More dead links.

Fix remaining links to pls_ns3.

Merge branch 'master' of framagit.org:simgrid/simgrid

lmm tests:
    - Move unit tests to the right place
    - Simplify test cases
    - Improve documentation

Merge branch 'tesh-keep-all-proc-output-on-unexpected-cmd-result'

- MR https://framagit.org/simgrid/simgrid/merge_requests/11
- Fixes https://framagit.org/simgrid/simgrid/issues/25

[tesh] write cmd output with 1 print()

This is to prevent printing collisions between threads.

[tesh] bad cmd result: abort -> store retcode

lmm_test: simplify the 2 first tests

defaults values to lmm::System::variable_new

Various doc fixups

- fix a borken link
- further ns-3 cosmetics
- fix RST formating in javadoc
- Remove dead functions from MSG doc
- Some VM "functions" are implemented as preprocessor defines

Why fixing it now? Because I have other things to do, of course.

lmm testing: Add test expectations

Fix my cosmetics around ns-3

- cmake spits the string that project_description.sh is expecting
- Actually it works with v3.22 since that's what is installed on one
  of our slaves (which broke when I bumped the min version for no reason)

[doc] various doc small improvements

doc: port a placeholder to the new doc to fix a borken link

cut some content of the old doc that was converted

And improve a bit the corresponding bits in the new doc.

Cosmetics around ns-3

This is why I don't convert the rest of the doc. Each time I start an
easy task in this area, I get swamped in cleanups with no end.

sonar: ignore more issues, hide commented code, add 'explicit'

sanitize our detection of pybind11

For some reason, our modified version of pybind11Config.cmake was not
included in the archive. We use it to ensure that the error message is
human friendly when compiling on a machine where pybind is not
installed.

For some other reason, FindPythonLibsNew.cmake was still in our git. I
tried to pack it in simgrid at some point to achieve the above
objective, but it proved to be a bad idea. I removed the other cmake
helping file of pybind11 but it seems I forgot this one. Fixed now.

dont copy the old doc in the tarball, even if it still exists on disk

convert the doc of ns-3 to the new formalism

Fix https://framagit.org/simgrid/simgrid/issues/17

little tiny fix toward doc homogeneity

Plug memory leaks.

Add method to free all variables at once.

This void* for Constraint::id_ is a Resource*.

Fix null pointer dereference.

kill dead code

tiny doc improvements

Merge remote-tracking branch 'github/master'

Merge branch 'tesh-fix-background-kill' into 'master'

tesh: fix kill of background processes

Closes #24

See merge request simgrid/simgrid!10

[tesh] global pgid: unique value -> list

This caused the unique value to be overridden for background processes,
leading to a future problem on timeout/signal caught by tesh.

[tesh] setsid -> setpgid(0,0)

As the cleanup function is based on process groups and not session ids,
creating a process group rather than a session seems more adequate.

Info: http://www.andy-pearce.com/blog/posts/2013/Aug/process-groups-and-sessions/

Merge branch 'tesh-check-output-on-timeout' into 'master'

[tesh] check output on timeout

Closes #23

See merge request simgrid/simgrid!9

[tesh] check output on timeout

Rationale: Help users debug why the process got a timeout.

Fixes https://framagit.org/simgrid/simgrid/issues/23

lmm testing:
    - Refactoring
    - Add tests for FATPIPE lmm systems

lmm testing: Clean code

cosmetics in cmake error messages

MC: cosmetics

further simplify the MC initialization

mc: don't catch exceptions we cannot deal with

+ cosmetics using xbt_assert to improve coverage

bugfix++

doc: Fix Debian installation instruction

This fixes FG#22.

lmm testing: Correct maxmin precision

Extends lmm tests

LMM Testing:
    - Refactoring
    - Add lmm_basic.cpp to the compilation chain

Start Testing LMM

tesh: do return 0 when calling with --help

I'm not sure why we had the previous construct, but everything seems
to work nicely with this new form, that is both simpler and in line
with all tutorials on argparse.py

This fixes FG#20.

code simplification in MC start sequence

cleanups in the debug config items

sonar: overriding functions should not return a subclass

Remove a useless FIXME

We will not improve the existing Java bindings to enforce separation
between submodules of these bindings. We may redo them completely
using an automated generator, but not fiddle with the manual version.

cmake: more informative error message

we need a recent version of pybind11

cmake: Try harder to detect pybind11 when it's there and survive when not

This removes some cmake files that are internal to pybind11, because
on ubuntu-lts, there were a mismatch where it was taking the
system pybind11Config but the version of pybind11Tools that we
provide. The (older) system file was using a cmake function that is
not provided anymore by our recent pybind11Tools.

After this change, our pybind11Config is the upstream-provided one to
the exception that it survives to the absence of pybind11Tools (that
we don't provide). So two cases remain:

- our modified pybind11Config finds a usable pybind11Tools. This must
  be a system-wide pybind11Tools, meaning that pybin11 is installed and
  usable.
- our modified pybind11Config does not find any pybind11Tools. Don't
  try to use pybind11, but keep compiling SimGrid.

Cosmetics

Update sonar-project.properties to ignore MPI quirks

remove an old windows cruft

Improve how we search for pybind11

Include the searching modules in our tree. I am not absolutely
convinced that this is the right approach (we are dupplicating their
code, we'll have to maintain it), but the error message is rather
brutal without it, and plus, the result of "pip install pybind11" is
not enough without it.

back to unstable work

Merge branch 'stable'

fixups in the releasing process

gitlab-ci: use release as a testing script to reduce building time

Jenkins host name changed since last dot release

prepare the release of 3.22.4

kill some remaining bits that tested lmm::lagrange

LMM: rename sharing_weight into sharing_penalty for sake of clarity

This is similar to what just happened in surf yesterday. It allows:
  -   cnst.usage_ += elem.consumption_weight / elem.variable->sharing_weight_;
  +   cnst.usage_ += elem.consumption_weight / elem.variable->sharing_penalty_;
which seems far more understandable to me.

I'm glad I finally got the will to do this boooooring cleanup, after
hours of being puzzled whether a sharing_weight is actually an
advantage or a drawback for the action in the LMM. The answer was "it
depends on whether you are in app, surf or LMM". Now, you know that
having a high priority is the opposite of having a high penalty, and
things should be less intricate.

Build nice python source packages

This should be enough to solve framagit#6.

Rename cmake option 'minimal_java' into 'minimal-bindings'

I will use it for python too.

ci: don't check external links because of the false positives

building the pages needs to rebuild python beforehand

Rename Action::priority into Action::sharing_penalty in surf as it should be

This commit contains the following at the s4u -> surf boundary:
  -        .set_priority(1. / priority_)
  +        .set_sharing_penalty(1. / priority_)
The old version was just sick.

This should be further propagated down into LMM, where the
sharing_penalty is still named "sharing_weight". Not a helpful name
for the poor souls who didn't wrote an hdr on this topic :)

bug fixed++

Hide the destructor of resource::Model

If "~Model() = default" is in the header file, the compilation fails
with the following message:

 /usr/include/simgrid/kernel/resource/Model.hpp:35:11:   required from here
 /usr/include/c++/6/bits/unique_ptr.h:74:22: error: invalid application of 'sizeof' to incomplete type 'simgrid::kernel::lmm::System'
   static_assert(sizeof(_Tp)>0,

That's too bad because simgrid::kernel::lmm::System is not a public
type. This fails in particular when compiling simgrid-FMI.

Hiding the destructor in the cpp as done with this commit works better
because lmm::System is visible from Model.cpp

sonar: kill unused parameter

MC: kill an unused field and a useless method

MC: kill an unused field

Simplify mc::Region::read()

- Inline a function, and simplify the flow now that we only have Chunked regions
- Make it a method (it was a C function)

Cleanups in class mc::Region

- former name was mc::RegionSnapshot
- please sonar: mark fields private, and kill copy constructor
- mc::Region cannot be of type Unknown anymore
- and other cleanups

lmm: cosmetics in documentation (reduce redundency)

finish the removal of lagrange-related things

lmm: rename some fields for clarity

Remove the lagrange-based models

Sorry Pedro, but this simplification really makes me happy :)

lmm::{Variable,Constraint}: Obey our coding conventions wrt fields' names

Avoid a >>unused parameter ‘host’<< error on user code

Reduce code duplication.

Cosmetics.

Don't leave an empty catch block.

Unused parameters argc/argv.

[sonar] Replace private inheritance with a private member.

Add gemm.c to sonar exclusions, this code is not ours.

fix MC builds on gcc

fix lua builds

MC: rename some files

MC: finish emptying an old C file

Its content was dispatched to classes (that's still a bit cheatty in
inspect/ but that's in progress)

MC: inline a function that is now trivial

rename a file

fix build on stable debian

fix make dist, stupid f*** bummer

point to the right sonar repo

cleanup after the split of kernel/resource/profile into several classes

MC::Region: Also remove the permanent_addr thingy

That was needed for the MMAP privatization of SMPI, which is gone.