More trivial fixes for docs.

Remove reference to Mutex/Semaphore ctor and dtor, since they are not public.

Increase requirements for breathe.

Disallow sphinx>=4.0 for now: it's breaking on CI

Exception occurred:
  File /usr/lib/python3/dist-packages/docutils/nodes.py, line 625, in __getitem__
    return self.attributes[key]
KeyError: 'domain'

Try to increase sphinx requirements.

Match version currently available in Debian testing and unstable.

Minor fixes in doc.

Two more const methods spotted by sonar.

More int -> unsigned long.

Don't fail when there's no error!

Fix a few warnings when building doc (mostly related to doxygen).

Correctly remove generated files.

The added "rm" command for s4u-exec-ptasks prevents use of ADD_TESH_FACTORIES
(it chokes on "--cfg=contexts/factory:...").

Get back |br| in XML doc

Fix my previous mistake removing them

This is an unsigned integer.

GraphNodeData::graph_id_ is an unsigned long.

Type consistency.

This is a test for emptiness.

[sonar] Avoid C-style array.

Parameter 'fd' is always -1 for xbt_mheap_new. Kill dead code.

Several improvements in doc [ci-skip]

Declare method const.

Fix type for variable.

Use std::unique_ptr and remove explicit destructor.

Pass the real pointer to the englobing MC class for the event callback.

(avoid accidental upcast)

Use ssize_t for Exec::wait_any and Io::wait_any too.

Use ssize_t as return type for Comm::wait_any.

Use ssize_t as return type for Comm::test_any.

Update .mailmap.

Two more s/pointer/reference/ for std::vector parameter.

Prefer a reference for first parameter of {test,wait}_{all,any}.

Add a test in teshsuite for Comm::wait_all_for.

Implement Comm::wait_all_for (wait_all with a timeout).

Reduce code duplication.

Make field 'mc::ActorState::times_considered' private.

Make field 's4u::Host::pimpl_cpu' private.

Add missing copyright notices.

help latest fedora with mc

be a bit more safe here

changelog update for SMPI

document _TAG versions of sampling macros

Fix distcheck

Link::set_concurrency_limit

Allow setting a limit for concurrent flows on platforms links.

Add a simple example limiting the number of flows to 2 in the single
platform link.

Small entry about dynamic network factors [doc]

StarZone documentation [doc]

Explain Star Zone and its special route declaration.

Fix some links in graphical toc [doc]

Adding some packages missing packages [doc]

Packages needed to run ./Build.sh script

Adding C++ platform documentation [doc]

- Point to the examples.
- Rewrite routing part to explain how we calculate the routes between
different zones.

Add a SMPI_SAMPLE_LOCAL_TAG and SMPI_SAMPLE_GLOBAL_TAG macro for sampling, to provide unique parameters to separate various calls to sampling.
This can be used when a kernel is called with various distinct sets of parameters.
Tag is a string of max size 128.

Try to be more coherent, fix misleading message, and fix test.
It was asking 0 iterations max, let's say that this means "exit after the first".

fix bug in sampling, it was ignoring max number of iterations

set this error added in 9d5b713b1 as a pedantic one, to allow ignoring it.
Rationale : we don't really know if it's actually an error, and read2shmem code triggers it in proxy apps.

Add smpi/pedantic flag to avoiding reporting controversial errors that may or may not be important.

Add option smpi/errors-are-fatal to allow users to bypass MPI errors returned by SMPI.
This basically sets the default errhandler to MPI_ERRORS_RETURN if set to false.

Cleanup in .gitignore files; delete obsolete tesh file. [ci-skip]

[sonar] Replace redundant type with 'auto'.

Remove misleading comment: there is no simcall between the two assignments.

Add more optimizations for MC builds.

Factorize common code to assemble vector<LinkImpl*> and update latency.

Fix loop: iterator is invalid after insertion.

Use 'std::vector' instead of a C-style array.

For sonar.

Cosmetics: snake_case.

Use existing helper function to create zones.

Useless static function.

Reduce depth of nested statements (sonar).

Superfluous blank lines.

Remove unused parameter.

Misc. Sonar smells.

Use empty() to check for container emptiness.

Use xbt logs, not printf.

Update tesh files accordingly.

Merge branch 'host-energy' into 'master'

host energy: no direct W/J access of invalid data

See merge request simgrid/simgrid!65

host energy: explicit 'return 0.0' when badly init

host energy: no direct W/J access of invalid data

When energy consumption data is missing about a host,
SimGrid assumes it consumes no energy (0 W).

This change does not modify this behavior.

It prevents direct user access to power/energy consumption of such hosts,
as this is likely a user bug:
- either forgot to parametrize the host energy consumption
- or requested the energy consumption of the wrong host

Fix a FIXME: use a dynamic table.

Don't disable malloc override anymore when using realloc().

Finally implement smpi shared realloc.

Use legacy malloc/free again (through xbt) to be able to call realloc on need.

Add memset(0) for shared calloc.

Add missing barrier to auto-shared test.

Let's be more tolerant with shared realloc() and only issue a warning.

Die loudly if smpi_shared_realloc_intercept is used.

Plug memory leaks with tests mpich3-test/rma/linked_list_*.

Fix memleaks with MPI_*_get_info, when info is duplicated.

Merge branch 'factor_in_actions' into 'master'

New implementation for bandwidth factors

See merge request simgrid/simgrid!64

reduce number of iterations to speedup rma test

protect type_creation routines against null pointers in output types.

catch if MPI_Win_fence was only called once (not enough) when MPI_Win_free is called.

better check for mpi_datatype_null

check that we are not using RMA-reserved MPI_Op in non-RMA calls.

get_accumulate: if MPI_NO_OP is specified, origin* inputs are irrelevant
+ activate test.

Try to avoid another ifdef WIN32.

Use unique_ptr to manage handle. Thanks @agiersch

As always, forgot windows build

Move load_platf to EngineImpl

Keep platf lib opened until end of simulation in case of user is using
some network callback defined in it.

Please sonar

Destroy dead actors after mc::replay() is completed (fix memory leak).

Correctly remember buffer between persistent communications.

Fixes lots of Petsc tests, especially vec/is/sf/tests/ex14.c.

The buffer was lost after the first communication, and no more data could
be transfered effectively.

Call cleanup_attr<Comm> before marking Comm as deleted.

The MPI_Comm may be used by the attr cleanup callbacks.

Remove a global variable, and use a static to remember if smpi_main is running.

The value of 'running_with_smpi_main' is effectively used later, when the
simgrid::config callback is executed.

Restore public smpi_init_options().

It was wrongly removed in commit 6a046487fb Make smpi_switch_data_segment check if a switch is needed, and return true when it occurs.

Fix test on MAC OS

Try to fix test on CI

An example with SMPI and CPP platform

Shows how to use smpirun to execute an application with the platform described in C++.

Minor fix usage

Adjust test

Empty hostfiles are now checked inside the C++ code, not in smpirun