Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

s4u::Semaphore: use a simpler example with no mutex

Sorry Millian, I'm a psychopath.

hide private globals to avoid name clashes

Remove unused compile flag.

COMPILER_ID never matched GCC (it should have been GNU).

Clang's address sanitizer is not compatible with -Wl,-z,defs.

See: https://clang.llvm.org/docs/AddressSanitizer.html#usage

Document the semaphores' example (and fix other doc glitches)

Merge branch 'master' of github.com:simgrid/simgrid

add svg and some description for dragonfly topology

Merge pull request #303 from mpoquet/s4u-semaphore

S4u semaphore

[examples] add s4u-synchro-semaphore

This example does a barrier with one semaphore and one mutex.

[s4u] implement semaphore as direct SIMIX wrapper

docs: cosmetics in Javadoc

Acknoledge that the doc conversion is not finished in 3.21

This way, we can release the fall release before chrismas.

doc: remove the simix module. Was never written anyway

docs: run javasphinx on RTD.org too

docker[build-deps]: we now need javasphinx

gitlab-ci: generate the docs with UTF encoding

include the full Java API doc in sphinx

Further improvements to the docs

- Convert MSG and Java (not the javadoc, only generalities) to Sphinx
- Get rid of Exhale and write the doxygen directives manually.
  - I'm too picky on how things should look
  - ./Build.sh tries to check for missing directives, somehow
- Restore some doc chunks that got lost in MSG when converting to
  msg_legacy.cpp. Initially, I thought that MSG could be strongly
  deprecated, but now I understand that some people are not ready for
  the shift to S4U yet.

fix make distcheck after augustin

Fix the doc target

git: ignore some newly created examples

doc: remove some obsolete figures, move manpages to docs

docker: s4u needs libboost-all-dev to compile

Merge branch 'master' of github.com:simgrid/simgrid

Allow to chain calls to activity::Comm functions

(and the same for Exec and Io activities)

We want to write something like:

  CommPtr comm = mailbox->put_async(data, 8)->set_rate(0);

Before, all these functions were returning an Activity* in the hope of
allowing such chaining, but it was failing, as most of these functions
only exist in Comm, not in Activity. This commit improves this.

It also opens a Pandora box. The method
   Activity* Activity::start()
is now overriden by the method
   Comm* Comm::start()
. (Comm is a subclass of Activity)

I believe that changing the return type to a subclass is OK when
overriding a method, but I'm not 100% sure. At least, both GCC and
clang seem OK with that code.

docs: s/Virtual Platform/Simulated Platform/

tuto smpi: big fat warning stating that it's not finised yet

docs: update copyright and cut links to broken tables

Merge pull request #302 from mpoquet/rename-s4u-synchro-examples

Rename s4u synchro examples

[examples] s4u-{barrier,mutex} -> s4u-synchro-*

[examples] smpi-replay-mmd: use s4u::Barrier

[doc] rtd: link to example s4u-barrier

Update changelog

send warning here instead of debug

fix warnings

activate fortran attr tests

Have attributes actually work in fortran... the horror
Callbacks signatures and behavior differ slightly from C, so try to do that correctly, if not cleanly

get was done, now fix set

protect against failed get

Fix dist.

Merge remote-tracking branch 'github/master'

docs: show the sections in manual's chapters

Trick ahead: the sections are regular chapters, but with UTF
non-breaking spaces before their names to visually indent them a bit
in the sidebar.

The main page should now be changed because it looks ugly with that
trick. But the content had to be changed anyway, maybe replace with
the current content of the main webpage, that in turn should be
emptied of all letters to put nice pictures instead

docs: this file got renamed at some point -- kill dupplicate

docs: build on RTD, configure our theme

fix some borken links in doc

getting closer to the release

complete the list of bugs closed in this release

also prevent to mix leaf-like and inner content in <AS>

This fix https://github.com/simgrid/simgrid/issues/116 just like we
fixed https://github.com/simgrid/simgrid/issues/296 earlier, that did
the same for <zone>

Also, really allow to use bypassZoneRoute in place of bypassASroute.
I guess that this one is simply untested :(

Having orphaned elements such as bypassZoneRoute when no tag declare
it as a potential content triggers a bug in flexml preventing the file
generation to proceed
  Use of uninitizalized value in $instates{$tag}
:( :(

[examples] s4u-barrier: shared_ptr -> BarrierPtr

Merge pull request #299 from mpoquet/example/s4u-barrier

[examples] add s4u-barrier

Merge pull request #301 from mpoquet/s4u-barrier-refcounting

[s4u] Barrier refcounting

[s4u] Barrier refcounting

[examples] add s4u-barrier

Disable parallel executions with non-thread contexts under Tsan.

Raw/boot/sysv contexts lead to incomprehensible errors (segmentation fault, timeout).

Restore CMDARGS before LINKARGS (commit 11c619824e2acd338705a14680d99aaad4b80506).

It was breaking smpi_ampi and smpi_replay under TSAN.
Remove redundant -std=gnu++11 from LINKARGS, so that it can be overridden on command line.

Allow dlopen privatization with Tsan too.

RTLD_DEEPBIND is not supported by sanitizers.

Define HAVE_SANITIZER_THREAD.

Cosmetic rename.

Cosmetics: use cmakedefine01.

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

convert options to sphinx

Gosh that was a painful week-end.

let's not use useless casts

return the correct value in MPI_get_attr and friends in fortran instead of a random pointer value

pass linkargs before cmdargs to avoid overriding a potential -std argument

that's already converted to sphinx

ignore another binary

convert the SMPI doc to sphinx

fix make distcheck

improve doc to avoid mixture between Comm::set_src_data_size() and Activity::set_remaining()

improve the error messages so that you can understand them without reading the source code

convert the old SMPI tuto to sphinx (was only a placeholder)

convert the remain bits of S4U doc into sphinx

missing file

convert S4U examples to sphinx

improve documentation of DTD content

improve the doc of Actor::on_destruction()

Explain the difference with this_actor::on_exit()
This fixes https://github.com/simgrid/simgrid/issues/289

nice err msg for bummers

avoid a warning about unit-less bandwidth

tuto smpi: lab on visualization with class S, not A

Revert "Dlopen privatization should be okay now for TSan."

This reverts commit 67e587e01b533cbe388602107fdd5ea6e8970513.

Revert "Remove usage of RTLD_DEEPBIND."

It's in fact needed for starpu and some of the smpi proxy apps.

This reverts commit f257ec7c9ab6e14b11ea63378065db42105882b5.

Target_libs may be multiple.

tuto smpi: start lab 3 (Execution Sampling)

But I'm stuck because that version of the NAS benchmarks is in
Fortran, and I fear that our macro don't work in this case...

smpi tuto: Lab2 (Tracing and Replay)

smpi tuto: Lab 1 on vizu

smpi tuto: finish the Lab0

fix ns3, again

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Unify the host names in cluster description files

This will allow to have only one hostfile for all of them.
Particularly useful for the tuto.

Dlopen privatization should be okay now for TSan.

Remove usage of RTLD_DEEPBIND.

It does not seem to be mandatory, and sanitizers are complaining.

Let's see if it passes on CI servers.

Move check for null pointer before dereference.

tuto smpi: Lab0 (hello world) drafted

smpirun: make sure that <cluster is on its own line when computing the hostfile automatically

dockerfiles: install our files under /source/ and refresh images

tuto smpi: finish (for now) the platform section; draft the install section

cosmetics

cosmetics in graphical representations of cluster descriptions