Logo AND Algorithmique Numérique Distribuée

Public GIT Repository
New XBT module: file
[simgrid.git] / src / xbt / xbt_str.c
index 12b674a..d1f1cd9 100644 (file)
@@ -1,6 +1,6 @@
 /* xbt_str.c - various helping functions to deal with strings               */
 
-/* Copyright (c) 2007, 2008, 2009, 2010. The SimGrid Team.
+/* Copyright (c) 2007-2014. The SimGrid Team.
  * All rights reserved.                                                     */
 
 /* This program is free software; you can redistribute it and/or modify it
  * Strips the whitespaces from the end of s.
  * By default (when char_list=NULL), these characters get stripped:
  *
- *     - " "           (ASCII 32       (0x20)) space.
- *     - "\t"          (ASCII 9        (0x09)) tab.
- *     - "\n"          (ASCII 10       (0x0A)) line feed.
- *     - "\r"          (ASCII 13       (0x0D)) carriage return.
- *     - "\0"          (ASCII 0        (0x00)) NULL.
- *     - "\x0B"        (ASCII 11       (0x0B)) vertical tab.
+ *  - " "    (ASCII 32  (0x20))  space.
+ *  - "\t"    (ASCII 9  (0x09))  tab.
+ *  - "\n"    (ASCII 10  (0x0A))  line feed.
+ *  - "\r"    (ASCII 13  (0x0D))  carriage return.
+ *  - "\0"    (ASCII 0  (0x00))  NULL.
+ *  - "\x0B"  (ASCII 11  (0x0B))  vertical tab.
  *
  * @param s The string to strip. Modified in place.
  * @param char_list A string which contains the characters you want to strip.
@@ -62,12 +62,12 @@ void xbt_str_rtrim(char *s, const char *char_list)
  * Strips the whitespaces from the begining of s.
  * By default (when char_list=NULL), these characters get stripped:
  *
- *     - " "           (ASCII 32       (0x20)) space.
- *     - "\t"          (ASCII 9        (0x09)) tab.
- *     - "\n"          (ASCII 10       (0x0A)) line feed.
- *     - "\r"          (ASCII 13       (0x0D)) carriage return.
- *     - "\0"          (ASCII 0        (0x00)) NULL.
- *     - "\x0B"        (ASCII 11       (0x0B)) vertical tab.
+ *  - " "    (ASCII 32  (0x20))  space.
+ *  - "\t"    (ASCII 9  (0x09))  tab.
+ *  - "\n"    (ASCII 10  (0x0A))  line feed.
+ *  - "\r"    (ASCII 13  (0x0D))  carriage return.
+ *  - "\0"    (ASCII 0  (0x00))  NULL.
+ *  - "\x0B"  (ASCII 11  (0x0B))  vertical tab.
  *
  * @param s The string to strip. Modified in place.
  * @param char_list A string which contains the characters you want to strip.
@@ -103,12 +103,12 @@ void xbt_str_ltrim(char *s, const char *char_list)
  * Strips the whitespaces from both the beginning and the end of s.
  * By default (when char_list=NULL), these characters get stripped:
  *
- *     - " "           (ASCII 32       (0x20)) space.
- *     - "\t"          (ASCII 9        (0x09)) tab.
- *     - "\n"          (ASCII 10       (0x0A)) line feed.
- *     - "\r"          (ASCII 13       (0x0D)) carriage return.
- *     - "\0"          (ASCII 0        (0x00)) NULL.
- *     - "\x0B"        (ASCII 11       (0x0B)) vertical tab.
+ *  - " "    (ASCII 32  (0x20))  space.
+ *  - "\t"    (ASCII 9  (0x09))  tab.
+ *  - "\n"    (ASCII 10  (0x0A))  line feed.
+ *  - "\r"    (ASCII 13  (0x0D))  carriage return.
+ *  - "\0"    (ASCII 0  (0x00))  NULL.
+ *  - "\x0B"  (ASCII 11  (0x0B))  vertical tab.
  *
  * @param s The string to strip.
  * @param char_list A string which contains the characters you want to strip.
@@ -191,14 +191,21 @@ void xbt_str_subst(char *str, char from, char to, int occurence)
 
 /** @brief Replaces a set of variables by their values
  *
- * @param str where to apply the change
- * @param patterns what to change
+ * @param str The input of the replacement process
+ * @param patterns The changes to apply
  * @return The string modified
  *
- * Check xbt_strbuff_varsubst() for more details, and remember that the string may be reallocated (moved) in the process.
+ * Both '$toto' and '${toto}' are valid (and the two writing are equivalent).
+ *
+ * If the variable name contains spaces, use the brace version (ie, ${toto tutu})
+ *
+ * You can provide a default value to use if the variable is not set in the dict by using
+ * '${var:=default}' or '${var:-default}'. These two forms are equivalent, even if they
+ * shouldn't to respect the shell standard (:= form should set the value in the dict,
+ * but does not) (BUG).
  */
 
-char *xbt_str_varsubst(char *str, xbt_dict_t patterns)
+char *xbt_str_varsubst(const char *str, xbt_dict_t patterns)
 {
   xbt_strbuff_t buff = xbt_strbuff_new_from(str);
   char *res;
@@ -216,12 +223,12 @@ char *xbt_str_varsubst(char *str, xbt_dict_t patterns)
  *
  * By default (with sep=NULL), these characters are used as separator:
  *
- *     - " "           (ASCII 32       (0x20)) space.
- *     - "\t"          (ASCII 9        (0x09)) tab.
- *     - "\n"          (ASCII 10       (0x0A)) line feed.
- *     - "\r"          (ASCII 13       (0x0D)) carriage return.
- *     - "\0"          (ASCII 0        (0x00)) NULL.
- *     - "\x0B"        (ASCII 11       (0x0B)) vertical tab.
+ *  - " "    (ASCII 32  (0x20))  space.
+ *  - "\t"    (ASCII 9  (0x09))  tab.
+ *  - "\n"    (ASCII 10  (0x0A))  line feed.
+ *  - "\r"    (ASCII 13  (0x0D))  carriage return.
+ *  - "\0"    (ASCII 0  (0x00))  NULL.
+ *  - "\x0B"  (ASCII 11  (0x0B))  vertical tab.
  */
 
 xbt_dynar_t xbt_str_split(const char *s, const char *sep)
@@ -298,14 +305,14 @@ xbt_dynar_t xbt_str_split_str(const char *s, const char *sep)
     //if substring was not found add the entire string
     if (NULL == q) {
       v = strlen(p);
-      to_push = malloc(v + 1);
+      to_push = xbt_malloc(v + 1);
       memcpy(to_push, p, v);
       to_push[v] = '\0';
       xbt_dynar_push(res, &to_push);
       done = 1;
     } else {
       //get the appearance
-      to_push = malloc(q - p + 1);
+      to_push = xbt_malloc(q - p + 1);
       memcpy(to_push, p, q - p);
       //add string terminator
       to_push[q - p] = '\0';
@@ -320,11 +327,14 @@ xbt_dynar_t xbt_str_split_str(const char *s, const char *sep)
  *
  * The string passed as argument must be writable (not const)
  * The elements of the dynar are just parts of the string passed as argument.
+ * So if you don't store that argument elsewhere, you should free it in addition
+ * to freeing the dynar. This can be done by simply freeing the first argument
+ * of the dynar:
+ *  free(xbt_dynar_get_ptr(dynar,0));
  *
- * To free the structure constructed by this function, free the first element and free the dynar:
- *
- * free(xbt_dynar_get_ptr(dynar,0));
- * xbt_dynar_free(&dynar);
+ * Actually this function puts a bunch of \0 in the memory area you passed as
+ * argument to separate the elements, and pushes the address of each chunk
+ * in the resulting dynar. Yes, that's uneven. Yes, that's gory. But that's efficient.
  */
 xbt_dynar_t xbt_str_split_quoted_in_place(char *s) {
   xbt_dynar_t res = xbt_dynar_new(sizeof(char *), NULL);
@@ -338,7 +348,7 @@ xbt_dynar_t xbt_str_split_quoted_in_place(char *s) {
 
   beg = s;
 
-  /* do not trim leading spaces: caller responsability to clean his cruft */
+  /* do not trim leading spaces: caller responsibility to clean his cruft */
   end = beg;
 
   while (!done) {
@@ -510,139 +520,224 @@ char *xbt_str_join_array(const char *const *strs, const char *sep)
   return res;
 }
 
-#if defined(SIMGRID_NEED_GETLINE) || defined(DOXYGEN)
-/** @brief Get a single line from the stream (reimplementation of the GNU getline)
- *
- * This is a redefinition of the GNU getline function, used on platforms where it does not exists.
- *
- * getline() reads an entire line from stream, storing the address of the buffer
- * containing the text into *buf.  The buffer is null-terminated and includes
- * the newline character, if one was found.
+/*
+ * Diff related functions
  *
- * If *buf is NULL, then getline() will allocate a buffer for storing the line,
- * which should be freed by the user program.  Alternatively, before calling getline(),
- * *buf can contain a pointer to a malloc()-allocated buffer *n bytes in size.  If the buffer
- * is not large enough to hold the line, getline() resizes it with realloc(), updating *buf and *n
- * as necessary.  In either case, on a successful call, *buf and *n will be updated to
- * reflect the buffer address and allocated size respectively.
+ * Implementation of the algorithm described in "An O(NP) Sequence Comparison
+ * Algorithm", by Sun Wu, Udi Manber, Gene Myers, and Webb Miller (Information
+ * Processing Letters 35(6):317-323, 1990), with the linear-space
+ * divide-and-conquer strategy described in "An O(ND) Difference Algorithm and
+ * Its Variations", by Eugene W. Myers (Algorithmica 1:251-266, 1986).
  */
-long getline(char **buf, size_t * n, FILE * stream)
-{
 
-  size_t i;
-  int ch;
+struct subsequence {
+    int x, y;                   /* starting coordinates */
+    int len;                    /* length */
+};
 
-  if (!*buf) {
-    *buf = xbt_malloc(512);
-    *n = 512;
+static XBT_INLINE
+void diff_snake(const char *vec_a[], int a0, int len_a,
+                const char *vec_b[], int b0, int len_b,
+                struct subsequence *seqs, int *fp, int k, int limit)
+{
+  int record_seq;
+  int x, y;
+  int fp_left = fp[k - 1] + 1;
+  int fp_right = fp[k + 1];
+  if (fp_left > fp_right) {
+    x = fp_left;
+    record_seq = k - 1;
+  } else {
+    x = fp_right;
+    record_seq = k + 1;
   }
+  y = x - k;
+  if (x + y <= limit) {
+    seqs[k].x = x;
+    seqs[k].y = y;
+    record_seq = k;
+  } else {
+    seqs[k] = seqs[record_seq];
+  }
+  while (x < len_a && y < len_b && !strcmp(vec_a[a0 + x], vec_b[b0 + y]))
+    ++x, ++y;
+  fp[k] = x;
+  if (record_seq == k)
+    seqs[k].len = x - seqs[k].x;
+}
 
-  if (feof(stream))
-    return (ssize_t) - 1;
-
-  for (i = 0; (ch = fgetc(stream)) != EOF; i++) {
-
-    if (i >= (*n) + 1)
-      *buf = xbt_realloc(*buf, *n += 512);
-
-    (*buf)[i] = ch;
+/* Returns the length of a shortest edit script, and a common
+ * subsequence from the middle.
+ */
+static int diff_middle_subsequence(const char *vec_a[], int a0,  int len_a,
+                                   const char *vec_b[], int b0,  int len_b,
+                                   struct subsequence *subseq,
+                                   struct subsequence *seqs, int *fp)
+{
+  const int delta = len_a - len_b;
+  const int limit = (len_a + len_b) / 2;
+  int kmin;
+  int kmax;
+  int k;
+  int p = -1;
+
+  if (delta >= 0) {
+    kmin = 0;
+    kmax = delta;
+  } else {
+    kmin = delta;
+    kmax = 0;
+  }
+  for (k = kmin; k <= kmax; k++)
+    fp[k] = -1;
+  do {
+    p++;
+    fp[kmin - p - 1] = fp[kmax + p + 1] = -1;
+    for (k = kmax + p; k > delta; k--)
+      diff_snake(vec_a, a0, len_a, vec_b, b0, len_b, seqs, fp, k, limit);
+    for (k = kmin - p; k <= delta; k++)
+      diff_snake(vec_a, a0, len_a, vec_b, b0, len_b, seqs, fp, k, limit);
+  } while (fp[delta] != len_a);
+
+  subseq->x = a0 + seqs[delta].x;
+  subseq->y = b0 + seqs[delta].y;
+  subseq->len = seqs[delta].len;
+  return abs(delta) + 2 * p;;
+}
 
-    if ((*buf)[i] == '\n') {
-      i++;
-      (*buf)[i] = '\0';
-      break;
+/* Finds a longest common subsequence.
+ * Returns its length.
+ */
+static int diff_compute_lcs(const char *vec_a[], int a0, int len_a,
+                            const char *vec_b[], int b0, int len_b,
+                            xbt_dynar_t common_sequence,
+                            struct subsequence *seqs, int *fp)
+{
+  if (len_a > 0 && len_b > 0) {
+    struct subsequence subseq;
+    int ses_len = diff_middle_subsequence(vec_a, a0, len_a, vec_b, b0, len_b,
+                                          &subseq, seqs, fp);
+    int lcs_len = (len_a + len_b - ses_len) / 2;
+    if (lcs_len == 0) {
+      return 0;
+    } else if (ses_len > 1) {
+      int lcs_len1 = subseq.len;
+      if (lcs_len1 < lcs_len)
+        lcs_len1 += diff_compute_lcs(vec_a, a0, subseq.x - a0,
+                                     vec_b, b0, subseq.y - b0,
+                                     common_sequence, seqs, fp);
+      if (subseq.len > 0)
+        xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq);
+      if (lcs_len1 < lcs_len) {
+        int u = subseq.x + subseq.len;
+        int v = subseq.y + subseq.len;
+        diff_compute_lcs(vec_a, u, a0 + len_a - u, vec_b, v, b0 + len_b - v,
+                         common_sequence, seqs, fp);
+      }
+    } else {
+      int len = MIN(len_a, len_b) - subseq.len;
+      if (subseq.x == a0 && subseq.y == b0) {
+        if (subseq.len > 0)
+          xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq);
+        if (len > 0) {
+          struct subsequence subseq0 = {a0 + len_a - len,
+                                        b0 + len_b - len, len};
+          xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq0);
+        }
+      } else {
+        if (len > 0) {
+          struct subsequence subseq0 = {a0, b0, len};
+          xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq0);
+        }
+        if (subseq.len > 0)
+          xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq);
+      }
     }
+    return lcs_len;
+  } else {
+    return 0;
   }
-
-  if (i == *n)
-    *buf = xbt_realloc(*buf, *n += 1);
-
-  (*buf)[i] = '\0';
-
-  return (ssize_t) i;
 }
 
-#endif                          /* HAVE_GETLINE */
-
-/*
- * Diff related functions
- */
-static XBT_INLINE int diff_get(xbt_matrix_t C, int i, int j)
+static int diff_member(const char *s, const char *vec[], int from, int to)
 {
-  return (i == -1 || j == -1) ? 0 : xbt_matrix_get_as(C, i, j, int);
+  for ( ; from < to ; from++)
+    if (!strcmp(s, vec[from]))
+      return 1;
+  return 0;
 }
 
-static xbt_matrix_t diff_build_LCS(xbt_dynar_t da, xbt_dynar_t db)
+/* Extract common prefix.
+ */
+static void diff_easy_prefix(const char *vec_a[], int *a0_p, int *len_a_p,
+                             const char *vec_b[], int *b0_p, int *len_b_p,
+                             xbt_dynar_t common_sequence)
 {
-  xbt_matrix_t C =
-      xbt_matrix_new(xbt_dynar_length(da), xbt_dynar_length(db),
-                     sizeof(int), NULL);
-  int i, j;
-
-  /* Compute the LCS */
-  /*
-     function LCSLength(X[1..m], Y[1..n])
-       C = array(0..m, 0..n)
-       for i := 0..m
-         C[i,0] = 0
-       for j := 1..n
-         C[0,j] = 0
-       for i := 1..m
-         for j := 1..n
-           if X[i] = Y[j]
-             C[i,j] := C[i-1,j-1] + 1
-           else:
-             C[i,j] := max(C[i,j-1], C[i-1,j])
-       return C[m,n]
-   */
-  for (i = 0; i < (int)xbt_dynar_length(da); i++)
-    for (j = 0; j < (int)xbt_dynar_length(db); j++) {
-
-      if (!strcmp(xbt_dynar_get_as(da, i, char *),
-                  xbt_dynar_get_as(db, j, char *)))
-        *((int *) xbt_matrix_get_ptr(C, i, j)) = diff_get(C, i - 1, j - 1) + 1;
-      else
-        *((int *) xbt_matrix_get_ptr(C, i, j)) = max(diff_get(C, i, j - 1),
-                                                     diff_get(C, i - 1, j));
+  int a0 = *a0_p;
+  int b0 = *b0_p;
+  int len_a = *len_a_p;
+  int len_b = *len_b_p;
+
+  while (len_a > 0 && len_b > 0) {
+    struct subsequence subseq = {a0, b0, 0};
+    while (len_a > 0 && len_b > 0 && !strcmp(vec_a[a0], vec_b[b0])) {
+      a0++, len_a--;
+      b0++, len_b--;
+      subseq.len++;
+    }
+    if (subseq.len > 0)
+      xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq);
+    if (len_a > 0 && len_b > 0 &&
+        !diff_member(vec_a[a0], vec_b, b0 + 1, b0 + len_b)) {
+      a0++, len_a--;
+    } else {
+      break;
     }
-  return C;
+  }
+
+  *a0_p = a0;
+  *b0_p = b0;
+  *len_a_p = len_a;
+  *len_b_p = len_b;
 }
 
-static void diff_build_diff(xbt_dynar_t res,
-                            xbt_matrix_t C,
-                            xbt_dynar_t da, xbt_dynar_t db, int i, int j)
+/* Extract common suffix.
+ */
+static void diff_easy_suffix(const char *vec_a[], int *a0_p, int *len_a_p,
+                             const char *vec_b[], int *b0_p, int *len_b_p,
+                             xbt_dynar_t common_suffix)
 {
-  char *topush;
-  /* Construct the diff
-     function printDiff(C[0..m,0..n], X[1..m], Y[1..n], i, j)
-       if i > 0 and j > 0 and X[i] = Y[j]
-         printDiff(C, X, Y, i-1, j-1)
-         print "  " + X[i]
-       else
-         if j > 0 and (i = 0 or C[i,j-1] >= C[i-1,j])
-           printDiff(C, X, Y, i, j-1)
-           print "+ " + Y[j]
-         else if i > 0 and (j = 0 or C[i,j-1] < C[i-1,j])
-           printDiff(C, X, Y, i-1, j)
-           print "- " + X[i]
-   */
-
-  if (i >= 0 && j >= 0 && !strcmp(xbt_dynar_get_as(da, i, char *),
-                                  xbt_dynar_get_as(db, j, char *))) {
-    diff_build_diff(res, C, da, db, i - 1, j - 1);
-    topush = bprintf("  %s", xbt_dynar_get_as(da, i, char *));
-    xbt_dynar_push(res, &topush);
-  } else if (j >= 0 &&
-             (i == -1 || diff_get(C, i, j - 1) >= diff_get(C, i - 1, j))) {
-    diff_build_diff(res, C, da, db, i, j - 1);
-    topush = bprintf("+ %s", xbt_dynar_get_as(db, j, char *));
-    xbt_dynar_push(res, &topush);
-  } else if (i >= 0 &&
-             (j == -1 || diff_get(C, i, j - 1) < diff_get(C, i - 1, j))) {
-    diff_build_diff(res, C, da, db, i - 1, j);
-    topush = bprintf("- %s", xbt_dynar_get_as(da, i, char *));
-    xbt_dynar_push(res, &topush);
+  int a0 = *a0_p;
+  int b0 = *b0_p;
+  int len_a = *len_a_p;
+  int len_b = *len_b_p;
+
+  while (len_a > 0 && len_b > 0){
+    struct subsequence subseq;
+    subseq.len = 0;
+    while (len_a > 0 && len_b > 0 &&
+           !strcmp(vec_a[a0 + len_a - 1], vec_b[b0 + len_b - 1])) {
+      len_a--;
+      len_b--;
+      subseq.len++;
+    }
+    if (subseq.len > 0) {
+      subseq.x = a0 + len_a;
+      subseq.y = b0 + len_b;
+      xbt_dynar_push(common_suffix, &subseq);
+    }
+    if (len_a > 0 && len_b > 0 &&
+        !diff_member(vec_b[b0 + len_b - 1], vec_a, a0, a0 + len_a - 1)) {
+      len_b--;
+    } else {
+      break;
+    }
   }
+
+  *a0_p = a0;
+  *b0_p = b0;
+  *len_a_p = len_a;
+  *len_b_p = len_b;
 }
 
 /** @brief Compute the unified diff of two strings */
@@ -650,36 +745,87 @@ char *xbt_str_diff(const char *a, const char *b)
 {
   xbt_dynar_t da = xbt_str_split(a, "\n");
   xbt_dynar_t db = xbt_str_split(b, "\n");
-  xbt_matrix_t C;
+  xbt_dynar_t common_sequence, common_suffix;
+  size_t len;
+  const char **vec_a, **vec_b;
+  int a0, b0;
+  int len_a, len_b;
+  int max;
+  int *fp_base, *fp;
+  struct subsequence *seqs_base, *seqs;
+  struct subsequence subseq;
   xbt_dynar_t diff;
   char *res;
-  size_t len;
+  int x, y;
+  unsigned s;
 
   /* Clean empty lines at the end of da and db */
   len = strlen(a);
-  if (len > 0 && a[len - 1] == '\n') {
-    char *str;
-    xbt_dynar_pop(da, &str);
-    free(str);
-  }
+  if (len > 0 && a[len - 1] == '\n')
+    xbt_dynar_pop(da, NULL);
   len = strlen(b);
-  if (len > 0 && b[len - 1] == '\n') {
-    char *str;
-    xbt_dynar_pop(db, &str);
-    free(str);
+  if (len > 0 && b[len - 1] == '\n')
+    xbt_dynar_pop(db, NULL);
+
+  /* Various initializations */
+  /* Assume that dynar's content is contiguous */
+  a0 = 0;
+  len_a = xbt_dynar_length(da);
+  vec_a = len_a ? xbt_dynar_get_ptr(da, 0) : NULL;
+  b0 = 0;
+  len_b = xbt_dynar_length(db);
+  vec_b = len_b ? xbt_dynar_get_ptr(db, 0) : NULL;
+  max = MAX(len_a, len_b) + 1;
+  fp_base = xbt_new(int, 2 * max + 1);
+  fp = fp_base + max;           /* indexes in [-max..max] */
+  seqs_base = xbt_new(struct subsequence, 2 * max + 1);
+  seqs = seqs_base + max;       /* indexes in [-max..max] */
+  common_sequence = xbt_dynar_new(sizeof(struct subsequence), NULL);
+  common_suffix = xbt_dynar_new(sizeof(struct subsequence), NULL);
+
+  /* Add a sentinel a the end of the sequence */
+  subseq.x = len_a;
+  subseq.y = len_b;
+  subseq.len = 0;
+  xbt_dynar_push(common_suffix, &subseq);
+
+  /* Compute the Longest Common Subsequence */
+  diff_easy_prefix(vec_a, &a0, &len_a, vec_b, &b0, &len_b, common_sequence);
+  diff_easy_suffix(vec_a, &a0, &len_a, vec_b, &b0, &len_b, common_suffix);
+  diff_compute_lcs(vec_a, a0, len_a, vec_b, b0, len_b, common_sequence, seqs, fp);
+  while (!xbt_dynar_is_empty(common_suffix)) {
+    xbt_dynar_pop(common_suffix, &subseq);
+    xbt_dynar_push(common_sequence, &subseq);
   }
 
-  C = diff_build_LCS(da, db);
+  /* Build a Shortest Edit Script, and the final result */
   diff = xbt_dynar_new(sizeof(char *), &xbt_free_ref);
-
-  diff_build_diff(diff, C, da, db, xbt_dynar_length(da) - 1,
-                  xbt_dynar_length(db) - 1);
+  x = 0;
+  y = 0;
+  xbt_dynar_foreach(common_sequence, s, subseq) {
+    while (x < subseq.x) {
+      char *topush = bprintf("- %s", vec_a[x++]);
+      xbt_dynar_push_as(diff, char*, topush);
+    }
+    while (y < subseq.y) {
+      char *topush = bprintf("+ %s", vec_b[y++]);
+      xbt_dynar_push_as(diff, char*, topush);
+    }
+    while (x < subseq.x + subseq.len) {
+      char *topush = bprintf("  %s", vec_a[x++]);
+      xbt_dynar_push_as(diff, char*, topush);
+      y++;
+    }
+  }
   res = xbt_str_join(diff, "\n");
 
-  xbt_dynar_free(&da);
+  xbt_free(fp_base);
+  xbt_free(seqs_base);
   xbt_dynar_free(&db);
+  xbt_dynar_free(&da);
+  xbt_dynar_free(&common_sequence);
+  xbt_dynar_free(&common_suffix);
   xbt_dynar_free(&diff);
-  xbt_matrix_free(C);
 
   return res;
 }
@@ -706,6 +852,28 @@ char *xbt_str_from_file(FILE * file)
   return res;
 }
 
+/* @brief Retrun 1 if string 'str' starts with string 'start'
+ *
+ * \param str a string
+ * \param start the string to search in str
+ *
+ * \return 1 if 'str' starts with 'start'
+ */
+int xbt_str_start_with(const char* str, const char* start)
+{
+  int i;
+  size_t l_str = strlen(str);
+  size_t l_start = strlen(start);
+
+  if(l_start > l_str) return 0;
+
+  for(i = 0; i< l_start; i++){
+    if(str[i] != start[i]) return 0;
+  }
+
+  return 1;
+}
+
 #ifdef SIMGRID_TEST
 #include "xbt/str.h"