[smpi] replay: increase storage dynamicity

Storing data associated to a SMPI process is now done in the
smpi_replay_main function -- previously it was done at initialization
time.

This allows more dynamicity regarding the replay of SMPI traces:
One will now be able to replay different traces in a fully dynamic
fashion.

[smpi] replay: storage index: (pid-1) -> pid

The previous index was zero based since the data structure was an array.

Indexing by pid is more simple and more straightforward now that the
data structure is an associative array.

[smpi] replay: storage var is now an ordered_map

This commit is kept separate because it does not change the
code semantics at all, it just changes the data structure.

try to get IRC notifications on AppVeyor too

Fix some doxygen warnings.

Define __cplusplus for doxygen.

Reorder and complete doxygen input directories.

[S4U] Actor: Add 'const' keyword to getter methods

This signals to users that calling these methods will not
change the state of the object.

[S4U] Host: Add 'const' keyword to getter methods

This signals to users that calling these methods will not
change the state of the object.

[SIMIX] Move std::function<void()> to simgrid::simix::ActorCode

That's a typedef for the same thing but makes the code
more readable.

[SMPI] Remove outdated FIXME from smpi_deployment

another attempt to disable mmap on old MacOSX

try to disable mmap priv on ancient Mac systems

Nix seems to need it, for some reason.

Fix gforge-sync.

[SMPI] Colls: Remove that ugly lambda and just use a for-loop

Merci Arnaud Giersch ;)

[SMPI] Colls: Move description & name for colls to std::string

[SMPI] Remove code-generating macro

Using a lambda function, we can achieve the same thing but in a cleaner

way

[SMPI] Add FIXME note for MSG_init() call.

[SMPI] Move argument from const char* to std::string

See for this one 2c03aca538a97089891fe7e67eca10d999c076fd as well

[SMPI] Remove copy of old argument

[SMPI] Move argument from const char* to std::string

See 2c03aca538a97089891fe7e67eca10d999c076fd

[SMPI] Remove old smpirun check

smpirun registers its own instances (called 'smpirun').
If we want to check whether or not the instance exists, we
should not do so by calling .empty()

Simplify expression.

Comment unused function parameters.

Remove useless parentheses.

Travis: actually get the packages I just made available

Sorry for the noise, I'm debugging in production :)

travis: try to get boost 1.60 here

Try to reduce cognitive complexity for smpi_main (Sonar).

Remove redundant access specifier.

Make member variables "private".

Try to please Sonar about redundant forward declaration of Transition.

Unused parameter.

Use namespace aliases instead of "using" directives.

Remove usage of bad style "using namespace" with little benefit.

Update.

Define XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v324.

Remove features marked with DEPRECATED_v321.

woops, fix the sonarcloud badge

start the v3.21 cycle

README: Add a SonarCloud badge

doc: further improve the release HOWTO

leaks --. Maybe

Release v3.20

make an unused parameter as such

Revert "simplification"

The "previous" parameter is not used by our own callbacks, but may
reveal useful to our users.

This reverts commit 581fd733dd72630f9aa9b7528503693bd857bbbd.

proposal of a release name

snake_case s4u::Host and improve doc

snake_case routing::NetPoint

split NetZone and NetZoneImpl as it should in s4u realm

another attempt at fixing the include madness in mc for Mac

fix mac builds

Mention simgrid_convert_TI_traces.py in changelog

Merge pull request #272 from mpoquet/SMPI_convert

Add TIT trace conversion script

snake_case RoutedZone

privatize and snake_case some methods in DijkstraZone

snake_case FatTreeZone

privatize and snake_case some methods in DragonflyZone

untangle a bit mc header files

cut some includes in MC

Revert "Kill unused target."

My mistake, it's in fact used (keyword ALL).

This reverts commit 1b69fabbaddeda90a9065f31ef30fb8f22ad4105.

[Tools] Add TIT convertor script in installation

Please Sonar and kill useless declaration (again).

Kill unused target.

[CHANGELOG] Added lowercased TIT actions

[TRACING] Rename TIT action Irecv -> irecv

[TRACING] Rename TIT action Isend -> isend

[TRACING] Rename TIT action allToAll -> alltoall

[TRACING] Update trace files for allToAll -> alltoall conversion

Code changes will follow in next commit.

[TRACING] Rename TIT action allToAllV -> alltoallv

[TRACING] Update trace files for allToAllV -> alltoall conversion

Code changes will follow in next commit.

[TRACING] Rename TIT action allGather -> allgather

[TRACING] Rename TIT action gatherV -> gatherv

[TRACING] Rename TIT action reduceScatter -> reducescatter

[TRACING] Rename TIT action scatterV -> scatterv

[TRACING] Rename TIT action waitAll -> waitall

[TRACING] allGatherV -> allgatherv

[SMPI] Code changes for allReduce -> allreduce

[TESH] Traces: allReduce -> allreduce

This only changes the traces; the code will be changed in the next
commit.

[CMAKE] Rename actions_allReduce.txt for consistency

This action will be renamed from allReduce to allreduce and
we hence start with renaming the files.

[Tools] TIT convertor fix version header

[Tools] TIT convertor script lower case + version + usage

[CMAKE] Fix 'make dist' broken by 9913e297eeba0983a5ff635c076e3f458b178766

[REPLAY] Update replay.hpp

- Remove implementation of ReplayAction<T>::execute
  This fixes issues with templated classes and virtual functions

- Remove 'static' attribute for log_timed_action()
  This function may be useful for user-defined functions as well.

[SMPI] Change name of #define value

[SMPI] Add function declarations to replay.hpp

[SMPI] Add #ifndef to the new header files.

[CHANGELOG] Added section on tracing tags and MPI_Wait

[Plugin/Hostload] Add plugin to already existing hosts as well

Before this change, the plugin would only support hosts that

were created after the plugin was initialized. This change supports
pre-existing hosts as well.

[HostLoad] Delete default constructors explicitly

[HostLoad] Add two comments to class properties

[SMPI] Replay: Cosmetics -- Fix wrong indentation

[SMPI] Replay: Make the 'storage' variable static

[SMPI] Replay: Move XBT_LOG_NEW_... statement to the top

[SMPI] Replay: Add/remove headers

[SMPI] Groups: Remove old rank2index map

This was not used anymore, but the index_to_rank map still needs to be
removed; it is still in use and may need a bit more effort.

[SMPI/INSTR] Trace MPI_Wait() calls correctly

We need to identify the request we want to wait for when
replaying with TI-traces; so we need to trace additional information
that we use for exactly that.

[CMAKE] SMPI: Merge commands for .c/.cpp files

TIT conversion script small fixes

Add TIT trace conversion script

cosmetics in the ChangeLog