Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Merge with master

Fat Tree routing is almost complete, except there is no routing yet

Add option to msg to debug multiple use of task

Doc shareResources,updateActionsState

Fat trees progress

generateDotFile, to generate dot files for fat trees

Proper fix for compilation warning

Revert "Quick fix for warnings in compilation induced by fat trees."

This reverts commit c8bcfe7ac56e69ba55d4797455a6b637baeec83e.

Quick fix for warnings in compilation induced by fat trees.
This should be properly fixed quickly.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

[Bug Fix] Resolve compilation error introduced in 20984b0bb3a1e3e5e213963d9182b1c15baba23c

Some minor progresses have been made in the implementation of fat trees

Fix inversion bug in CpuL07 constructor

[Fat Trees] Function generating dot files should be working,
yet to be tested
FatTreeLink got its members public

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Add doc to surf java

Added some work in the creation of links in the fat trees, basically the repartion of nodes through the levels.

Method to generate a .dot file, almost done

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Fix missing java include

Swig only in maintainer mode

[mc] Protect snapshots against write

[mc] Only enable KSM on snapshots and not on main memory

Merging pages on the main memory will generate page faults on write
and we won't gain much memory.

Talk about CFLAGS and CXXFLAGS in doc.

add some MPI types definitions

don't enable flto if ld version <= 2.22, as there are bugs with some version of GCC
Its not clear whether bugs were actually in gcc < 4.7.2 or in the bfl ld version ...
example of related bugs : http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=53780 http://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=52900
Disabling flto when ld is too old is one of the possible fixes, as ld 2.24 doesn't triggers these bugs.

typo --

minor typo

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Ignore files generated by some editors (files starting with '#')

Beginning of the implemenation of fat tree. Parsing methods for special arguments related to this kind of clusters.

Definition of a new class to represent the routing in fat trees

Merge branch 'mc-perf'

[mc] Avoid allocation/deallocation in init_heap_information

remove all references to the dead file_ls function

initialize this storage with NULL

update example according to recent modifications

augment example to test the semantic of the write

simplify the way free and used space are accessed

correct the semantic of the write

do not use MSG stuff at SURF level

correct seek's semantic

make read really depend on current position in the file

surfCpuModel add execute on host

Print SWIG version.

Fix comment, and add a runtime warning when stack overflow protection is known to be broken.

Also set default value to 0 for contexts/guard_size in this case.

Add comment to inform that stack protection is broken when PTH_STACKGROWTH == 1.

Cosmetics: XBT_PUBLIC is not needed here.

Make xbt_abort really silent on Windows.

Another option was to make a call to
    _set_abort_behavior(0, _WRITE_ABORT_MSG | _CALL_REPORTFAULT)
but it seems that it's currently not supported by mingw.

Moreover, make xbt_abort a real function.

[mc] Avoid allocations in state->equals_to{1,2}

[mc] Optimise memory allocation in mm_diff

Avoid a lot of allocations/deallocations by using a contiguous array
instead of array of arrays.

[mc] Remove buggy xbt_free

model-checker : add commande line in comment to run the example

model-checker : worst case considered for bugged1_liveness example (bug on the last process)

Remove useless declaration.

Add missing XBT_PUBLIC*.

Fix doc.

No need to have this variable global.

Update tesh.pl.

* avoid to launch a shell for subcommands
* improve substitutions for variables

All tests pass on Linux, let's see what's happening on windows.

Rewrite command line without using find, which is not the same on windows.

Remove warnings about unused parameters.

Add example of java cpu model

Merge remote-tracking branch 'origin/mc'

Conflicts:
src/mc/mc_checkpoint.c

add defines to windows build, to avoid breaking ucontexts examples

oops

also document torus networks

document loopback tags for clusters

Missed by previous commit.

Hope that this time win32_ucontext.h will be found.

Print output when prog_AC_CHECK_MCSC.c fails to compile.

stack-overflow tests are expected to fail on win32 too.

Try to fix MCSC check.

startsWith doesn't expect a regexp.

Since SG-java is now reintegrated into the main tree, this kind of test is not needed anymore.

Update version strings.

Force windows jar to bundle into x86, as we only build/support 32 bits version

fix surf-java library win compilation

Add one more failing test.

An assertion is failing in lmm_print when running with --log=surf.thres:debug:

** SimGrid: UNCAUGHT EXCEPTION received on ./bug-17132(0): category: unknown error; value: 0
** Incorrect value (10000000000.000002 is not smaller than 10000000000.000000): 1.90735e-06
** Thrown by () in this process
[0.000013] [...]/src/xbt/ex.c:144: [xbt_ex/CRITICAL] Incorrect value (10000000000.000002 is not smaller than 10000000000.000000): 1.90735e-06

**   In _Z9lmm_printP10lmm_system() at [...]/src/surf/maxmin.cpp:568
**   In lmm_solve() at [...]/src/surf/maxmin.cpp:799
**   In _ZN5Model18shareResourcesLazyEd() at [...]/src/surf/surf_interface.cpp:531
**   In _ZN5Model14shareResourcesEd() at [...]/src/surf/surf_interface.cpp:512
**   In _ZN21WorkstationCLM03Model14shareResourcesEd() at [...]/src/surf/workstation_clm03.cpp:82
**   In surf_solve() at [...]/src/surf/surf_c_bindings.cpp:80
**   In SIMIX_run() at [...]/src/simix/smx_global.c:377
**   In smpi_main() at [...]/src/simgrid/sg_config.c:1001
**   In main() at [...]/src/smpi/smpi_global.c:472
Aborted

It looks like a rounding error, but I'm not sure if the problem in lmm_print
itself, or before.

Complete tesh documentation.

add a flatifying test with a multicore cluster -- it's broken for now

requests the flatifier to display the amount of core if not equal to 1

Bad news: this commit does not break the tests, meaning that we have
no flatifying test that involves multi-cores...

ignore more generated files

give SimDag the ability to retrieve the amount of cores per host

model-checker : privatization_regions in snapshot may be NULL

add missing include dir

add XBT_PUBLIC_CLASS macro, and a bunch of XBT_PUBLIC declarations
This should make surf-java swig bindings compile on Win32

[mc] Fix issues with register translation code

[mc] Fix bAd text

Merge branch 'mc'

[mc] Implement translation of register number

Libunwind and DWARF do not associated the same regsiter number (at
least in i386) so me need to translate from DWARf register numbers
into libunwind register numbers.

Fix broken expression evaluation on i386.

oops, forgot to perform the actual change of path in 3854ce9a5 .

line not needed without the handler, and SIGSTKSZ is not defined on win32

file win32_ucontext.h was moved by 6e893f95c
oops, this changes the endlines ... let's say it's wanted.

fix compil of smpi_bench.c on win32

get page size info on win32

disable segv handler and guards on windows platforms

Remove unused default constructors.

Factorize initializations for Action constructors.

Also initialize m_hat to NOTSET.

[mc] Fix MC_free_snapshot (NP reading NULL snapshot->privatization_regions)

Fix memory leak on file_unlink.

Older gcc warns that variable may be uninitialized. Initialize it.

[mc] Make snapshots compatible with SMPI privatization of global variables

Not handled yet:
* State comparaison is not handled in this commit;
* Address process/snapshot translation support.

Still to do: make a clean API for the privatization.

Have an informative final message.