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Public GIT Repository
Reorder and complete doxygen input directories.
[simgrid.git] / doc / Doxyfile.in
index a99a83b..afe08e7 100644 (file)
@@ -1,7 +1,7 @@
 
 #               @WARNING@
 
-# Doxyfile 1.7.4
+# Doxyfile 1.8.1
 
 # This file describes the settings to be used by the documentation system
 # doxygen (www.doxygen.org) for a project.
@@ -25,8 +25,9 @@
 
 DOXYFILE_ENCODING      = UTF-8
 
-# The PROJECT_NAME tag is a single word (or a sequence of words surrounded
-# by quotes) that should identify the project.
+# The PROJECT_NAME tag is a single word (or sequence of words) that should
+# identify the project. Note that if you do not use Doxywizard you need
+# to put quotes around the project name if it contains spaces.
 
 PROJECT_NAME           = SimGrid
 
@@ -40,7 +41,7 @@ PROJECT_NUMBER         = @release_version@
 # for a project that appears at the top of each page and should give viewer
 # a quick idea about the purpose of the project. Keep the description short.
 
-PROJECT_BRIEF          = "<i>Scalable simulation of distributed systems</i>"
+PROJECT_BRIEF          = "Versatile Simulation of Distributed Systems"
 
 # With the PROJECT_LOGO tag one can specify an logo or icon that is
 # included in the documentation. The maximum height of the logo should not
@@ -115,7 +116,7 @@ ALWAYS_DETAILED_SEC    = NO
 # members were ordinary class members. Constructors, destructors and assignment
 # operators of the base classes will not be shown.
 
-INLINE_INHERITED_MEMB  = YES
+INLINE_INHERITED_MEMB  = NO
 
 # If the FULL_PATH_NAMES tag is set to YES then Doxygen will prepend the full
 # path before files name in the file list and in the header files. If set
@@ -130,7 +131,8 @@ FULL_PATH_NAMES        = YES
 # If left blank the directory from which doxygen is run is used as the
 # path to strip.
 
-STRIP_FROM_PATH        = @srcdir@
+STRIP_FROM_PATH        = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@ \
+                         @CMAKE_BINARY_DIR@
 
 # The STRIP_FROM_INC_PATH tag can be used to strip a user-defined part of
 # the path mentioned in the documentation of a class, which tells
@@ -153,7 +155,7 @@ SHORT_NAMES            = NO
 # comments will behave just like regular Qt-style comments
 # (thus requiring an explicit @brief command for a brief description.)
 
-JAVADOC_AUTOBRIEF      = NO
+JAVADOC_AUTOBRIEF      = YES
 
 # If the QT_AUTOBRIEF tag is set to YES then Doxygen will
 # interpret the first line (until the first dot) of a Qt-style
@@ -195,14 +197,21 @@ TAB_SIZE               = 8
 # will result in a user-defined paragraph with heading "Side Effects:".
 # You can put \n's in the value part of an alias to insert newlines.
 
-ALIASES                =
+ALIASES                = SimGridRelease="SimGrid-@release_version@"
+
+# This tag can be used to specify a number of word-keyword mappings (TCL only).
+# A mapping has the form "name=value". For example adding
+# "class=itcl::class" will allow you to use the command class in the
+# itcl::class meaning.
+
+TCL_SUBST              =
 
 # Set the OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C tag to YES if your project consists of C
 # sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for C.
 # For instance, some of the names that are used will be different. The list
 # of all members will be omitted, etc.
 
-OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = YES
+OPTIMIZE_OUTPUT_FOR_C  = NO
 
 # Set the OPTIMIZE_OUTPUT_JAVA tag to YES if your project consists of Java
 # sources only. Doxygen will then generate output that is more tailored for
@@ -235,6 +244,15 @@ OPTIMIZE_OUTPUT_VHDL   = NO
 
 EXTENSION_MAPPING      =
 
+# If MARKDOWN_SUPPORT is enabled (the default) then doxygen pre-processes all
+# comments according to the Markdown format, which allows for more readable
+# documentation. See http://daringfireball.net/projects/markdown/ for details.
+# The output of markdown processing is further processed by doxygen, so you
+# can mix doxygen, HTML, and XML commands with Markdown formatting.
+# Disable only in case of backward compatibilities issues.
+
+MARKDOWN_SUPPORT       = YES
+
 # If you use STL classes (i.e. std::string, std::vector, etc.) but do not want
 # to include (a tag file for) the STL sources as input, then you should
 # set this tag to YES in order to let doxygen match functions declarations and
@@ -284,7 +302,16 @@ SUBGROUPING            = YES
 # @ingroup) instead of on a separate page (for HTML and Man pages) or
 # section (for LaTeX and RTF).
 
-#INLINE_GROUPED_CLASSES = NO
+INLINE_GROUPED_CLASSES = NO
+
+# When the INLINE_SIMPLE_STRUCTS tag is set to YES, structs, classes, and
+# unions with only public data fields will be shown inline in the documentation
+# of the scope in which they are defined (i.e. file, namespace, or group
+# documentation), provided this scope is documented. If set to NO (the default),
+# structs, classes, and unions are shown on a separate page (for HTML and Man
+# pages) or section (for LaTeX and RTF).
+
+INLINE_SIMPLE_STRUCTS  = NO
 
 # When TYPEDEF_HIDES_STRUCT is enabled, a typedef of a struct, union, or enum
 # is documented as struct, union, or enum with the name of the typedef. So
@@ -296,21 +323,16 @@ SUBGROUPING            = YES
 
 TYPEDEF_HIDES_STRUCT   = NO
 
-# The SYMBOL_CACHE_SIZE determines the size of the internal cache use to
-# determine which symbols to keep in memory and which to flush to disk.
-# When the cache is full, less often used symbols will be written to disk.
-# For small to medium size projects (<1000 input files) the default value is
-# probably good enough. For larger projects a too small cache size can cause
-# doxygen to be busy swapping symbols to and from disk most of the time
-# causing a significant performance penalty.
-# If the system has enough physical memory increasing the cache will improve the
-# performance by keeping more symbols in memory. Note that the value works on
-# a logarithmic scale so increasing the size by one will roughly double the
-# memory usage. The cache size is given by this formula:
-# 2^(16+SYMBOL_CACHE_SIZE). The valid range is 0..9, the default is 0,
-# corresponding to a cache size of 2^16 = 65536 symbols
-
-SYMBOL_CACHE_SIZE      = 0
+# Similar to the SYMBOL_CACHE_SIZE the size of the symbol lookup cache can be
+# set using LOOKUP_CACHE_SIZE. This cache is used to resolve symbols given
+# their name and scope. Since this can be an expensive process and often the
+# same symbol appear multiple times in the code, doxygen keeps a cache of
+# pre-resolved symbols. If the cache is too small doxygen will become slower.
+# If the cache is too large, memory is wasted. The cache size is given by this
+# formula: 2^(16+LOOKUP_CACHE_SIZE). The valid range is 0..9, the default is 0,
+# corresponding to a cache size of 2^16 = 65536 symbols.
+
+LOOKUP_CACHE_SIZE      = 0
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # Build related configuration options
@@ -321,13 +343,17 @@ SYMBOL_CACHE_SIZE      = 0
 # Private class members and static file members will be hidden unless
 # the EXTRACT_PRIVATE and EXTRACT_STATIC tags are set to YES
 
-EXTRACT_ALL            = NO
+EXTRACT_ALL            = YES
 
 # If the EXTRACT_PRIVATE tag is set to YES all private members of a class
 # will be included in the documentation.
 
 EXTRACT_PRIVATE        = NO
 
+# If the EXTRACT_PACKAGE tag is set to YES all members with package or internal scope will be included in the documentation.
+
+EXTRACT_PACKAGE        = NO
+
 # If the EXTRACT_STATIC tag is set to YES all static members of a file
 # will be included in the documentation.
 
@@ -360,7 +386,7 @@ EXTRACT_ANON_NSPACES   = NO
 # various overviews, but no documentation section is generated.
 # This option has no effect if EXTRACT_ALL is enabled.
 
-HIDE_UNDOC_MEMBERS     = YES
+HIDE_UNDOC_MEMBERS     = NO
 
 # If the HIDE_UNDOC_CLASSES tag is set to YES, Doxygen will hide all
 # undocumented classes that are normally visible in the class hierarchy.
@@ -374,7 +400,7 @@ HIDE_UNDOC_CLASSES     = YES
 # If set to NO (the default) these declarations will be included in the
 # documentation.
 
-HIDE_FRIEND_COMPOUNDS  = NO
+HIDE_FRIEND_COMPOUNDS  = YES
 
 # If the HIDE_IN_BODY_DOCS tag is set to YES, Doxygen will hide any
 # documentation blocks found inside the body of a function.
@@ -474,7 +500,7 @@ STRICT_PROTO_MATCHING  = NO
 # disable (NO) the todo list. This list is created by putting \todo
 # commands in the documentation.
 
-GENERATE_TODOLIST      = YES
+GENERATE_TODOLIST      = NO
 
 # The GENERATE_TESTLIST tag can be used to enable (YES) or
 # disable (NO) the test list. This list is created by putting \test
@@ -486,7 +512,7 @@ GENERATE_TESTLIST      = YES
 # disable (NO) the bug list. This list is created by putting \bug
 # commands in the documentation.
 
-GENERATE_BUGLIST       = YES
+GENERATE_BUGLIST       = NO
 
 # The GENERATE_DEPRECATEDLIST tag can be used to enable (YES) or
 # disable (NO) the deprecated list. This list is created by putting
@@ -515,12 +541,6 @@ MAX_INITIALIZER_LINES  = 30
 
 SHOW_USED_FILES        = YES
 
-# If the sources in your project are distributed over multiple directories
-# then setting the SHOW_DIRECTORIES tag to YES will show the directory hierarchy
-# in the documentation. The default is NO.
-
-SHOW_DIRECTORIES       = NO
-
 # Set the SHOW_FILES tag to NO to disable the generation of the Files page.
 # This will remove the Files entry from the Quick Index and from the
 # Folder Tree View (if specified). The default is YES.
@@ -551,7 +571,17 @@ FILE_VERSION_FILTER    =
 # You can optionally specify a file name after the option, if omitted
 # DoxygenLayout.xml will be used as the name of the layout file.
 
-LAYOUT_FILE            =
+LAYOUT_FILE            = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/Layout.xml
+
+# The CITE_BIB_FILES tag can be used to specify one or more bib files
+# containing the references data. This must be a list of .bib files. The
+# .bib extension is automatically appended if omitted. Using this command
+# requires the bibtex tool to be installed. See also
+# http://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX for more info. For LaTeX the style
+# of the bibliography can be controlled using LATEX_BIB_STYLE. To use this
+# feature you need bibtex and perl available in the search path.
+
+CITE_BIB_FILES         =
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to warning and progress messages
@@ -572,7 +602,7 @@ WARNINGS               = YES
 # for undocumented members. If EXTRACT_ALL is set to YES then this flag will
 # automatically be disabled.
 
-WARN_IF_UNDOCUMENTED   = YES
+WARN_IF_UNDOCUMENTED   = NO
 
 # If WARN_IF_DOC_ERROR is set to YES, doxygen will generate warnings for
 # potential errors in the documentation, such as not documenting some
@@ -613,64 +643,85 @@ WARN_LOGFILE           =
 # directories like "/usr/src/myproject". Separate the files or directories
 # with spaces.
 
-INPUT                  = index.doc \
-                         FAQ.doc \
-                                                installSimgrid.doc \
-                         bindings.doc \
-                         options.doc \
-                         tracing.doc \
-                         use.doc \
-                         pls.doc \
-                         ./index-API.doc \
-                         modules.doc \
-                         module-xbt.doc \
-                         module-msg.doc \
-                         module-gras.doc \
-                         module-amok.doc \
-                         module-sd.doc \
-                         module-surf.doc \
-                         gtut-main.doc \
-                         gtut-introduction.doc \
-                         gtut-tour.doc \
-                         gtut-tour-00-install.doc \
-                         gtut-tour-01-bones.doc \
-                         gtut-tour-02-simple.doc \
-                         gtut-tour-03-args.doc \
-                         gtut-tour-04-callback.doc \
-                         gtut-tour-05-globals.doc \
-                         gtut-tour-06-logs.doc \
-                         gtut-tour-07-timers.doc \
-                         gtut-tour-08-exceptions.doc \
-                         gtut-tour-09-simpledata.doc \
-                         gtut-tour-10-rpc.doc \
-                         gtut-tour-11-explicitwait.doc \
-                         gtut-tour-recap-messages.doc \
-                         gtut-tour-12-staticstruct.doc \
-                         gtut-tour-13-pointers.doc \
-                         gtut-tour-14-dynar.doc \
-                         gtut-tour-15-manualdatadef.doc \
-                         gtut-tour-16-exchangecb.doc \
-                         gtut-howto.doc \
-                         gtut-howto-design.doc \
-                         @top_srcdir@/include/ \
-                         @top_srcdir@/include/msg \
-                         @top_srcdir@/include/gras \
-                         @top_srcdir@/include/amok \
-                         @top_srcdir@/include/xbt \
-                         @top_srcdir@/include/simdag \
-                         @top_srcdir@/src/include/surf \
-                         @top_srcdir@/src/xbt/ \
-                         @top_srcdir@/src/surf/ \
-                         @top_srcdir@/src/msg/ \
-                         @top_srcdir@/src/gras \
-                         @top_srcdir@/src/gras/DataDesc \
-                         @top_srcdir@/src/gras/Msg \
-                         @top_srcdir@/src/gras/Transport \
-                         @top_srcdir@/src/gras/Virtu \
-                         @top_srcdir@/src/amok \
-                         @top_srcdir@/src/amok/Bandwidth \
-                         @top_srcdir@/src/amok/PeerManagement \
-                         @top_srcdir@/src/simdag
+INPUT                  = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/index.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/getting_started.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/install.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/install_yours.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/application.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/java.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/platform.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/models.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/ns3.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/platform_lua.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/scenario.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/deployment.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/options.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/outcomes.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/outcomes_logs.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/outcomes_vizu.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/outcomes_MC.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/tuto-msg/tuto-msg.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/tutorial_smpi.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/examples.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/howtos.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/uhood.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/uhood_arch.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/uhood_switch.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/inside.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/inside_doxygen.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/inside_extending.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/inside_cmake.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/inside_tests.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/inside_release.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/community.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/FAQ.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-msg.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-sd.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-index.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-xbt.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-s4u.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-surf.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-simix.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-smpi.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/module-trace.doc \
+                         @CMAKE_BINARY_DIR@/doc/doxygen/logcategories.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/jedule/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/kernel/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/kernel/resource/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/kernel/routing/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/plugins/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/s4u/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/simix/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/simgrid/smpi/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include/xbt \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/include/simgrid/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/include/surf \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/include/xbt \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/instr/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/instr/jedule/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/kernel/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/kernel/activity/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/kernel/context/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/kernel/lmm/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/kernel/resource/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/kernel/routing/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/msg/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/plugins/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/plugins/file_system/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/plugins/vm/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/s4u/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/simdag/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/simgrid/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/simix/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/smpi/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/surf/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/xbt/ \
+                         @CMAKE_BINARY_DIR@/include \
+                         @CMAKE_BINARY_DIR@/src \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/examples/msg/README.doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/examples/s4u/README.doc
 
 # This tag can be used to specify the character encoding of the source files
 # that doxygen parses. Internally doxygen uses the UTF-8 encoding, which is
@@ -694,19 +745,21 @@ FILE_PATTERNS          =
 # should be searched for input files as well. Possible values are YES and NO.
 # If left blank NO is used.
 
-RECURSIVE              = NO
+RECURSIVE              = YES
 
-# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should
+# The EXCLUDE tag can be used to specify files and/or directories that should be
 # excluded from the INPUT source files. This way you can easily exclude a
 # subdirectory from a directory tree whose root is specified with the INPUT tag.
+# Note that relative paths are relative to the directory from which doxygen is
+# run.
 
 EXCLUDE                =
 
-# The EXCLUDE_SYMLINKS tag can be used select whether or not files or
+# The EXCLUDE_SYMLINKS tag can be used to select whether or not files or
 # directories that are symbolic links (a Unix file system feature) are excluded
 # from the input.
 
-EXCLUDE_SYMLINKS       = NO
+EXCLUDE_SYMLINKS       = YES
 
 # If the value of the INPUT tag contains directories, you can use the
 # EXCLUDE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard patterns to exclude
@@ -729,11 +782,14 @@ EXCLUDE_SYMBOLS        =
 # the \include command).
 
 EXAMPLE_PATH           = ./ \
-                         @top_srcdir@/doc/gtut-files \
-                         @top_srcdir@/src/surf/ \
-                         @top_srcdir@/src/xbt/ \
-                         @top_srcdir@/examples \
-                         @top_srcdir@/testsuite
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/surf/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/surf/xml/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/src/xbt/ \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/include \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/examples \
+                         @CMAKE_BINARY_DIR@/doc/example_lists \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/tuto-msg
 
 # If the value of the EXAMPLE_PATH tag contains directories, you can use the
 # EXAMPLE_PATTERNS tag to specify one or more wildcard pattern (like *.cpp
@@ -753,7 +809,8 @@ EXAMPLE_RECURSIVE      = YES
 # directories that contain image that are included in the documentation (see
 # the \image command).
 
-IMAGE_PATH             = @top_srcdir@/doc
+IMAGE_PATH             = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc \
+                         @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/webcruft
 
 # The INPUT_FILTER tag can be used to specify a program that doxygen should
 # invoke to filter for each input file. Doxygen will invoke the filter program
@@ -811,7 +868,7 @@ INLINE_SOURCES         = NO
 # doxygen to hide any special comment blocks from generated source code
 # fragments. Normal C and C++ comments will always remain visible.
 
-STRIP_CODE_COMMENTS    = YES
+STRIP_CODE_COMMENTS    = NO
 
 # If the REFERENCED_BY_RELATION tag is set to YES
 # then for each documented function all documented
@@ -831,7 +888,7 @@ REFERENCES_RELATION    = NO
 # link to the source code.
 # Otherwise they will link to the documentation.
 
-REFERENCES_LINK_SOURCE = YES
+REFERENCES_LINK_SOURCE = NO
 
 # If the USE_HTAGS tag is set to YES then the references to source code
 # will point to the HTML generated by the htags(1) tool instead of doxygen
@@ -894,29 +951,30 @@ HTML_FILE_EXTENSION    = .html
 # The HTML_HEADER tag can be used to specify a personal HTML header for
 # each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a
 # standard header. Note that when using a custom header you are responsible
-# for the proper inclusion of any scripts and style sheets that doxygen
+#  for the proper inclusion of any scripts and style sheets that doxygen
 # needs, which is dependent on the configuration options used.
-# It is adviced to generate a default header using "doxygen -w html
+# It is advised to generate a default header using "doxygen -w html
 # header.html footer.html stylesheet.css YourConfigFile" and then modify
 # that header. Note that the header is subject to change so you typically
-# have to redo this when upgrading to a newer version of doxygen or when changing the value of configuration settings such as GENERATE_TREEVIEW!
+# have to redo this when upgrading to a newer version of doxygen or when
+# changing the value of configuration settings such as GENERATE_TREEVIEW!
 
-HTML_HEADER            =
+HTML_HEADER            = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/header.html
 
 # The HTML_FOOTER tag can be used to specify a personal HTML footer for
 # each generated HTML page. If it is left blank doxygen will generate a
 # standard footer.
 
-HTML_FOOTER            = footer.html
+HTML_FOOTER            = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/footer.html
 
 # The HTML_STYLESHEET tag can be used to specify a user-defined cascading
 # style sheet that is used by each HTML page. It can be used to
 # fine-tune the look of the HTML output. If the tag is left blank doxygen
 # will generate a default style sheet. Note that doxygen will try to copy
 # the style sheet file to the HTML output directory, so don't put your own
-# stylesheet in the HTML output directory as well, or it will be erased!
+# style sheet in the HTML output directory as well, or it will be erased!
 
-HTML_STYLESHEET        =
+HTML_STYLESHEET        = @CMAKE_HOME_DIRECTORY@/doc/doxygen/stylesheet.css
 
 # The HTML_EXTRA_FILES tag can be used to specify one or more extra images or
 # other source files which should be copied to the HTML output directory. Note
@@ -925,10 +983,10 @@ HTML_STYLESHEET        =
 # files. In the HTML_STYLESHEET file, use the file name only. Also note that
 # the files will be copied as-is; there are no commands or markers available.
 
-#HTML_EXTRA_FILES       =
+HTML_EXTRA_FILES       =
 
 # The HTML_COLORSTYLE_HUE tag controls the color of the HTML output.
-# Doxygen will adjust the colors in the stylesheet and background images
+# Doxygen will adjust the colors in the style sheet and background images
 # according to this color. Hue is specified as an angle on a colorwheel,
 # see http://en.wikipedia.org/wiki/Hue for more information.
 # For instance the value 0 represents red, 60 is yellow, 120 is green,
@@ -956,22 +1014,25 @@ HTML_COLORSTYLE_GAMMA  = 80
 # page will contain the date and time when the page was generated. Setting
 # this to NO can help when comparing the output of multiple runs.
 
-HTML_TIMESTAMP         = YES
-
-# If the HTML_ALIGN_MEMBERS tag is set to YES, the members of classes,
-# files or namespaces will be aligned in HTML using tables. If set to
-# NO a bullet list will be used.
-
-HTML_ALIGN_MEMBERS     = YES
+HTML_TIMESTAMP         = NO
 
 # If the HTML_DYNAMIC_SECTIONS tag is set to YES then the generated HTML
 # documentation will contain sections that can be hidden and shown after the
-# page has loaded. For this to work a browser that supports
-# JavaScript and DHTML is required (for instance Mozilla 1.0+, Firefox
-# Netscape 6.0+, Internet explorer 5.0+, Konqueror, or Safari).
+# page has loaded.
 
 HTML_DYNAMIC_SECTIONS  = NO
 
+# With HTML_INDEX_NUM_ENTRIES one can control the preferred number of
+# entries shown in the various tree structured indices initially; the user
+# can expand and collapse entries dynamically later on. Doxygen will expand
+# the tree to such a level that at most the specified number of entries are
+# visible (unless a fully collapsed tree already exceeds this amount).
+# So setting the number of entries 1 will produce a full collapsed tree by
+# default. 0 is a special value representing an infinite number of entries
+# and will result in a full expanded tree by default.
+
+HTML_INDEX_NUM_ENTRIES = 100
+
 # If the GENERATE_DOCSET tag is set to YES, additional index files
 # will be generated that can be used as input for Apple's Xcode 3
 # integrated development environment, introduced with OSX 10.5 (Leopard).
@@ -1123,18 +1184,13 @@ GENERATE_ECLIPSEHELP   = NO
 
 ECLIPSE_DOC_ID         = org.doxygen.Project
 
-# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index at
-# top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and
-# the value YES disables it.
-
-DISABLE_INDEX          = NO
+# The DISABLE_INDEX tag can be used to turn on/off the condensed index (tabs)
+# at top of each HTML page. The value NO (the default) enables the index and
+# the value YES disables it. Since the tabs have the same information as the
+# navigation tree you can set this option to NO if you already set
+# GENERATE_TREEVIEW to YES.
 
-# The ENUM_VALUES_PER_LINE tag can be used to set the number of enum values
-# (range [0,1..20]) that doxygen will group on one line in the generated HTML
-# documentation. Note that a value of 0 will completely suppress the enum
-# values from appearing in the overview section.
-
-ENUM_VALUES_PER_LINE   = 4
+DISABLE_INDEX          = YES
 
 # The GENERATE_TREEVIEW tag is used to specify whether a tree-like index
 # structure should be generated to display hierarchical information.
@@ -1143,13 +1199,17 @@ ENUM_VALUES_PER_LINE   = 4
 # is generated for HTML Help). For this to work a browser that supports
 # JavaScript, DHTML, CSS and frames is required (i.e. any modern browser).
 # Windows users are probably better off using the HTML help feature.
+# Since the tree basically has the same information as the tab index you
+# could consider to set DISABLE_INDEX to NO when enabling this option.
 
-GENERATE_TREEVIEW      = NO
+GENERATE_TREEVIEW      = YES
 
-# By enabling USE_INLINE_TREES, doxygen will generate the Groups, Directories,
-# and Class Hierarchy pages using a tree view instead of an ordered list.
+# The ENUM_VALUES_PER_LINE tag can be used to set the number of enum values
+# (range [0,1..20]) that doxygen will group on one line in the generated HTML
+# documentation. Note that a value of 0 will completely suppress the enum
+# values from appearing in the overview section.
 
-USE_INLINE_TREES       = NO
+ENUM_VALUES_PER_LINE   = 4
 
 # If the treeview is enabled (see GENERATE_TREEVIEW) then this tag can be
 # used to set the initial width (in pixels) of the frame in which the tree
@@ -1182,21 +1242,27 @@ FORMULA_TRANSPARENT    = YES
 # (see http://www.mathjax.org) which uses client side Javascript for the
 # rendering instead of using prerendered bitmaps. Use this if you do not
 # have LaTeX installed or if you want to formulas look prettier in the HTML
-# output. When enabled you also need to install MathJax separately and
+# output. When enabled you may also need to install MathJax separately and
 # configure the path to it using the MATHJAX_RELPATH option.
 
-USE_MATHJAX            = NO
+USE_MATHJAX            = YES
 
 # When MathJax is enabled you need to specify the location relative to the
 # HTML output directory using the MATHJAX_RELPATH option. The destination
 # directory should contain the MathJax.js script. For instance, if the mathjax
 # directory is located at the same level as the HTML output directory, then
-# MATHJAX_RELPATH should be ../mathjax. The default value points to the
-# mathjax.org site, so you can quickly see the result without installing
-# MathJax, but it is strongly recommended to install a local copy of MathJax
-# before deployment.
+# MATHJAX_RELPATH should be ../mathjax. The default value points to
+# the MathJax Content Delivery Network so you can quickly see the result without
+# installing MathJax.
+# However, it is strongly recommended to install a local
+# copy of MathJax from http://www.mathjax.org before deployment.
+
+MATHJAX_RELPATH        = https://cdn.mathjax.org/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS_HTML
 
-MATHJAX_RELPATH        = http://www.mathjax.org/mathjax
+# The MATHJAX_EXTENSIONS tag can be used to specify one or MathJax extension
+# names that should be enabled during MathJax rendering.
+
+MATHJAX_EXTENSIONS     =
 
 # When the SEARCHENGINE tag is enabled doxygen will generate a search box
 # for the HTML output. The underlying search engine uses javascript
@@ -1206,7 +1272,7 @@ MATHJAX_RELPATH        = http://www.mathjax.org/mathjax
 # typically be disabled. For large projects the javascript based search engine
 # can be slow, then enabling SERVER_BASED_SEARCH may provide a better solution.
 
-SEARCHENGINE           = NO
+SEARCHENGINE           = YES
 
 # When the SERVER_BASED_SEARCH tag is enabled the search engine will be
 # implemented using a PHP enabled web server instead of at the web client
@@ -1225,91 +1291,7 @@ SERVER_BASED_SEARCH    = NO
 # If the GENERATE_LATEX tag is set to YES (the default) Doxygen will
 # generate Latex output.
 
-GENERATE_LATEX         = YES
-
-# The LATEX_OUTPUT tag is used to specify where the LaTeX docs will be put.
-# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be
-# put in front of it. If left blank `latex' will be used as the default path.
-
-LATEX_OUTPUT           = latex
-
-# The LATEX_CMD_NAME tag can be used to specify the LaTeX command name to be
-# invoked. If left blank `latex' will be used as the default command name.
-# Note that when enabling USE_PDFLATEX this option is only used for
-# generating bitmaps for formulas in the HTML output, but not in the
-# Makefile that is written to the output directory.
-
-LATEX_CMD_NAME         = latex
-
-# The MAKEINDEX_CMD_NAME tag can be used to specify the command name to
-# generate index for LaTeX. If left blank `makeindex' will be used as the
-# default command name.
-
-MAKEINDEX_CMD_NAME     = makeindex
-
-# If the COMPACT_LATEX tag is set to YES Doxygen generates more compact
-# LaTeX documents. This may be useful for small projects and may help to
-# save some trees in general.
-
-COMPACT_LATEX          = NO
-
-# The PAPER_TYPE tag can be used to set the paper type that is used
-# by the printer. Possible values are: a4, letter, legal and
-# executive. If left blank a4wide will be used.
-
-PAPER_TYPE             = a4wide
-
-# The EXTRA_PACKAGES tag can be to specify one or more names of LaTeX
-# packages that should be included in the LaTeX output.
-
-EXTRA_PACKAGES         =
-
-# The LATEX_HEADER tag can be used to specify a personal LaTeX header for
-# the generated latex document. The header should contain everything until
-# the first chapter. If it is left blank doxygen will generate a
-# standard header. Notice: only use this tag if you know what you are doing!
-
-LATEX_HEADER           =
-
-# The LATEX_FOOTER tag can be used to specify a personal LaTeX footer for
-# the generated latex document. The footer should contain everything after
-# the last chapter. If it is left blank doxygen will generate a
-# standard footer. Notice: only use this tag if you know what you are doing!
-
-#LATEX_FOOTER           =
-
-# If the PDF_HYPERLINKS tag is set to YES, the LaTeX that is generated
-# is prepared for conversion to pdf (using ps2pdf). The pdf file will
-# contain links (just like the HTML output) instead of page references
-# This makes the output suitable for online browsing using a pdf viewer.
-
-PDF_HYPERLINKS         = YES
-
-# If the USE_PDFLATEX tag is set to YES, pdflatex will be used instead of
-# plain latex in the generated Makefile. Set this option to YES to get a
-# higher quality PDF documentation.
-
-USE_PDFLATEX           = YES
-
-# If the LATEX_BATCHMODE tag is set to YES, doxygen will add the \\batchmode.
-# command to the generated LaTeX files. This will instruct LaTeX to keep
-# running if errors occur, instead of asking the user for help.
-# This option is also used when generating formulas in HTML.
-
-LATEX_BATCHMODE        = NO
-
-# If LATEX_HIDE_INDICES is set to YES then doxygen will not
-# include the index chapters (such as File Index, Compound Index, etc.)
-# in the output.
-
-LATEX_HIDE_INDICES     = NO
-
-# If LATEX_SOURCE_CODE is set to YES then doxygen will include
-# source code with syntax highlighting in the LaTeX output.
-# Note that which sources are shown also depends on other settings
-# such as SOURCE_BROWSER.
-
-LATEX_SOURCE_CODE      = NO
+GENERATE_LATEX         = NO
 
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options related to the RTF output
@@ -1342,7 +1324,7 @@ COMPACT_RTF            = NO
 
 RTF_HYPERLINKS         = NO
 
-# Load stylesheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's
+# Load style sheet definitions from file. Syntax is similar to doxygen's
 # config file, i.e. a series of assignments. You only have to provide
 # replacements, missing definitions are set to their default value.
 
@@ -1391,31 +1373,6 @@ MAN_LINKS              = NO
 
 GENERATE_XML           = NO
 
-# The XML_OUTPUT tag is used to specify where the XML pages will be put.
-# If a relative path is entered the value of OUTPUT_DIRECTORY will be
-# put in front of it. If left blank `xml' will be used as the default path.
-
-XML_OUTPUT             = xml
-
-# The XML_SCHEMA tag can be used to specify an XML schema,
-# which can be used by a validating XML parser to check the
-# syntax of the XML files.
-
-XML_SCHEMA             =
-
-# The XML_DTD tag can be used to specify an XML DTD,
-# which can be used by a validating XML parser to check the
-# syntax of the XML files.
-
-XML_DTD                =
-
-# If the XML_PROGRAMLISTING tag is set to YES Doxygen will
-# dump the program listings (including syntax highlighting
-# and cross-referencing information) to the XML output. Note that
-# enabling this will significantly increase the size of the XML output.
-
-XML_PROGRAMLISTING     = YES
-
 #---------------------------------------------------------------------------
 # configuration options for the AutoGen Definitions output
 #---------------------------------------------------------------------------
@@ -1512,10 +1469,15 @@ INCLUDE_FILE_PATTERNS  =
 # undefined via #undef or recursively expanded use the := operator
 # instead of the = operator.
 
-PREDEFINED             = DOXYGEN \
-                         DOXYGEN_SKIP_IT \
-                         XBT_PUBLIC= \
-                         XBT_INLINE=
+PREDEFINED             = XBT_PUBLIC= \
+                         XBT_EXPORT_NO_IMPORT= \
+                         XBT_IMPORT_NO_EXPORT= \
+                         XBT_PUBLIC_DATA=extern \
+                         XBT_INLINE= \
+                        XBT_PRIVATE= \
+                         XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v322(m)= \
+                         XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v323(m)= \
+                         XBT_ATTRIB_DEPRECATED_v324(m)=
 
 # If the MACRO_EXPANSION and EXPAND_ONLY_PREDEF tags are set to YES then
 # this tag can be used to specify a list of macro names that should be expanded.
@@ -1523,7 +1485,8 @@ PREDEFINED             = DOXYGEN \
 # Use the PREDEFINED tag if you want to use a different macro definition that
 # overrules the definition found in the source code.
 
-EXPAND_AS_DEFINED      =
+EXPAND_AS_DEFINED      = COLL_APPLY COLL_GATHERS COLL_ALLGATHERS COLL_ALLGATHERVS COLL_ALLREDUCES COLL_ALLTOALLS \
+                         COLL_ALLTOALLVS COLL_BCASTS COLL_REDUCES COLL_REDUCE_SCATTERS COLL_SCATTERS COLL_BARRIERS
 
 # If the SKIP_FUNCTION_MACROS tag is set to YES (the default) then
 # doxygen's preprocessor will remove all references to function-like macros
@@ -1536,29 +1499,25 @@ SKIP_FUNCTION_MACROS   = YES
 # Configuration::additions related to external references
 #---------------------------------------------------------------------------
 
-# The TAGFILES option can be used to specify one or more tagfiles.
-# Optionally an initial location of the external documentation
-# can be added for each tagfile. The format of a tag file without
-# this location is as follows:
+# The TAGFILES option can be used to specify one or more tagfiles. For each
+# tag file the location of the external documentation should be added. The
+# format of a tag file without this location is as follows:
 #
 # TAGFILES = file1 file2 ...
 # Adding location for the tag files is done as follows:
 #
 # TAGFILES = file1=loc1 "file2 = loc2" ...
-# where "loc1" and "loc2" can be relative or absolute paths or
-# URLs. If a location is present for each tag, the installdox tool
-# does not have to be run to correct the links.
-# Note that each tag file must have a unique name
-# (where the name does NOT include the path)
-# If a tag file is not located in the directory in which doxygen
-# is run, you must also specify the path to the tagfile here.
+# where "loc1" and "loc2" can be relative or absolute paths
+# or URLs. Note that each tag file must have a unique name (where the name does
+# NOT include the path). If a tag file is not located in the directory in which
+# doxygen is run, you must also specify the path to the tagfile here.
 
-TAGFILES               =
+TAGFILES               = 
 
 # When a file name is specified after GENERATE_TAGFILE, doxygen will create
 # a tag file that is based on the input files it reads.
 
-GENERATE_TAGFILE       = simgrid.tag
+GENERATE_TAGFILE       = simgrid.tag 
 
 # If the ALLEXTERNALS tag is set to YES all external classes will be listed
 # in the class index. If set to NO only the inherited external classes
@@ -1619,13 +1578,12 @@ HAVE_DOT               = NO
 
 DOT_NUM_THREADS        = 0
 
-# By default doxygen will write a font called Helvetica to the output
-# directory and reference it in all dot files that doxygen generates.
-# When you want a differently looking font you can specify the font name
-# using DOT_FONTNAME. You need to make sure dot is able to find the font,
-# which can be done by putting it in a standard location or by setting the
-# DOTFONTPATH environment variable or by setting DOT_FONTPATH to the directory
-# containing the font.
+# By default doxygen will use the Helvetica font for all dot files that
+# doxygen generates. When you want a differently looking font you can specify
+# the font name using DOT_FONTNAME. You need to make sure dot is able to find
+# the font, which can be done by putting it in a standard location or by setting
+# the DOTFONTPATH environment variable or by setting DOT_FONTPATH to the
+# directory containing the font.
 
 DOT_FONTNAME           = Helvetica
 
@@ -1634,17 +1592,16 @@ DOT_FONTNAME           = Helvetica
 
 DOT_FONTSIZE           = 10
 
-# By default doxygen will tell dot to use the output directory to look for the
-# FreeSans.ttf font (which doxygen will put there itself). If you specify a
-# different font using DOT_FONTNAME you can set the path where dot
-# can find it using this tag.
+# By default doxygen will tell dot to use the Helvetica font.
+# If you specify a different font using DOT_FONTNAME you can use DOT_FONTPATH to
+# set the path where dot can find it.
 
 DOT_FONTPATH           =
 
 # If the CLASS_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen
 # will generate a graph for each documented class showing the direct and
 # indirect inheritance relations. Setting this tag to YES will force the
-# the CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
+# CLASS_DIAGRAMS tag to NO.
 
 CLASS_GRAPH            = YES
 
@@ -1666,6 +1623,15 @@ GROUP_GRAPHS           = YES
 
 UML_LOOK               = NO
 
+# If the UML_LOOK tag is enabled, the fields and methods are shown inside
+# the class node. If there are many fields or methods and many nodes the
+# graph may become too big to be useful. The UML_LIMIT_NUM_FIELDS
+# threshold limits the number of items for each type to make the size more
+# managable. Set this to 0 for no limit. Note that the threshold may be
+# exceeded by 50% before the limit is enforced.
+
+UML_LIMIT_NUM_FIELDS   = 10
+
 # If set to YES, the inheritance and collaboration graphs will show the
 # relations between templates and their instances.
 
@@ -1683,7 +1649,7 @@ INCLUDE_GRAPH          = YES
 # documented header file showing the documented files that directly or
 # indirectly include this file.
 
-INCLUDED_BY_GRAPH      = YES
+INCLUDED_BY_GRAPH      = NO
 
 # If the CALL_GRAPH and HAVE_DOT options are set to YES then
 # doxygen will generate a call dependency graph for every global function
@@ -1699,14 +1665,14 @@ CALL_GRAPH             = NO
 # the time of a run. So in most cases it will be better to enable caller
 # graphs for selected functions only using the \callergraph command.
 
-CALLER_GRAPH           = NO
+CALLER_GRAPH           = YES
 
 # If the GRAPHICAL_HIERARCHY and HAVE_DOT tags are set to YES then doxygen
 # will generate a graphical hierarchy of all classes instead of a textual one.
 
 GRAPHICAL_HIERARCHY    = YES
 
-# If the DIRECTORY_GRAPH, SHOW_DIRECTORIES and HAVE_DOT tags are set to YES
+# If the DIRECTORY_GRAPH and HAVE_DOT tags are set to YES
 # then doxygen will show the dependencies a directory has on other directories
 # in a graphical way. The dependency relations are determined by the #include
 # relations between the files in the directories.
@@ -1715,10 +1681,21 @@ DIRECTORY_GRAPH        = YES
 
 # The DOT_IMAGE_FORMAT tag can be used to set the image format of the images
 # generated by dot. Possible values are svg, png, jpg, or gif.
-# If left blank png will be used.
+# If left blank png will be used. If you choose svg you need to set
+# HTML_FILE_EXTENSION to xhtml in order to make the SVG files
+# visible in IE 9+ (other browsers do not have this requirement).
 
 DOT_IMAGE_FORMAT       = png
 
+# If DOT_IMAGE_FORMAT is set to svg, then this option can be set to YES to
+# enable generation of interactive SVG images that allow zooming and panning.
+# Note that this requires a modern browser other than Internet Explorer.
+# Tested and working are Firefox, Chrome, Safari, and Opera. For IE 9+ you
+# need to set HTML_FILE_EXTENSION to xhtml in order to make the SVG files
+# visible. Older versions of IE do not have SVG support.
+
+INTERACTIVE_SVG        = NO
+
 # The tag DOT_PATH can be used to specify the path where the dot tool can be
 # found. If left blank, it is assumed the dot tool can be found in the path.