Another fix in regexp.

An hyphen '-' cannot be escaped in bracket expressions, it should be put first
(or last). Anyway, it is not allowed for Fortan identifier, so simply remove it.

Also unescape underscores.

cosmetics in cpu_ti

have the maxmin system create by itself what it needs for selective update

Earlier, the modified_set was created externally by some models (but
not all). This lead to the interesting situation where we were asking
for selective update with the boolean field, but not getting this
because the modified_set was not existing.

Now that we get it when we ask for it, we detect that:
- the lmm_usage tests cannot activate selective_update because they
  don't have real actions, so they cannot track them to see which were
  modified.
- Storage is having selective updates, but with full algorithm (thus
  the change to Action::~Action() so that we deal when selective is on
  but not Lazy). No idea of whether this is the wanted behavior.

lmm::System: rename some fields, and initialize them at declaration, not in ctor

CpuCas01: set updateAlgo as initializer

My goal here is to make updateAlgo a constant in each Model object.

cleanup the declaration and handling of the cpu/optim option

config::Flag: allow to pass a map of the valid values

reduce the visibility of xbt/config.hpp file to the cpp that really need it

Merge branch 'master' of github.com:simgrid/simgrid

cosmetics

Merge pull request #259 from simgrid/configfix

config: fix declareFlag template

config: fix declareFlag template

change a fixme into an assert

various sonar fixes

- namespaces cannot be uppercased
- classes with a virtual method should have a virtual destructor
- add the missing explicit keyworlds
- each identifier on its line

fix regexp. again.

fix regexp

Move variable definition in cpp file.

Fix comment.

Fix memory leak.

don't link_set after link_add to not erase the -shared flag

be verbose when the SMPI_PRETEND_CC trick is activated

smpicc: don't add -shared when SMPI_PRETEND_CC is on

all mpi programs are compiled in the -shared binary model so that we
can load them with dlopen afterward. But shared binaries cannot be run
by themselves, which is a problem to ./configure that wants to ensure
that mpicc is a real compiler (not a cross-compiler) by executing some
stupid code of its own.

Before the introduction of dlopen as a privatization mechanism, we
used to prevent the binary doing weird things when SMPI_PRETEND_CC was
defined. Now, we extend this mecanism for our compiler wrapers to play
safe in this case.

add gnu+11 flags to smpicxx as this seems needed

Use C++ style casts.

It won't compile without C++ anyway.

Variables are already declared in surf_interface.hpp.

File surf.hpp is C++ only.  Remove SG_BEGIN/END_DECL.

Function surf_get_clock() is already declared in surf.hpp.

prefer this_actor:: to Actor::self()->

better approximation of a typed #define

forgot to rename this one

[SMPI] Replay: Fix datatype initialization

[SMPI] Fix branch conditions

Compile and link smpi_replay with smpicxx.

Use standard __func__ instead of __FUNCTION__.

Fix format.

#include <string>

Remove std::move.

According to clang:
src/xbt/xbt_replay.cpp:123:38: error: moving a temporary object prevents copy elision
      [-Werror,-Wpessimizing-move]
      simgrid::xbt::ReplayAction evt(std::move(simgrid::xbt::get_action(argv[0])));
                                     ^
src/xbt/xbt_replay.cpp:123:38: note: remove std::move call here
      simgrid::xbt::ReplayAction evt(std::move(simgrid::xbt::get_action(argv[0])));
                                     ^~~~~~~~~~                                 ~
1 error generated.

Merge branch 'master' of ssh://scm.gforge.inria.fr/gitroot/simgrid/simgrid

Kill unused typedef.

[SMPI] Datatype: Make the dt id a std::string

Currently, the Datatype::encode() function returns a
const char*. Using a temporary object as returned from
std::to_string() would return a temporary memory address via
.c_str() and hence cannot be used.

Once encode has been moved to std::string, this could potentially
be an int again...

[SMPI] Prohibit execution of negative flops

This was often caused by smpi/host-speed:-1 because
in some cases, flops = duration * host-speed

I replaced one smpi/host-speed:-1 with smpi/simulate-computation:0
due to a brief conversation with Augustin Degomme today:

14:22 < degomme> host-speed -1 c'est une convention qu'on utilisait
14:22 < degomme> c'est synonyme de simulate_computation=0
14:22 < degomme> ou un truc du genre
14:22 < degomme> quand l'option n'existait pas .

[SMPI] Rename (recv|send)_sum -> (recv|send)_size_sum

[SMPI] Replay: C++-ify AllToAllV action

[SMPI] Replay: C++-ify reduceScatter action & change tesh

These modifications also required to adapt the tesh:
Before, the computation value in comp_size was stored in an
integer, which was too small:

-2147483648 2905064291.000000
   ^^^^^    ^^^^^^^^^^^^^^^^^
    int          double (actual value from trace)

This means that all the test results were wrong and had
to be corrected.

[SMPI] Replay: C++-ify scatterV action

[SMPI] Replay: C++-ify scatter actions

[SMPI] Replay: C++-ify gatherV and allGatherV actions

[SMPI] Replay: Add name parameter to parser

[SMPI] Replay: C++-ify (all)gather action

[SMPI] Replay: C++-ify AllReduce & AllToAll actions

[SMPI] Replay: C++-ify (All)Reduce Action

[SMPI] Replay: Use correct buffer (recvbuffer)

[SMPI] Replay: C++-ify bcast action

[SMPI] Replay: Cleanup WaitAction a bit

[SMPI] Replay: C++-ify barrier action

[SMPI] Replay: C++-ify WaitAll Action

[SMPI] Replay: C++-ify Communicator-Actions

[SMPI] Replay: C++-ify InitAction

[SMPI] Replay: Cleanup WaitAction a bit

[SMPI] Replay: Remove action_* functions

Since we moved to std::function for the callbacks, it's much more
convenient to just use a lambda-function. The lambda itself is required
as we need to create a new object every time that action is executed
(and not one object that is shared between executions).

[SMPI] Replay: C++-ify TestAction.

[SMPI] Replay: Remove static communicator_size variable

- This variable was unused, as all of the actions use something like
  MPI_COMM_WORLD->size() to obtain the size.

[SMPI] Replay: Cosmetics

[SMPI] Replay: Make start_time a local variable

[SMPI] Replay: C++-ify compute action

[SMPI] Replay: Use std::function for i/send, i/recv actions

[SMPI] Replay: Use std::bind / std::function for the wait action

[SMPI] Replay: Move callbacks to std::function

[SMPI] Replay: C++-ify (I)Recv, (I)Send

[SMPI] Replay: Classify the actions, start with Wait

[SMPI] Cosmetics: Remove 3 blank lines from smpi_global.cpp

[SMPI] Deployment: Move function signatures to std::string

Except for the SMPI_app_instance_register, as it is part of the (C-)API.

[SMPI] Remove all references to decode_datatype

This is now calling simgrid::smpi::Datatype::decode(std::string) (I moved
the argument from char* to std::string)

sed -i -r -e 's@decode_datatype\((.*?)\)@simgrid::smpi::Datatype::decode(\1)@' src/smpi/internals/smpi_replay.cpp

[SMPI] Datatype: Remove all encode_datatype calls

We now use simgrid::smpi::Datatype(dt) instead.

sed -i -r -e 's@encode_datatype\((\w+)\)@simgrid::smpi::Datatype::encode(\1)@' src/smpi/**/*.cpp

[SMPI] Datatype: Make encode() a static member

MPI_DATATYPE_NULL may be passed to the encode function and we hence
need to check if the argument is null; if we just call
dt->encode(), we would always have to check before that call if dt is nullptr
This way, we just call Datatype::encode(dt)

[SMPI] Remove class definition...

[SMPI] Replay: Macro cosmetics

[REPLAY] Remove C-based Replay API

This is a huge commit, unfortunately, but it was not possible
to split it up easily without breaking the build.

This commit changes:

- Remove the 'const char* const* action' madness, replace by
  std::vector<string> (aliased as ReplayAction)
- Rename replay.c to replay.cpp
- Change CMake files
- Rewrite several macros to make them C++ compliant

[SMPI] Replay: Move CHECK_ACTION_PARAMS macro to the top of the file

[MSG/Replay] Delete old msg/replay code

[XBT] Remove a new/delete pair from xbt-replay code

[SMPI] Replay/Memory: Move tmp buffers from replay to memory

This is not the best solution, especially since we need a new function
right now to free tmp buffers at the end of the replay. However, this
may make the replay a bit cleaner and we can find another solution during
this refactoring process.

[SMPI] Replay: Use the right buffer (c&p error?)

[SMPI] Replay: Replace atoi by std::stoi

[SMPI] Replay/Allgatherv: Account for disps parameters in a replay trace

[SMPI] Replace encode_datatype calls with dt->encode()

[SMPI] Datatypes: Make them all replayable

This commit assigns a unique id to all MPI_* datatypes.
This id is used for 'encoding' the datatype (for traces).

[SMPI] Added comment regard Datatype::keyvals

[SMPI] Replay: C++ify action_allgatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move MPI_CURRENT_TYPE from global to local scope

[SMPI] Replay: C++ify action_gatherv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: C++ify action_scatterv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[SMPI] Replay: Move action_reducescatter to std::shared_ptr

[SMPI] Replay: C++ify action_allToAllv

- Move to std::shared_ptr
- Use std::accumulate

[INSTR] Move vector* to shared_ptr<vector>.

By initializing an object, for instance of type VarCollTIData,
the vectors containing receive and send counts were deleted
when the TI object was deleted. This is unexpected by a 'normal'
user - by accepting shared_ptrs, this can be ameliorated.

The constructor that still accepts vector* should be removed once
all initializations use the constructor accepting the shared_ptr.

[SMPI] Move disps arrays to vectors

We now initialize the array immediately and just use disps.data()
to access the internal data array.

[SMPI] Replay: Remove local variables from action_reducescatter

[SMPI] Replay: Remove unnecessary initialization

[SMPI] Replay: Remove side effect from decode_datatype

The MPI_CURRENT_TYPE variable shouldn't be modified here.