tuto smpi: finish (for now) the platform section; draft the install section

cosmetics

cosmetics in graphical representations of cluster descriptions

hopefully fix the NS3 test

fix make distcheck, as usual :(

ignore a directory generated by sphinx

docs: sphinx 1.8.0 was released, so use it

Merge branch 'master' of github.com:simgrid/simgrid

Rename cluster.xml to cluster_backbone.xml

also, fix the make dist and some cosmetics.

cleanups in the cluster platform files

docs: prefer svg to png, and inclusion to copy/paste

cosmetics on the graphical TOC

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

fix sectionning and one typo

Graphical representation of example platforms

Merge pull request #292 from kovin/master

Cover with a test Mailbox::ready() method introduced in commit 1ed0e64dc40

Merge branch 'master' into master

SMPI tuto: Start stealing content from SMPI courseware

tuto smpi: add a picture explaining how it works

allow to have hidden/shown code blocks in the doc

Add an assert/fixme around Actor::set_auto_restart.

Use a std::vector for actors_at_boot_.

Several actors may use the same name (e.g. app-masterworker-multicore).
Also fixes a memory leak.

start the SMPI tuto

Typo.

tuto: don't speak of s4u processes (but actors)

docs: simplify and document that file

killing trailing whitespaces on png files is not cleaver

DTD: remove the last occurence of <gpu>

tesh: informative message for another error condition

Fix the DTD to not allow to mix internal node content with leaf content in a given zone

Fix https://github.com/simgrid/simgrid/issues/296

fix the SMPI tests that mandate smpi/wtime == 0

align doc and code on a more sensible value

Merge branch 'master' of framagit.org:simgrid/simgrid

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

Improve option smpi/wtime

- Set default value to 1ms instead of 0. This default settings may
  lead to slower simulation, but it works in more situations.
- Also apply this delay in gettimeofday() and clock_gettime()
- Improve the documentation.

Allow insertion of time inside gettimeofday and clock_gettime
Done with --cfg=smpi/wtime, which was previously only for MPI_Wtime.
This should avoid some infinite loops. Keep 0 as default for now.

move smpi_mpi_wtime near to the other time-related functions

dont use send/receive on mailboxes, but put/get

Update app_s4u.rst

Update application.rst

try to fix windows builds

ContextJava uses ContextThread as a superclass now, but they are not
in the same lib, so ContextThread must be exported as public.

Update intro_yours.rst

Multiply memset size by size of element in umpire.

Update intro_install.rst

Update intro_concepts.rst

fix make distcheck

Somehow fix the killing of actors in Java

Things are somehow fixed, as all tests seem to pass, but the situation
is still very messy after this commit. Contents:

- Reimplement ContextJava as subclass of ContextThread to reduce duplication.
- Don't send the StopRequest exception on host failure if we are in
  Java because *some* of the actors don't catch it well, resulting in
  simulation failure.
- Forcefully kill the process ("exit(0)" in C) after MSG_run() because
  dead actors are sometimes not completely killed, preventing the
  simulation from ending.

See the comment in ActorImpl for a better understanding of this mess
and how to fix it in the future.

cosmetics while debuging backtraces

java: obey our coding standard

don't catch an exception that is never thrown

xbt_os_thread_create() asserts that it succeeds, it does not throw
anything. So put the documentation in the doc instead of displaying it
when that non-existent exception is received.

java: cosmetics

that was converted to sphinx

Remove the deprecated 'state' attribute from the doc

This fixes https://github.com/simgrid/simgrid/issues/295

docs: write the overall section of 'Applications'

sphinx: one warning less

Bummer. Really fix out of tree builds (I hope)

fix out of tree builds

fix maestro-set

disable the platform-failure tests for now, sorry

I fail to debug such complex tests, I need smaller ones such as the
activity-lifecycle that I'm currently growing.

But broken tests in the git prevents everybody from working, including
me. I broke msg-maestro-set-thread at some point and did not even
notice :(

Sorry for breaking the failure platform tests in the first place.

kill a superseeded sub-test, and fix another one

Processes on failing host are killed right away, so it cannot report
that the host failed as expected.

This whole test should be converted to activity-lifecycle.

fix make dist

this test is superseeded by activity-lifecycle

simplify the actor finalization a tiny bit by using a callback

This is part of the removal of all trace-related pimpl all over the
code of MSG (my goal is to kill MSG_process_cleanup_from_SIMIX() all
together).

Note that I changed from Container::by_name() to
Container::by_name_or_null. It seems that not all actors have a
container by their name, not sure why.

Convert all xbt_ex(network_error) throwing locations

typo

sonar

woops

fix 32b builds

please sonar on rethrow

Display a msg when contexts are killed by uncatched exceptions

and when I want to really kill an actor (eg when its host is turned
off), I launch an uncatchable kernel::Context::StopRequest instead of
a catchable simgrid::HostFailureException (which will be used in case
of remote exec and similar)

Maybe there should be a config flag to decide if we want to kill the
simulation when an actor fails. The current setting forces the user to
add try/catch (simgrid::Exception) around their main functions. That's
not a bad thing either, not sure.

Let's exhaustively test the activity lifecycle

This test is not complete yet. It aims at being as exhaustive and
paranoid as possible, just like cloud-sharing even if I didn't find a
good DSL to specify the tests this time.

improve debug messages and error reporting

Properly kill the context on HostFailureException

Before, simix was kinda thinking that the actor was dead, but the
context was still running, leading to a Holy Big Mess!

update doc

Switch to ompi for umpire tests.
MPICH changes brought SMP-aware algorithm, which MC does not really like.
I guess the init_smp is the culprit here, as it uses badly various collectives.

update ompi selector as well with "recent" version

Requalify automatic tesh, as another algorithm is used in init_smp now.

update doc with new algo

Upgrade MPICH collective selector to 3.3.
Add SMP variants of some algorithms, and protect against side effects.

circleci: do not optimise builds, you're supposed to be as fast as hell

Fix https://github.com/simgrid/simgrid/issues/294

Not sure of why it helps now

fix travis builds

strenghten this test

MSG_process_sleep should intercept HostFailureException and report it accordingly

Don't ask me how it could have worked before, but they were a
C++ try/catch in teshsuite/msg/host_on_off_processes. In a MSG code!!

When the host dies, the actor need an exception even if it's not blocked on an activity

some compilers cannot see that this value is initialized in all cases

Do not throw exception in maestro when host->is_off + sleep()

Also, use ActorImpl::throw_exception() instead of messing with its
wannabe private exception_ field.

convert some xbt_ex(tracing_error) into xbt_assert

implement THROW_IMPOSSIBLE and THROW_UNIMPLEMENTED with std::runtime_error directly

convert a xbt_ex(arg_error) into a std::invalid_argument

deprecate SIMIX_process_throw for ActorImpl::throw_exception

convert xbt_ex(timeout_error) catching locations to TimeoutError

Do not swallow exceptions I don't know

Do not convert TimeoutError to xbt_ex(timeout) in case they were a wait_any

If there is an issue while dealing with a test_any or a wait_any, the
caller must be told which activity failed. I'm not sure of how to
cleanly do so. For now, we use exception.value to store the rank of
that activity in the container.

To modify the exception, C++ leaves us no way but to rethrow it and
recatch it, change its value field, and re-store it in the
issuer->exception.  But then, the exception become of the catching
type. Wicked! Vicious! It means that since we were catching (xbt_ex&
e), we actually converted the simgrid::TimeoutException into a xbt_ex.

And this conversion was done in any case, even if the value was set
only if the simcall was actually a wait_any or test_any...

With this commit, we catch, extend and rethrow any TimeoutException,
and if it's not such an xbt_ex, we do the same for a xbt_ex.

A proper version could involve a WaitAnyException (with failing_rank
and cause fields), or maybe the TimeoutException could contain a
pointer to the timeouted activity so that the caller can find its rank
by itself.

convert all xbt_ex(timeout_error) throwing locations to simgrid::TimeoutError

convert all xbt_ex(host_error) catching locations to simgrid::HostFailureException

Replace all xbt_ex(host_error) throwing location with HostFailureException

convert some catch locations to simgrid::HostFailureException

allow to pass a std::string as message to Exceptions