migrate execute_tasks from simix::Global to kernel::EngineImpl

migrate wake_all_waiting_actors from simix::Global to kernel::EngineImpl

SIMIX_run becomes EngineImpl::run

move another function out of simix + private field

More informative error message when the user does not provide a main() to smpirun [ci-skip]

move kernel timers from simix:: to kernel::timer::

Use correct types for temporary variables.

Cosmetics.

(reduce length of lambda, for sonar).

Checking access before open is useless (fix race condition).

accept functions with parameters in Actor::start

Minor sonar related changes

allow to get the number of queued communications in a Mailbox

Seal objects at Engine::run

Seal, recursively, netzones, hosts, links and disks.
Some extra checks when creating and sealing resources.
Add test for this case.

Some cleanup around model description tables.

* save a new/delete for plugin descriptions;
* use sdt::function for model_init_preparse;
* return a pointer from find_model_description().

Const.

Fix lua compilation

Get code back to sg_platf since it's used by lua_platf.cpp

Fix memleak.

Thanks @agiersch

Workaround to unblock.

Seems a gcc-11 problem anyway

Fix NS-3 tests

Since cluster zones are now based on star, we cannot keep the checks

Fix example: seal zone

Adjust tests after changes in cluster tag

Minor changes in graphicator and flatifier due to internals of StarZone
compared to old ClusterZone

No timing changes in tests.

ClusterZone placeholder and kill some old code

Put the old ClusterZone class as a placeholder for other "Cluster"
classes.

Keep the same behavior of Engine::get_filtered_netzones for wrench
projects.

The old ClusterZone is now BaseCluster and it's used to implement the
"complex" Clusters (Torus, DragonFly and Fat-Tree).

Kill old code that doesn't make sense for these netzones

Cluster with StarZones

Finish cleaning-up of old cluster zones.
Implements <cluster> and <zone routing="cluster"> with StarZones.

Keep old ClusterZone as base for Torus, Dragonfly and Fat-Tree.

Factor common code.

Reduce code duplication.

[sonar] Prefer empty() to check for emptyness.

[sonar] Minor simplifications.

[cppcheck] Pass parameters by const reference.

[codefactor] Cosmetics.

Rename kernel::resource:Cpu to CpuImpl

use .data() instead of &v[0] to avoid annoying analyzers.

Revert "Try to activate -Wsugests-override in GNU compiler, as it may help if it works"

This fails for old versions of GCC, which could be worked around, but
also on ns-3 headers, which is harder to fix properly.

This reverts commit 694a2b171a6e03d42d5068bc6ba6c353cb0e34e3.

Try to activate -Wsugests-override in GNU compiler, as it may help if it works

Close those bugs in the Changelog [ci-skip]

non blocking collectives : array->vector

Fix previous fix.
It was turning test into wait for non blocking collectives, which is not what we wanted.

Fix build with -Werror=undef.

Allow an actor to destroy its own VM.

Fix https://github.com/simgrid/simgrid/issues/322

Add test for VM (self) destruction.

Adapted from https://github.com/simgrid/simgrid/issues/322

Distcheck.

activate the last nonblocking test in mpich3 suite, as now we should pass it.. probably.

Properly terminate non blocking collective requests in all cases (mpi_test/testall/testany/testsome/waitsome/waitany).
Also use flags to identify non blocking collectivre requests instead of the size of an array (which should be turned in a vector soon)
Fix one issue reported in #67

Checks concerning StarZone and NS3

Reduce scope for variable.

Capitalize enum class.

Cannot destroy iface before impl.

HostImpl::destroy() calls s4u::Host::on_destruction(*this->get_iface());

Move bogus XBT_DEBUG instead.

Fix use-after-free with VirtualMachine::destroy().

Postpone destruction of VirtualMachineImpl, and do it in kernel mode.

There is no need to have these functions 'virtual'.

Fix rst.

[sonar] implicit casts

Extend the description of the IB configuration

A doc section that I don't know where to put: citations in several languages [ci-skip]

MC: Start implementing the dependency functions on the AppSide (TBC)

(code committed to gather feedback: it's not used yet)

Instead of one big function handling the dependencies for every kind
of transition on the CheckerSide, we will split that logic between the
observer subclasses and execute it on the AppSide. This will induce
more latencies, but hopefully this will make the code more managable.

This commit introduces a MutexSimcall observer, as we want to group
MutexLock and MutexUnlock together when computing the dependencies.

But we cannot use it yet, as we need to have asynchronous locks for
the existing independence theorems to be usable.

Some sonar stuff...

Don't take default smpi compiler flags from the environment.

The user must explicitly define them through cmake parameters
SMPI_C_FLAGS, SMPI_CXX_FLAGS, or SMPI_Fortran_FLAGS.

Cosmetics.

Put stdout in line buffer mode for MCed apps.

The call to fflush before backtrack/exit is certainly superfluous now,
but it doesn't harm.

fix my recent commit: build the binaries in the right directory

distcheck, but in a new and shiny way with a lot of cmake stars in the sky

factorize some code in examples/smpi/CMakeLists.txt

Because factorizing cmake code is what you need today.

Warn the user if the sleep time is smaller than the numerical precision

cmake: Ensure that the users don't activate minimal-bindings and model-checking together

MC: add a clone() method to all Observers

This will be useful for the AppSide to maintain a vector of all
observers on the stack, to move the independency tracking to that side.

Fix tesh file now that MC flushes the output on backtrack

That's weird, it seems that we don't flush it when the application
ends, as one of the outputs arrives after the end of MC. But I fail to
see in the code where that would come from.

MC: also flush application's stdout on backtrack

Document the fact that we have more documentation

Work around a bug in vscode

Tuto MC: Add a word about the missing pieces

DragonflyZone: Add limiters for switches

Final change to make uniform the behavior of limiters in the clusters:
Fat-Tree, Torus and Dragonfly.

Changes in tests flatifier and cluster-multicpu

FatTreeZone: Add limiters for switches

Users can set limiters for switches (elements whose level > 0) in Fat-Tree.

Coordinates in Fat-tree are now characterized by: <level, id>, level 0
elements are the leaves (processing nodes).

Uniform limiter behavior in routes: src, destination and middle nodes.

Changes in tests:
1) cluster-multicpu: adjust timing due to new limiters.

2) flatifier tests must be adapted for these reasons:
  - Changed callback to create limiters from XML. Radicals in XML are valid for leaves in the tree. Use internal ID instead.
  - Changed order of links in the route from get_local_route of Fat-trees.

TorusZone: Add limiter for destination node

Uniform the behavior of limiters for clusters: Torus, Dragonfly and
Fat-tree.

Limiters are added in source, destination and middle nodes.
Example: Route from A to C, passing through B (A -> B -> C)
A-> limiter(A) -> link(A-B) -> limiter(B) -> link(B-C) -> limiter(C) ->
C

Adjust test timing because of the new limiter. Also, fix flatifier test,
adding new limiter link at destination.

Fix leak on test.

More files to cleanup (windows-wsl).

Fix another Asan false alarm (with clang 12).

Distcheck.

Fix cmake 3.20 warning.

Policy CMP0115 is not set: Source file extensions must be explicit.

missing override

add Profile support for Disk

cosmetics and typos

do not store name in s4u::Disk

Kill EngineWrapper hack and reduce code duplication.

Define an Engine constructor taking only a name parameter.

It will by useful for unit tests.

Kill unused parameters.

Const pointer/reference.

Hide Asan error.

Certainly a false positive seen with s4u-exec-ptask and swapped contexts:

==3408837==ERROR: AddressSanitizer: stack-use-after-scope on address 0x7fbcf3ffe0f0 at pc 0x7fbcf83efc32 bp 0x7fbcf3ffe040 sp 0x7fbcf3ffe038
WRITE of size 8 at 0x7fbcf3ffe0f0 thread T0
    #0 0x7fbcf83efc31 in _M_init_functor ../src/s4u/s4u_Activity.cpp:63
    #1 0x7fbcf83efc31 in _M_init_functor /usr/include/c++/10/bits/std_function.h:208
    #2 0x7fbcf83efc31 in function<simgrid::kernel::actor::simcall<simgrid::s4u::Activity::cancel()::<lambda()> >::<lambda()> > /usr/include/c++/10/bits/std_function.h:609
    #3 0x7fbcf83efc31 in simcall<simgrid::s4u::Activity::cancel()::<lambda()> > ../include/simgrid/simix.hpp:60
    #4 0x7fbcf83efc31 in simgrid::s4u::Activity::cancel() ../src/s4u/s4u_Activity.cpp:63
    #5 0x55e051d23c53 in simgrid::s4u::Activity_T<simgrid::s4u::Exec>::cancel() ../include/simgrid/s4u/Activity.hpp:223
    #6 0x55e051d23c53 in runner ../examples/cpp/exec-ptask/s4u-exec-ptask.cpp:61
    #7 0x7fbcf84d9d51 in std::function<void ()>::operator()() const /usr/include/c++/10/bits/std_function.h:622
    #8 0x7fbcf84d9d51 in simgrid::kernel::context::Context::operator()() const ../src/kernel/context/Context.hpp:65
    #9 0x7fbcf84d9d51 in smx_ctx_wrapper ../src/kernel/context/ContextSwapped.cpp:51

Workaround false alarm stack-use-after-scope from Asan with operator<<.

Seen with tesh-s4u-activity-lifecycle:

==3411378==ERROR: AddressSanitizer: stack-use-after-scope on address 0x7fd4787b5f60 at pc 0x7fd4869e2acb bp 0x7fd4787b5530 sp 0x7fd4787b4ce0
READ of size 5 at 0x7fd4787b5f60 thread T0
    #0 0x7fd4869e2aca in printf_common ../../../../src/libsanitizer/sanitizer_common/sanitizer_common_interceptors_format.inc:490
    #1 0x7fd4869e4115 in __interceptor_vsnprintf ../../../../src/libsanitizer/sanitizer_common/sanitizer_common_interceptors.inc:1647
    #2 0x7fd4858f932e  (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6+0xea32e)
    #3 0x7fd4859272eb in std::ostreambuf_iterator<char, std::char_traits<char> > std::num_put<char, std::ostreambuf_iterator<char, std::char_traits<char> > >::_M_insert_float<double>(std::ostreambuf_iterator<char, std::char_traits<char> >, std::ios_base&, char, char, double) const (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6+0x1182eb)
    #4 0x7fd4859347b9 in std::ostream& std::ostream::_M_insert<double>(double) (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libstdc++.so.6+0x1257b9)
    #5 0x55a66a474e0a in std::ostream::operator<<(double) /usr/include/c++/10/ostream:221
    #6 0x55a66a474e0a in Catch::ReusableStringStream& Catch::ReusableStringStream::operator<< <double>(double const&) ../src/include/catch.hpp:1449
    #7 0x55a66a474e0a in Catch::MessageBuilder& Catch::MessageBuilder::operator<< <double>(double const&) ../src/include/catch.hpp:2632
    #8 0x55a66a474e0a in bool tester_wait<0, boost::intrusive_ptr<simgrid::s4u::Exec> >(boost::intrusive_ptr<simgrid::s4u::Exec> const&) ../teshsuite/s4u/activity-lifecycle/testing_test-wait.cpp:44
    #9 0x55a66a63f0af in operator() ../teshsuite/s4u/activity-lifecycle/testing_test-wait.cpp:129
    #10 0x7fd485d7bd51 in std::function<void ()>::operator()() const /usr/include/c++/10/bits/std_function.h:622
    #11 0x7fd485d7bd51 in simgrid::kernel::context::Context::operator()() const ../src/kernel/context/Context.hpp:65
    #12 0x7fd485d7bd51 in smx_ctx_wrapper ../src/kernel/context/ContextSwapped.cpp:51
    #13 0x7fd485e09e48 in simgrid::kernel::context::BoostContext::wrapper(boost::context::detail::transfer_t) ../src/kernel/context/ContextBoost.cpp:49
    #14 0x7fd4854be19e in make_fcontext (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libboost_context.so.1.74.0+0x119e)

Mix create_host and add_route during platf creation.

Allow creating hosts and adding CPUs during platform description.

With the C++ interface, it's easy to mix the creation of hosts and
routes in the same for loop. However, the old code had the assumption
that all hosts were created when we added new routes. This info was used
to initialize the routing_table.

Change code to resize the routing table when necessary (number of
elements in the zone has changed).

Zones with the error: Full and Floyd

Added UTs for this case.

Make sonar green again.

Fix test tesh-s4u-trace-integration.

Overriding CpuTiAction::set_max_duration() was wrongly inserting an action with min_finish = -1.0.
Simply use the parent Action::set_max_duration() instead.

The action will be inserted in action_heap by update_action_finish_time() when needed.

NO_MAX_DURATION is a double.

Keep execution alive after timeout in sg_exec_wait_for.

Fixed tests in activity-lifecycle/testing_test-wait.

Close simgrid/simgrid#47

Fix test s4u-exec-ptask: task needs to be canceled after timeout.

Fix ActivityImpl::wait_for to not cancel the activity on timeout.

This should improve issue simgrid/simgrid#47.

Some tests are broken by this commit, and should be fixed soon.

Kill dead code.

It's never used, and I doubt that it's entirely correct.

Use observer ActivityWaitSimcall in s4u::Activity::wait_for().

Define observer ActivityWaitSimcall.

Reduce code duplication.

Cancel any activity on actor exit.

Move fields from Exec to ExecImpl.

The Exec may be released before the end of the execution, bringing a
null dereference when finish_time is set.