doc: Fix Debian installation instruction

This fixes FG#22.

tesh: do return 0 when calling with --help

I'm not sure why we had the previous construct, but everything seems
to work nicely with this new form, that is both simpler and in line
with all tutorials on argparse.py

This fixes FG#20.

code simplification in MC start sequence

cleanups in the debug config items

sonar: overriding functions should not return a subclass

Remove a useless FIXME

We will not improve the existing Java bindings to enforce separation
between submodules of these bindings. We may redo them completely
using an automated generator, but not fiddle with the manual version.

cmake: more informative error message

we need a recent version of pybind11

cmake: Try harder to detect pybind11 when it's there and survive when not

This removes some cmake files that are internal to pybind11, because
on ubuntu-lts, there were a mismatch where it was taking the
system pybind11Config but the version of pybind11Tools that we
provide. The (older) system file was using a cmake function that is
not provided anymore by our recent pybind11Tools.

After this change, our pybind11Config is the upstream-provided one to
the exception that it survives to the absence of pybind11Tools (that
we don't provide). So two cases remain:

- our modified pybind11Config finds a usable pybind11Tools. This must
  be a system-wide pybind11Tools, meaning that pybin11 is installed and
  usable.
- our modified pybind11Config does not find any pybind11Tools. Don't
  try to use pybind11, but keep compiling SimGrid.

Cosmetics

Update sonar-project.properties to ignore MPI quirks

remove an old windows cruft

Improve how we search for pybind11

Include the searching modules in our tree. I am not absolutely
convinced that this is the right approach (we are dupplicating their
code, we'll have to maintain it), but the error message is rather
brutal without it, and plus, the result of "pip install pybind11" is
not enough without it.

back to unstable work

Merge branch 'stable'

fixups in the releasing process

gitlab-ci: use release as a testing script to reduce building time

Jenkins host name changed since last dot release

prepare the release of 3.22.4

kill some remaining bits that tested lmm::lagrange

LMM: rename sharing_weight into sharing_penalty for sake of clarity

This is similar to what just happened in surf yesterday. It allows:
  -   cnst.usage_ += elem.consumption_weight / elem.variable->sharing_weight_;
  +   cnst.usage_ += elem.consumption_weight / elem.variable->sharing_penalty_;
which seems far more understandable to me.

I'm glad I finally got the will to do this boooooring cleanup, after
hours of being puzzled whether a sharing_weight is actually an
advantage or a drawback for the action in the LMM. The answer was "it
depends on whether you are in app, surf or LMM". Now, you know that
having a high priority is the opposite of having a high penalty, and
things should be less intricate.

Build nice python source packages

This should be enough to solve framagit#6.

Rename cmake option 'minimal_java' into 'minimal-bindings'

I will use it for python too.

ci: don't check external links because of the false positives

building the pages needs to rebuild python beforehand

Rename Action::priority into Action::sharing_penalty in surf as it should be

This commit contains the following at the s4u -> surf boundary:
  -        .set_priority(1. / priority_)
  +        .set_sharing_penalty(1. / priority_)
The old version was just sick.

This should be further propagated down into LMM, where the
sharing_penalty is still named "sharing_weight". Not a helpful name
for the poor souls who didn't wrote an hdr on this topic :)

bug fixed++

Hide the destructor of resource::Model

If "~Model() = default" is in the header file, the compilation fails
with the following message:

 /usr/include/simgrid/kernel/resource/Model.hpp:35:11:   required from here
 /usr/include/c++/6/bits/unique_ptr.h:74:22: error: invalid application of 'sizeof' to incomplete type 'simgrid::kernel::lmm::System'
   static_assert(sizeof(_Tp)>0,

That's too bad because simgrid::kernel::lmm::System is not a public
type. This fails in particular when compiling simgrid-FMI.

Hiding the destructor in the cpp as done with this commit works better
because lmm::System is visible from Model.cpp

sonar: kill unused parameter

MC: kill an unused field and a useless method

MC: kill an unused field

Simplify mc::Region::read()

- Inline a function, and simplify the flow now that we only have Chunked regions
- Make it a method (it was a C function)

Cleanups in class mc::Region

- former name was mc::RegionSnapshot
- please sonar: mark fields private, and kill copy constructor
- mc::Region cannot be of type Unknown anymore
- and other cleanups

lmm: cosmetics in documentation (reduce redundency)

finish the removal of lagrange-related things

lmm: rename some fields for clarity

Remove the lagrange-based models

Sorry Pedro, but this simplification really makes me happy :)

lmm::{Variable,Constraint}: Obey our coding conventions wrt fields' names

Avoid a >>unused parameter ‘host’<< error on user code

Reduce code duplication.

Cosmetics.

Don't leave an empty catch block.

Unused parameters argc/argv.

[sonar] Replace private inheritance with a private member.

Add gemm.c to sonar exclusions, this code is not ours.

fix MC builds on gcc

fix lua builds

MC: rename some files

MC: finish emptying an old C file

Its content was dispatched to classes (that's still a bit cheatty in
inspect/ but that's in progress)

MC: inline a function that is now trivial

rename a file

fix build on stable debian

fix make dist, stupid f*** bummer

point to the right sonar repo

cleanup after the split of kernel/resource/profile into several classes

MC::Region: Also remove the permanent_addr thingy

That was needed for the MMAP privatization of SMPI, which is gone.

mc: cosmetics

Merge branch 'tracemgrsplit' into 'master'

Splitting trace_mgr into several files, one per class

See merge request simgrid/simgrid!4

fix make dist

fix gitlab-ci.yml

inline a function

kill the RegionSparse subclass now that there is no alternative

MC: cosmetics (fight the mc_model_checker singleton)

MC: remove support for flat storage of regions

This is another move to unclutter the MC source code. The road is
still long, but I'm progressing.

ci: don't rebuild specifically to build and linkcheck the doc

MC::remote: snake case

mc: Also remove the process_index

This was used to switch between MMAP private segments

Kill the support for privatized SMPI in MC mode

Update sonar-project.properties key

sonar: move the simgrid project in the simgrid organization

Don't pretend we can move a parallel exec

mc: snake_case the checkers

mc: snake_case a class

mc: change 3 static functions into private methods

And inline a fourth one

mc: move code around in the hope that it will sort itself while doing so

ignore java from coverage

Missing include (HAVE_MREMAP).

mc: tricks to improve the coverage

- change "if (..) xbt_die" into xbt_assert(..)
- kill dead code

fix non-MC builds when libevent is not found

further tidy the includes in MC

mc: kill some useless includes

Specify that we use framagit as a gitlab instance

Also, don't generate the link for generated pages, and remove the
exception about them in the linkchecker.

nope sonar, that's not some commented code

Fix project_description.sh.

Useless include.

fix some typo in the comments, just to launch a rebuild on servers

Having jenkins all white after restart is annoying

Plug a memleak

docker: drop root priviledge in our tutorial images

More borken link fixed

One was hidden in the doxygen comments and other ones required some
changes on the website.

doc: fix some borken links

Some by using a newer version, some by simply removing the link, some
by ignoring them in linkchecker

linkcheck doc: we won't fix javasphinx ourselves

oops

os_timer: detect when our implementation needs to be augmented

mc: create RegionSparse, RegionDense and RegionPrivatized (WIP)

The content is still in the ancestor class, with a switch on the type_
field. This will soon change.

RegionSnap: only use pointers to regions for sake of simplicity

mc: privatized regions now use a vector of pointers for sake of homogeneity

This commit is ... not very helping the readability as is. I hope to
make a real hierarchy of classes here around soon.

mc: some snake_casing on the way

mc: that FIXME was easy to fix :)

deactivate clock_gettime on SunOS, as it does not work for threads.
CLOCK_THREAD_CPUTIME_ID is declared, but is unimplemented, execution fails and we don't check it.
This can be checked by the absence of _POSIX_THREAD_CPUTIME in unistd.h
Sadly, deactivating posix_gettime only for thread timers is not practical in xbt, so just default to another for all timers.

try to make rma tests faster