster.xml to cluster_backbone.xml

also, fix the make dist and some cosmetics.

cleanups in the cluster platform files

docs: prefer svg to png, and inclusion to copy/paste

cosmetics on the graphical TOC

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

fix sectionning and one typo

Graphical representation of example platforms

Merge pull request #292 from kovin/master

Cover with a test Mailbox::ready() method introduced in commit 1ed0e64dc40

Merge branch 'master' into master

SMPI tuto: Start stealing content from SMPI courseware

tuto smpi: add a picture explaining how it works

allow to have hidden/shown code blocks in the doc

Add an assert/fixme around Actor::set_auto_restart.

Use a std::vector for actors_at_boot_.

Several actors may use the same name (e.g. app-masterworker-multicore).
Also fixes a memory leak.

start the SMPI tuto

Typo.

tuto: don't speak of s4u processes (but actors)

docs: simplify and document that file

killing trailing whitespaces on png files is not cleaver

DTD: remove the last occurence of <gpu>

tesh: informative message for another error condition

Fix the DTD to not allow to mix internal node content with leaf content in a given zone

Fix https://github.com/simgrid/simgrid/issues/296

fix the SMPI tests that mandate smpi/wtime == 0

align doc and code on a more sensible value

Merge branch 'master' of framagit.org:simgrid/simgrid

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Improve option smpi/wtime

- Set default value to 1ms instead of 0. This default settings may
  lead to slower simulation, but it works in more situations.
- Also apply this delay in gettimeofday() and clock_gettime()
- Improve the documentation.

Allow insertion of time inside gettimeofday and clock_gettime
Done with --cfg=smpi/wtime, which was previously only for MPI_Wtime.
This should avoid some infinite loops. Keep 0 as default for now.

move smpi_mpi_wtime near to the other time-related functions

dont use send/receive on mailboxes, but put/get

Update app_s4u.rst

Update application.rst

try to fix windows builds

ContextJava uses ContextThread as a superclass now, but they are not
in the same lib, so ContextThread must be exported as public.

Update intro_yours.rst

Multiply memset size by size of element in umpire.

Update intro_install.rst

Update intro_concepts.rst

fix make distcheck

Somehow fix the killing of actors in Java

Things are somehow fixed, as all tests seem to pass, but the situation
is still very messy after this commit. Contents:

- Reimplement ContextJava as subclass of ContextThread to reduce duplication.
- Don't send the StopRequest exception on host failure if we are in
  Java because *some* of the actors don't catch it well, resulting in
  simulation failure.
- Forcefully kill the process ("exit(0)" in C) after MSG_run() because
  dead actors are sometimes not completely killed, preventing the
  simulation from ending.

See the comment in ActorImpl for a better understanding of this mess
and how to fix it in the future.

cosmetics while debuging backtraces

java: obey our coding standard

don't catch an exception that is never thrown

xbt_os_thread_create() asserts that it succeeds, it does not throw
anything. So put the documentation in the doc instead of displaying it
when that non-existent exception is received.

java: cosmetics

that was converted to sphinx

Remove the deprecated 'state' attribute from the doc

This fixes https://github.com/simgrid/simgrid/issues/295

docs: write the overall section of 'Applications'

sphinx: one warning less

Bummer. Really fix out of tree builds (I hope)

fix out of tree builds