a bit of factoring to decrease overload

try to reduce brain overload

take care of mismatched new/delete

fix broken tests

a bit of unperfect simplification in this SMPI+TI TRacing mess

remove useless parameters in (simplified) instr

please sonar

fix make dist

TODO list about the DTD

convert src/mc/mc_replay.h into mc_replay.hpp (+ don't use C linkage on C++ datatypes)

change src/include/surf.h into surf.hpp

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

nobody will launch the logging AFTER the application start

So there is no need to take a timestamp when the loggin is started,
and then substract it from the surf clock.

Plus, calling MSG_get_clock() from xbt_log_layout_simple_new() is not
a good idea since the later is called from xbt_log_preinit(), which
occures before MSG_get_clock() is usable (not all MC stuff is inited
on centos).

Windows need time to remove the builddir

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

there are still C users ...
+ cosmetics

ignore another cruft seen on a CI system

fix native windows build

stop loading surf.h from C files

remove the last mention of the <include> tag

kill borken code for _WIN32

- This code was supposed to retrieve the current directory on Windows
  to pre-seed the path in which we search for trace files (and used to
  search for include files too)
- But it is borken: instead of returning the current dir, it only
  returned the current drive. So the path was not seeded with a useful
  value.
- Plus, now that wubuntu is working correctly, we will soon kill all
  _WIN32 specific stuff.

Remove the undocumented/untested tag <include>

remove the (unused) example of <include>

regenerate the flexML files (mostly reindent, it seems)

ignore recently added binaries

cosmetics

try to get rid of asan cryptic error

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

fix mismatched new[]/free

xbt_new0/free => new/delete[]

this is a good catch by CI

clang again

try to please clang

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

stringify (a lot)
had to do some sloppy stuff in MC because of C headers and lazyness at
1AM

sonar: kill useless override

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

Move namespace out of extern "C" block.

[SMPI] Use SMPI-Instances also when smpirun is used.

This commit ensures that smpirun is not really a special
case any more; freeing memory etc. is now all done by the
SMPI instance.

This also removes any assumption on where the finalization
barrier for the process is stored; it's now always within the
instance.

[SMPI] Renamed default SMPI instance for smpirun

Before: 1
Now: smpirun

This will help make the code cleaner too.

[SMPI] Cosmetics

[SMPI] Elaborated on comment

[SMPI] Move all 3 MPI_Comm getters together

[SMPI] Fixed style

reindent

create timestamp at lowest level to save parameters

more protected->private fields

Hopefully resolve ambiguity on osx too.

Some compilers need an explicit constructor.

Use a map and generator to handle units.

Sonar: make return type of lambdas implicit.

Sonar smells of the day.

Remove old commented declaration.

Remove empty destructor.

prevent infinite recursion with clang

use (existing) accessors to make protected fields private

simplify link events and rename getRootContainer to getRoot

Fix memory leaks.

Use a vector for index_to_rank_map_ too.

Make field private.

Use explicit atomic operations.

Remove unused typedef.

Remove unused parameter.

Sonar: extract assignment from expression.

Remove useless typedefs.

Remove redundant conditional.

Replace legacy __sync* builtins by __atomic*.

Reduce code duplication (untested).

Factorize code.

Use a static map for dwarf attr and tag names.

Don't let field unitialized.

Compute size * size once, and please scan-build.

Make loop easier to follow for scan-build.

Fill empty if statement.

Don't return when debug is enabled.

please sonar + cosmetics

cosmetics

fix invalid read

enough playing with instr for now ...

Please scan-build.

Be safe in case of spurious wakeup of xbt_os_cond_wait.

Typos.

Declare parameters as const, and make comment match the code.

Remove useless allocations.

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

a few more simplifications

stringify

simplify the way states are used in high-level instr modules

[SMPI] Moved variable declaration.

It's now close to where it's used and not 100 lines above
that place.

[SMPI] Move a map in smpi::Group from array to std::vector

See the source code comment why I'm not using std::map.

[SMPI] Move variable declaration into for-loop

[SMPI] Added a comment explaining why we subtract 1

[SMPI] Renamed global memory init function

This function is not used to initialize the
segments any longer but to merely back up the
segment.

[SMPI] This fixes the indentation in smpi_memory.cpp

I didn't commit that in the previous commit because it was distracting from
the really important changes.

[SMPI] Allow privatization in a more generic way

1. We now use a std::set instead of a static array
2. simgrid::smpi::Process::Init() now initializes the global data segment
   by using a (clean) copy of the data segment that we backuped at startup.
   (This is done by calling smpi_init_global_memory_segment_process(), a function
   that contains mostly code that was looped-over before.)

[SMPI] Added explanation of what smpi_data_exe_size==0 means

[SMPI] Added privatized_region_ property to simgrid::smpi::Process

This property is not used at this time but will be
once the privatization overhaul is completed.

For the record: This property will hold the pointer
to the memory address of the global-variables segment of
that specific process.

[SMPI] Moved local address to for-initializer

[SMPI] Removed declaration of smpi_privatization_regions from smpi_bench.cpp

Added it to smpi_memory.cpp for the sake of compiling.
It will be changed in the next few commits.

[SMPI] Privatization changes, step 1

This commit introduces a new variable that retains the whole initial
data segment during the execution of the program. We need this
as we will soon allow new processes to be added dynamically and we
can hence no longer assume that we can initialize all processes at the
beginning of the execution.