Update README.md

Modeling hints: I/O operations

Adds an example showing how to model I/O operation in SimGrid.
It uses data from real experiments on Grid'5000 to model the impact of
concurrent operation on disks and the variability/noise in single I/O
operations.

Adds an entry in the doc presenting the results.
The code is available at: docs/source/tuto_disk.

The rst file was generated from the analysis.org file.
The folder includes a dockerfile to rerun the experiment if needed.

Fix NetworkCm02Link::set_bandwidth.

Fix penalty update when some communication is happening in the link.
Add test for set_bandwidth and set_latency.

Oops, forgotten files

Fix set_read_bandwidth and set_write_bandwidth for disks

- Remove update_penalty method. Disk actions either are suspended or
running, this is managed by the Action class already.
- Only updating the constraint value seems enough for set_bandwidth
functions.
- Add a teshsuite for it

Create Disk::set_readwrite_bandwidth

Allow user to change readwrite constraint bound

I/O factors: noise for disks.

Implements variability in disk operations.
Similarly to network factors, the effective amount of bytes read/written
in disk operations is scaled by a factor defined by the user.

Users can define a different callback for each disk. The callback is
called when SimGrid updates the remaining amount of bytes in disk
operations.

Update README.md

Merge branch 'doc_link' into 'master'

Fix broken link to releases in doc

See merge request simgrid/simgrid!68

Fix broken link to releases

Thanks Mael for reporting this one

Make the plugin usable within a SMPI simulation

simplify

Fix a fixme (kill dead code).

MPI_UNIVERSE_SIZE is already handled as a special case in PMPI_Attr_get.

Define a macro for debug messages.

Enable setting a specific data copy callback to any comm

This is becoming mandatory if one has the silly idea to mix SMPI
communications and S4U communications within the same simulation
launched with smpirun.

smpirun sets its own callback for ALL comms in smpi_main and thus
consider that averything is a SMPI communication. If you need to
trick SMPI to have S4U comms on the side, you thus have to
override this callback:

Sender side:
  mbox->put_init(payload, size)
      ->set_copy_data_callback(SIMIX_comm_copy_pointer_callback)
      ->detach(); // or start/vetoable_start/wait

Receiver side:
 mbox->get_init()
     ->set_dst_data(reinterpret_cast<void**>(data), sizeof(void*))
     ->set_copy_data_callback(SIMIX_comm_copy_pointer_callback)
     ->wait(); // or start/vetoable_start

Factor common code.

Sonar smells.

Use workaround only for versions of libdw known to be broken.

Use if(false) to comment debugging code, and be sure that it always compiles.

We don't use Travis anymore.

Git can be used to recover these files if they're needed in the future.

We don't use Codacy anymore.

Dist check.

Typo.

[lgtm] Fix unreachable statement.

[pvs-studio] Protect from self assignment.

[pvs-studio] Make it clear that free'd pointers are not used anymore.

[sonar] Less implicit casts.

[pvs-studio] Don't mix initialized and non-initialized fields.

Also factorize code, and fix a few untested bugs (hoping not to introduce new ones).

[pvs-studio] Initialize every members of class.

[pvs-studio] Avoid implicit cast from bool to target datatype.

[pvs-studio] Disable V576.

V576 is: Incorrect format. Consider checking the N actual argument of the 'Foo' function.

Gives bogus warnings with e.g. PRIx64, and is already checked by compiler and other static analyzers.

[pvs-studio] Simplify boolean expressions.

[pvs-studio] No need to assign variable the same value.

Fix crashes with recent versions of pybind11.

This is the first point from issue simgrid/simgrid#76.

fix MC tests

typo and cosmetics in error messages

Fix xbt_parse_get_all_speeds(), and add some unit tests.

Fix failure to parse e.g. "1f,2f".

[appveyor] Stick to latest working version of pybind11.

See https://framagit.org/simgrid/simgrid/-/issues/76 for details.

[ci-skip] add colors to mattermost notifications

Create a .lgtm.yml file to configure LGTM analysis.

See https://lgtm.com/help/lgtm/lgtm.yml-configuration-file
I will be extended further if it works.

[lgtm] Ensure that the type casting is done before multiplication to prevent overflow.

Missing ChangeLog entry (+ cosmetics) [ci-skip].

The next day sonar commit

Merge remote-tracking branch 'github/master'

MC: warn the users when reaching max-depth with DPOR

Github Action : add mattermost notification (#377)

* try to notify mattermost on jarfile creation

* test2

* test3

* more error messages

* actually send the message on build failure

ChangeLog for non-linear resource sharing

Host: non-linear constraints

Allows the use of non-linear constraints for CPU resources.

Add API in s4u::Host::set_sharing_policy
- LINEAR(default, shared resources) or NONLINEAR

Example: examples/cpp/exec-cpu-nonlinear

s4u::Link: avoid set_sharing_policy==WIFI

Implements sharing policy for split-duplex links.
Replicate config for each up/down link

Link: Non-linear constraints

Add non-linear constraints to links.
Similar to disks, user can use a callback to dynamically change the
link's capacity based on the number of flows sharing it.
Only traffic explicit generated by the user is considered as active
flow, so cross-traffic communications aren't taken into account.

Extend s4u::Link::sharing_policy
- New type: NONLINEAR

Example: examples/cpp/network-nonlinear/

Disk: Non-linear contraints

Users can now define a callback to set the capacity of the resource
during the system solve. The callback receives the current capacity and
number of activities/flows currently sharing the resource.

The capacity is defined once at the beginning of the system solve.

- Disk:
  - Add API to set sharing_policy by type: read/write/read-write
  - Example: io-degradation: simulates the degradation in read/write
operation on disks.

Merge branch 'fix-smpi-install-dirs' into 'master'

cmake: fix smpi install dirs (absolute arg)

See merge request simgrid/simgrid!67

cmake: fix smpi install dirs (absolute arg)

Previous code assumed that the following variables were relative paths
- CMAKE_INSTALL_INCLUDEDIR
- CMAKE_INSTALL_LIBDIR

However, using absolute paths there is totally legal in CMake,
and doing so broke installed paths in smpicc/smpicxx.

Fix uses the CMAKE_INSTALL_FULL_<dir> variant instead,
which should work in this case and generally be more robust.

FULL variants exist since at least cmake-3.0.0 so it should be available
everywhere (cmake-3.0.0 was released on June 2014).

References:
- https://cmake.org/cmake/help/latest/command/install.html
- https://cmake.org/cmake/help/latest/module/GNUInstallDirs.html

doc: Add some recent release notes as a lighthouse to the recent developments

Define macro XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v333.

Remove deprecated features for next release (3.29).

Start the dev of the 3.29 cycle

Post-release NEWS improvement

forgot to update the python package version number

Netzone::get_children() is actually not deprecated.

Move its declaration outside of #ifndef DOXYGEN.

Typos.

Release v3.28

Fix make distcheck

doc: Fix a subtle formatting error that is not reported by tools

Small improvements to the changelog and doc

I think the changelog is now complete

proposal for a NEWS file for the upcoming release

try to further improve docs/find-missing

Remove useless includes from the public headers

doc: praise for 'discovery reports' as a way to contribute back to the project

also, reword and shorten some other sections in the same file

remove 2 files with no useful content to scavenge from the old doc

Hide some deprecated symbols from doxygen

port find-missing.ignore from autodoxy to breathe

Use == for string comparison [ci-skip].

Simplify, and avoid nested SmpiBenchGuard when rastro_resolution is called by rastro_timestamp.

[sonar] Less implicit conversions.

Add network factors in changelog

doc: fix an issue spotted by find-missing.py

docs: properly report typedefs that are missing in the doc

Adapt docs/find-missing to breathe now that autodoxy is gone

Fix another bunch of warnings in doc generation.

Use 'console' syntax highlighting for shell typescripts.

Various corrections in docs.

Missing const.

Fix debug message better [ci-skip]

Remove dead entries in 'docs/find-missing.ignore'.
Kill unused file 'ignored_symbols'.

Instr: for consistency, rename 'father' to 'parent' here too.

NetZone: rename the remaining occurrence of 'father' to 'parent'.

Cosmetics around deprecated functions.

Kill deprecated private field ActorImpl::userdata_ (use Actor::get/set_data instead).

This is on the *Impl side, and does not need to wait for the deprecation quarantine.

Make comment match the declaration in Engine.hpp.

Vector::at() is good enough to check bounds.

Reduce number of unnecessary copies of 'args'.

Make EngineImpl::tasksTemp a local variable.

Simplify function calls (avoid explicit std::vector<double>).

Either use the variant taking a scalar, or use an initialization list.

Make single argument constructor LinkInRoute::LinkInRoute(const Link*) explicit.

Fix empty #ifndef..#endif. Annotate helper function as deprecated.

SplitDuplexLinkImpl always have SharingPolicy::SPLITDUPLEX. Use a sdingle assert in Link::get_impl().

doc: autodoxy is gone, so remove a workaround for it

Cosmetics in ChangeLog (mostly reorder and rewrap)

small doc improvement