Logo AND Algorithmique Numérique Distribuée

Public GIT Repository
Add explicit keyword, and remove default value for parameter.
[simgrid.git] / contrib / benchmarking_code_block / Rhist.R
1 # R script that produces histograms from benchmarked values
2 # Can be called from the bash script with the following code:
3 # export R_INPUT=$inputfile
4 # export R_OUTPUT=$outputfile
5 # export R_TYPE=$hist_type
6
7 # R CMD BATCH $this_script.R or  Rscript $this_script.R
8
9 # Use functions from bench.h to benchmark execution time of the desired block, then Rhist.R script to read all timings
10 # and produce histograms and finally inject.h to inject values instead of executing block
11
12 # This is a small function to help merging empty nbins for dhist histograms
13 merge_empty_bins <- function (h){
14   i<-1
15   j<-1
16   counts2<--1
17   breaks2<-h$breaks[1]
18
19   if (length(h$counts)>1)
20     for(i in 1:(length(h$counts)-1)){
21       if(h$counts[i]!=0 || h$counts[i+1]!=0){
22         counts2[j]<-h$counts[i]
23         breaks2[j+1]<-h$breaks[i+1];
24         j<-j+1
25       }
26     }
27   
28   counts2[j]<-h$counts[length(h$counts)]
29   breaks2[j+1]<-h$breaks[length(h$breaks)]
30
31   h$counts<-counts2
32   h$breaks<-breaks2
33
34   return (h)
35 }
36
37 # Main
38 source("analysis/hist_script/Rdhist.R")
39
40 inputfile<-Sys.getenv("R_INPUT")
41 outputfile<-Sys.getenv("R_OUTPUT")
42 type<-Sys.getenv("R_TYPE")
43
44 if (!(type %in% c("mean","default","sturges","scott"))){stop("Wrong histogram type")}
45
46 df<-read.table(inputfile,header=F)
47 df<-df[,c(1,4)]
48 names(df)<-c("NAME","TIME")
49 attach(df)
50
51 for(i in unique(NAME)){
52   vector1<-df[NAME==i,2]
53   if (length(vector1)==1){
54     #If there is only one element
55     h<-hist(vector1) # Just for R compatibility reasons
56     h$breaks<-c(vector1,vector1)
57     h$counts<-1
58   } else {
59     if (type=="mean"){
60       #Mean value only
61       h<-hist(vector1) # Just for R compatibility reasons
62       h$breaks<-c(mean(vector1),mean(vector1))
63       h$counts<-length(vector1)
64     } else
65        if (type=="default")
66          #Standard HISTOGRAM:
67          h<-hist(vector1)
68        else {
69          #Dhist:
70          h<-dhist(vector1,nbins=type, plot = FALSE, lab.spikes = FALSE, a=5*iqr(vector1), eps=0.15)
71          h$breaks<-h$xbr
72          h$count<-as.vector(h$counts)
73          h$counts<-h$count
74          h<-merge_empty_bins(h)
75        }
76   }
77     
78   cat(i, file = outputfile, sep = "\t", append = TRUE)
79   cat("\t", file = outputfile,  append = TRUE)
80   cat(sum(h$counts), file =outputfile, sep = "\t", append = TRUE)
81   cat("\t", file = outputfile,  append = TRUE)
82   cat(sprintf("%.8f", mean(vector1)), file =outputfile, sep = "\t", append = TRUE)
83   cat("\t", file = outputfile,  append = TRUE)
84   cat(length(h$breaks), file = outputfile, append = TRUE)
85   cat("\t", file = outputfile,  append = TRUE)
86   cat(sprintf("%.8f", h$breaks), file = outputfile, sep = "\t", append = TRUE)
87   cat("\t", file = outputfile,  append = TRUE)
88   h$density = h$counts/sum(h$counts)
89   cat(sprintf("%.8f", h$density), file = outputfile, sep = "\t", append = TRUE)
90   cat("\n", file = outputfile,  append = TRUE)
91 }