fix a race condition spotted by TSan

I was hopping that it will help the msg-dht-parallel test that is
broken since a few days, but it's not sufficient. Will see what TSan
has to say next night.

doc: move the option index to the top of page to make it visible

small doc improvement

create a NetZone::onCreation signal and use it from instr

plug a memleak around instr

Merge branch 'master' of scm.gforge.inria.fr:/gitroot/simgrid/simgrid

try to catch some leaks

fix S4U chord example \o/

tiny stuff

reindent

make it possible to return intrusive_ptr in simcalls

please codacy a bit

Merge pull request #179 from Takishipp/signals

call sg_instr_new_host via signal call

rename a method

remove the useless prototype of sg_instr_new_host

ns3 routes are always symmetrical, don't dupplicate them

cleanups after PR #177

cosmetics and reindent

further cut the sorted diff to not overflow travis

please sonar a tiny bit

git-format: don't fail if there is nothing to do

Don't try to assist the eclipse parser here: it hurts the feeling of clang

Merge pull request #177 from Takishipp/sd_exit

Use automated call to sd_exit

add nochecking for sd initialization

add clean-atexit test

call sg_instr_new_host via signal call

add checking version sd_init

The previous change actually (fix #178). Thanks @bcamus!!

Another attempt at getting the simgrid.jar working on Mac OSX

Fix the @rpath of the copy that will land into the jarfile, not the
original one.
(this is about #178)

when fixing the rpath on Apple, search simgrid-java where it is

split the java library packing thing, and try to do the right thing for apple

This may help for #178

please codacy: make a private field useful

wanna be exhaustive test for the VM sharing

Allow multicore VMs, and take this into account in the sharing

This does not break any test, because it's not well tested yet. Yup,
the ChangeLog is a bit overselling so far. A new test torturing this
to make sure we get the right result in many sharing situation is
still to be written. examples/msg/cloud-simple will be taken as a
basis for that.

destroying a VM that was not shutdown is OK

Even more because sometimes in Java, the VM is already half destroyed
when the garbage collector wants to finish it.

add the missing atexit call

make it possible to destroy a VM that is already half-destroyed

reindent and cosmetics

Use automated call to sd_exit

Make it somehow easier to debug NS3/SimGrid

cosmetics

try to sanitize the lib rpath on Apple

sonar treats

fix MSG_task_listen_from() and add a test

(fix #121) sorry for the delay.

fix energy consumption when the host is turned off (fix #171)

pstate and host state are changed before the signal, so we have to
save these information at the end of previous call. We cannot directly
save the instantaneous consumption because the load is only known at
the end ot the time interval.

please sonar

kill a redundent oldish API to the activity refcounting

valgrind.supp: hide some java cruft

have only one refcounting system for the activities

less black magic here

2 other memleaks got jammed

tiny doc update and cosmetics

please sonar

now that irecv is fixed, do the same to isend, bummer.

sort out a bit the forward declarations

Merge pull request #173 from Takishipp/master

Fix leak of memory due to changes that are taken for tracing

Merge branches 'master' and 'master' of github.com:simgrid/simgrid

fix leak of memory caused to some Events

try to not upset clang with useless cleanups

allow to destroy VMs that are not started yet (fix #172)

plug a huge memleak in regular communications

typo

chop includes

sonar don't want half-initialized enums

don't mix the refcount of s4u::Comm and the one of CommImpl

this should work without keeping an artificial reference

don't test unsigned for being positive (thx codacy)

silence a winbuntu warning

try to get older gccs and clang to compile... untested

rename a MSG example

Rename some activity/SynchroBlah into activity/BlahImpl (+clang-format)

Another step toward working CommPtr. chord example is broken ATM

kill an unimplemented method (+cosmetics)

Sonar was getting jeleous

fix MC on 32bits

further useless cleanups

typo killing mac

kill a useless file

more than 100 codacy treats, not bad

but I'm not sure that any of these changes actually fixed a bug. At
most, they sometimes reduced the brain overload, which is already
something.

codacy treats

chop, chop, chop includes

cut some more includes

further codacy cleanups

remove some useless includes

cosmetics: kill a useless redundent declaration

this header file is much less interesting now that it's almost empty

move some public MC prototypes to a public header file

pull the emergency break: disable the liveness tests for now. Sorry

simgrid::surf::Storage => simgrid::surf::StorageImpl
this avoids confusion with simgrid::s4u::Storage

Action::links() cannot be used for NS3Actions

rename simix::Mutex to simix::MutexImpl

tidy the scope of some more locals

maxmin: be more explicit about the leaked variables

tell maxmin about the action using each variable

small cosmetics to kill time

first step towards a CommPtr

ignore some unwind cruft

Merge branch 'master' of git+ssh://scm.gforge.inria.fr//gitroot/simgrid/simgrid

last bunch of codacy treats for tonight. Stop.

fix 2 java tesh

useless includes