contrib/benchmarking_code_block/Rplot_hist.R

   1 # R script showing .pdf file with plots of all injection histograms for a certain file
   2
   3 # Can be called from the command line with:
   4 # Rscript $this_script.R inputfile
   5
   6 # Necessary libraries
   7 library(plyr)
   8 library(ggplot2)
   9 library(data.table)
  10 library(grid)
  11
  12 # Functions for arranging multiple plots
  13 vp.layout <- function(x, y) viewport(layout.pos.row=x, layout.pos.col=y)
  14 arrange_ggplot2 <- function(list, nrow=NULL, ncol=NULL, as.table=FALSE) {
  15 n <- length(list)
  16 if(is.null(nrow) & is.null(ncol)) { nrow = floor(n/2) ; ncol = ceiling(n/nrow)}
  17 if(is.null(nrow)) { nrow = ceiling(n/ncol)}
  18 if(is.null(ncol)) { ncol = ceiling(n/nrow)}
  19 ## NOTE see n2mfrow in grDevices for possible alternative
  20 grid.newpage()
  21 pushViewport(viewport(layout=grid.layout(nrow,ncol) ) )
  22 ii.p <- 1
  23 for(ii.row in seq(1, nrow)){
  24 ii.table.row <- ii.row
  25 if(as.table) {ii.table.row <- nrow - ii.table.row + 1}
  26 for(ii.col in seq(1, ncol)){
  27 ii.table <- ii.p
  28 if(ii.p > n) break
  29 print(list[[ii.table]], vp=vp.layout(ii.table.row, ii.col))
  30 ii.p <- ii.p + 1
  31 }
  32 }
  33 }
  34
  35 ### Main
  36
  37 # Reading command line argument with the input file path
  38 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
  39 fp  <- file(args[1], open = "r")
  40
  41 plots<-list()
  42 i<-1
  43
  44 # Reading histograms one by one, line by line
  45 while (length(oneLine <- readLines(fp, n = 1, warn = FALSE)) > 0)
  46 { myVector <- (strsplit(oneLine, "\t"))
  47
  48   dfl <- ldply (myVector, data.frame)
  49
  50   name<-as.character(dfl[1,])
  51   nbins<-as.numeric(as.character(dfl[4,]))
  52   allbreaks<-as.numeric(as.character(dfl[5:(5+nbins-1),]))
  53
  54   dh<-data.frame(Name=as.character(dfl[1,]), Total=as.numeric(as.character(dfl[2,])), Mean=as.numeric(as.character(dfl[3,])), Nbins=as.numeric(as.character(dfl[4,])))
  55   dh<-cbind(dh,Bstart=allbreaks[-length(allbreaks)])
  56   dh<-cbind(dh,Bend=allbreaks[-1])
  57   dh<-cbind(dh,Density=as.numeric(as.character(dfl[(5+nbins):(5+nbins*2-2),])))
  58
  59   # Plotting single histogram, if it only has one value then use geom_bar
  60   if (nbins > 2)
  61     plots[[i]]<-ggplot(data=data.frame(dh), aes(xmin=Bstart, xmax=Bend, ymin=0, ymax=Density)) + geom_rect(aes(fill=Density)) + theme_bw() + scale_x_continuous("Time [s]", allbreaks) + labs(title=name, y=element_text("Density %"))
  62   else
  63     plots[[i]]<-ggplot(data=data.frame(dh), aes(factor(Bstart))) + geom_bar(aes(fill=Density)) + theme_bw() + labs(title=name, y=element_text("Density %"), x=element_text("Time [s]"))
  64
  65   i<-i+1
  66 }
  67
  68 # Printing all plots together in a table
  69 arrange_ggplot2(plots, as.table=TRUE)
  70
  71 # End
  72 write("Done producing a histogram plot. Open Rplots.pdf located in this folder to see the results", stdout())