contrib/benchmarking_code_block/Rplot_hist.R

   1 # R script showing .pdf file with plots of all injection histograms for a certain file
   2 # Can be called from the command line with: Rscript $this_script.R inputfile
   3
   4 # Necessary libraries
   5 library(plyr)
   6 library(ggplot2)
   7 library(data.table)
   8 library(grid)
   9
  10 # Functions for arranging multiple plots
  11 vp.layout <- function(x, y) viewport(layout.pos.row=x, layout.pos.col=y)
  12 arrange_ggplot2 <- function(list, nrow=NULL, ncol=NULL, as.table=FALSE) {
  13   n <- length(list)
  14   if(is.null(nrow) & is.null(ncol)) { nrow = floor(n/2) ; ncol = ceiling(n/nrow)}
  15   if(is.null(nrow)) { nrow = ceiling(n/ncol)}
  16   if(is.null(ncol)) { ncol = ceiling(n/nrow)}
  17   ## NOTE see n2mfrow in grDevices for possible alternative
  18   grid.newpage()
  19   pushViewport(viewport(layout=grid.layout(nrow,ncol) ) )
  20   ii.p <- 1
  21   for(ii.row in seq(1, nrow)){
  22     ii.table.row <- ii.row
  23     if(as.table) {ii.table.row <- nrow - ii.table.row + 1}
  24     for(ii.col in seq(1, ncol)){
  25       ii.table <- ii.p
  26       if(ii.p > n) break
  27       print(list[[ii.table]], vp=vp.layout(ii.table.row, ii.col))
  28       ii.p <- ii.p + 1
  29     }
  30   }
  31 }
  32
  33 ### Main
  34 # Reading command line argument with the input file path
  35 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  36 fp  <- file(args[1], open = "r")
  37
  38 plots<-list()
  39 i<-1
  40
  41 # Reading histograms one by one, line by line
  42 while (length(oneLine <- readLines(fp, n = 1, warn = FALSE)) > 0){
  43   myVector <- (strsplit(oneLine, "\t"))
  44
  45   dfl <- ldply (myVector, data.frame)
  46
  47   name<-as.character(dfl[1,])
  48   nbins<-as.numeric(as.character(dfl[4,]))
  49   allbreaks<-as.numeric(as.character(dfl[5:(5+nbins-1),]))
  50
  51   dh<-data.frame(Name=as.character(dfl[1,]), Total=as.numeric(as.character(dfl[2,])),
  52                  Mean=as.numeric(as.character(dfl[3,])), Nbins=as.numeric(as.character(dfl[4,])))
  53   dh<-cbind(dh,Bstart=allbreaks[-length(allbreaks)])
  54   dh<-cbind(dh,Bend=allbreaks[-1])
  55   dh<-cbind(dh,Density=as.numeric(as.character(dfl[(5+nbins):(5+nbins*2-2),])))
  56
  57   # Plotting single histogram, if it only has one value then use geom_bar
  58   if (nbins > 2)
  59     plots[[i]]<-ggplot(data=data.frame(dh), aes(xmin=Bstart, xmax=Bend, ymin=0, ymax=Density)) +
  60         geom_rect(aes(fill=Density)) + theme_bw() + scale_x_continuous("Time [s]", allbreaks) +
  61             labs(title=name, y=element_text("Density %"))
  62   else
  63     plots[[i]]<-ggplot(data=data.frame(dh), aes(factor(Bstart))) + geom_bar(aes(fill=Density)) +
  64         theme_bw() + labs(title=name, y=element_text("Density %"), x=element_text("Time [s]"))
  65   i<-i+1
  66 }
  67
  68 # Printing all plots together in a table
  69 arrange_ggplot2(plots, as.table=TRUE)
  70
  71 write("Done producing a histogram plot. Open Rplots.pdf located in this folder to see the results", stdout())